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- PDB-6z3m: Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Diffe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z3m
タイトルRepulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1).
要素
  • Growth/differentiation factor 5
  • Neogenin
  • RGM domain family member B
キーワードSIGNALING PROTEIN / Repulsive Guidance Molecule / RGM / Bone Morphogenetic Protein / BMP / Growth Differentiation Factor 5 / GDF5 / Neogenin / axon guidance / TGFbeta signalling / brain development / iron metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


ossification involved in bone remodeling / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / forelimb morphogenesis / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / Netrin-1 signaling / positive regulation of chondrocyte differentiation ...ossification involved in bone remodeling / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / forelimb morphogenesis / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / Netrin-1 signaling / positive regulation of chondrocyte differentiation / co-receptor binding / mesenchymal cell apoptotic process / BMP receptor binding / regulation of axon regeneration / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / myoblast fusion / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic limb morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / intracellular vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of protein secretion / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / response to mechanical stimulus / coreceptor activity / side of membrane / positive regulation of neuron differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / postsynaptic density membrane / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell signaling / signaling receptor activity / growth cone / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminal domain / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminal domain / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site ...Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminal domain / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminal domain / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Immunoglobulin domain / Cystine-knot cytokine / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 5 / Neogenin / Repulsive guidance molecule B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.501 Å
データ登録者Malinauskas, T. / Peer, T.V. / Bishop, B. / Muller, T.D. / Siebold, C.
資金援助 英国, European Union, ドイツ, フランス, 7件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council (ERC)647278European Union
German Research Foundation (DFG)MU1095/3-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)MU1095/5-1 ドイツ
Wellcome Trust203852/Z/16/2 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000021/2014-L フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Repulsive guidance molecules lock growth differentiation factor 5 in an inhibitory complex.
著者: Malinauskas, T. / Peer, T.V. / Bishop, B. / Mueller, T.D. / Siebold, C.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年5月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.52023年7月26日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_database_status
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 5
B: Growth/differentiation factor 5
C: RGM domain family member B
D: RGM domain family member B
E: Neogenin
F: Neogenin
G: Growth/differentiation factor 5
H: Growth/differentiation factor 5
I: RGM domain family member B
J: RGM domain family member B
K: Neogenin
L: Neogenin
M: Growth/differentiation factor 5
N: Growth/differentiation factor 5
O: RGM domain family member B
P: RGM domain family member B
Q: Neogenin
R: Neogenin
c: RGM domain family member B
d: RGM domain family member B
i: RGM domain family member B
j: RGM domain family member B
o: RGM domain family member B
p: RGM domain family member B
S: RGM domain family member B
T: RGM domain family member B
U: RGM domain family member B
V: RGM domain family member B
W: RGM domain family member B
X: RGM domain family member B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)989,27439
ポリマ－987,28430
非ポリマー1,9919
水00
1
A: Growth/differentiation factor 5
B: Growth/differentiation factor 5
C: RGM domain family member B
D: RGM domain family member B
E: Neogenin
F: Neogenin
c: RGM domain family member B
d: RGM domain family member B
S: RGM domain family member B
T: RGM domain family member B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,75813
ポリマ－329,09510
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Growth/differentiation factor 5
H: Growth/differentiation factor 5
I: RGM domain family member B
J: RGM domain family member B
K: Neogenin
L: Neogenin
i: RGM domain family member B
j: RGM domain family member B
U: RGM domain family member B
V: RGM domain family member B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,75813
ポリマ－329,09510
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: Growth/differentiation factor 5
N: Growth/differentiation factor 5
O: RGM domain family member B
P: RGM domain family member B
Q: Neogenin
R: Neogenin
o: RGM domain family member B
p: RGM domain family member B
W: RGM domain family member B
X: RGM domain family member B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,75813
ポリマ－329,09510
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)279.480, 279.480, 142.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質
Growth/differentiation factor 5 / GDF-5 / Bone morphogenetic protein 14 / BMP-14 / Cartilage-derived morphogenetic protein 1 / CDMP-1 ...GDF-5 / Bone morphogenetic protein 14 / BMP-14 / Cartilage-derived morphogenetic protein 1 / CDMP-1 / Lipopolysaccharide-associated protein 4 / LPS-associated protein 4 / Radotermin


分子量: 13405.481 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF5, BMP14, CDMP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43026
#2: タンパク質
RGM domain family member B / DRG11-responsive axonal guidance and outgrowth of neurite / DRAGON


分子量: 41036.719 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence alignment is misleading. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGMB / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40
#3: タンパク質
Neogenin


分子量: 28031.631 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Neo1, Ngn / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P97798
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.11 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000 / PH範囲: 6.7-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.5→70.19 Å / Num. obs: 20764 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 5.5→5.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1499 / CC1/2: 0.278 / Rpim(I) all: 1.103

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z3J

6z3j


解像度: 5.501→69.87 Å / SU ML: 2.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 61.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4282 1061 5.13 %
Rwork0.3257 --
obs0.331 20690 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.501→69.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25084 0 126 0 25210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01225781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48935040
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2849509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114003
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.501-5.7510.48911380.4292412X-RAY DIFFRACTION100
5.751-6.05410.43981410.43352440X-RAY DIFFRACTION100
6.0541-6.43320.46831300.42342441X-RAY DIFFRACTION100
6.4332-6.92950.46931140.39952471X-RAY DIFFRACTION100
6.9295-7.6260.48181380.36222449X-RAY DIFFRACTION100
7.626-8.72770.40061470.31652447X-RAY DIFFRACTION100
8.7277-10.98910.37911290.26792468X-RAY DIFFRACTION100
10.9891-69.870.43321240.2872501X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.37081.44340.43035.37082.55381.23841.5862-2.33163.7477-0.13771.4373-1.92370.88584.6171.42936.7733-2.74331.02322.9315-1.37883.9921-86.353360.0825-49.0632
22.20321.66151.27376.4573-4.6046.46033.05-1.199-1.3581-2.5359-1.0729-2.16075.24293.38151.67396.0427-0.2422-0.3622.0623-0.20184.616-95.727746.8803-52.7452
30.6821-0.8602-0.07651.24460.38553.1109-0.21820.36680.80030.1550.3394-1.20871.95793.1519-1.90267.6196-3.3079-2.13448.686-2.89640.8333-80.761962.3918-72.4917
44.6389-2.97240.69434.5286-4.99917.3378-0.26146.2847-1.2702-0.7644-2.0278-1.55870.0342.5268-3.57018.4683-1.8265-3.70747.7379-1.162.769-89.752336.7849-31.0677
58.3986-0.91622.78012.98353.07815.01431.298-0.8361-0.89662.96731.82861.47892.4652-4.1962-0.97146.5125-1.11623.15326.35510.74257.96576.532955.03240.9143
60.4745-1.236-1.0972.99643.01533.0205-5.1123.0281-1.11463.64171.50243.81590.158-1.78811.41738.3522-0.21481.21284.39081.00215.9011-9.433654.528844.7777
72.37681.60490.59230.97760.31120.08340.89550.46411.5946-0.3482-1.49162.5769-4.5669-2.6558-5.94595.03722.37682.31448.1808-3.89534.884511.920865.431362.5068
88.43940.6564-1.38093.0359-1.67411.02814.13540.2413-1.7579-1.351.923-2.05591.0233-0.37756.10167.5586-3.0592-1.11798.6855-3.65452.8672-15.185656.68121.7393
95.7041.2945-5.17175.03941.06386.1744-1.03581.3276-0.62120.69751.33121.63560.61855.4722-0.38262.5833-0.2556-0.18575.58690.71434.4663-132.625325.223349.4315
104.1788-4.15760.43597.6818-3.66466.3649-0.1019-1.28-2.49761.3203-0.4130.6019-1.0076-1.52990.6121.89320.5917-0.97985.4667-1.5475.6813-148.830125.370445.7152
116.38280.39151.69195.8408-2.12481.3233-4.76750.11-4.26192.1899-0.37611.30443.4682-7.35971.53245.9628-0.95461.97457.7394-0.25493.9825-127.422916.030927.7049
127.34190.41697.01518.68293.12667.6204-0.0629-4.3852-1.96212.79613.4150.20450.17860.4904-1.15082.8322-0.24890.75536.9085-1.9134.6342-154.116521.098269.399
133.55793.4888-2.1727.8084-3.50017.9433-3.82723.2987-4.0562-1.37222.2891-2.52141.12031.21920.44043.1303-2.07990.65055.3399-0.46942.2979-51.5028108.1154-60.4394
142.8768-0.18340.95172.87990.5250.533-1.286-0.86040.00121.5826-0.97532.1725-1.7199-0.5495-0.53875.9613-2.68542.42334.7354-2.20172.735-89.6949113.4077-39.0899
150.7699-0.8898-2.13537.4208-0.81437.77650.8073-2.00691.84180.210.5141-6.12243.30961.238-0.9612.7621-0.3201-0.04282.8573-0.91415.1905-122.3601-5.1213-41.9146
160.08230.0457-1.00544.80320.2217.9315-0.09712.7104-2.1526-1.3653-2.18291.5420.6698-1.04831.67814.03190.175-0.69682.3714-1.43186.5074-147.07228.8298-55.4192
172.35341.914-2.06711.3227-1.43451.57541.7486-3.7225-0.88461.1807-0.22381.6776-1.2222-0.4851-0.66755.66883.74032.60068.66841.1037.397565.122658.392453.7267
188.53015.3444.67586.24440.4434.47270.73530.5169-4.6186-4.06281.0773-2.31641.53730.0192-1.50127.40032.8571.38677.5280.01165.821347.845820.621739.105
198.72514.2911-4.21764.85871.5096.80991.9879-2.4589-2.4399-1.9318-2.5409-2.7269-0.5469-1.56021.25827.6538-3.08392.48136.6973-1.32785.2256-68.077761.58334.4133
201.3526-0.17523.4496-0.0099-0.34138.2413-2.51880.44810.47210.03-0.9852-0.8609-2.45-2.78411.33845.9082-1.37482.74917.5617-2.66959.2019-51.90329.095156.5649
215.61710.9048-5.68828.2477-0.87066.94731.37483.193.0545-2.35760.24382.73031.2897-1.4069-1.15813.27-0.3549-1.32394.7387-0.04283.9758-72.995721.100137.0254
221.85920.6630.29435.8123-0.76573.8562-1.2284-3.67842.4463.51871.77432.27941.8199-0.06593.00451.84040.20710.94184.7005-1.663-1.2862-89.39659.314251.754
232.4345-1.775-0.86246.30587.5041.96785.05874.8675-1.01131.858-1.0811-2.14725.2014-0.3089-1.85994.94370.1369-1.20727.8998-1.1975.9097-206.175822.390653.5726
242.6343-0.952-1.62010.43470.78021.04441.3341.55241.0094-0.61790.8032-0.08121.7981-2.80821.68924.06370.1802-3.87299.5745-0.07885.8293-189.970460.228938.0324
252.036-0.6615-0.1378.54080.48883.461-1.3225-1.308-0.54972.0732.00892.52173.5885-0.49660.52126.4577-2.89273.07922.7408-1.37556.1429-83.226693.9878-47.8338
269.2401-4.2194.57578.0876-4.30314.18624.16471.82956.06651.3931-4.0659-0.0981-1.88391.7434-0.47113.19370.27250.43742.42090.93497.3023-125.210430.45-51.662
275.15596.11670.52867.4989-0.95554.00853.2924-1.8868-3.76253.7338-4.13880.0714-2.6806-4.9850.4785.61871.65830.43996.66931.76716.162235.68138.123444.7577
280.0421-0.0698-0.13070.09070.47911.17981.8367-1.72551.28280.48024.5669-0.50040.3655-1.873-2.40375.2959-1.7639-1.50126.82511.222511.501-39.838543.355349.5957
296.0941-3.6959-2.84615.5658-1.58444.92610.74932.9707-3.5356-2.9663-2.00312.68255.0561-4.97380.52283.9169-1.5591-1.14464.90190.0193.9375-101.995342.070646.2478
303.77012.6291-3.28719.76551.24124.25750.1183.1789-1.572.3953-0.6289-0.70080.40960.64130.29862.4881.3304-0.58028.05831.36647.0692-177.2542.706543.0237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 397 through 501)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 396 through 501)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 53 through 127)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 127)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'G' and resid 396 through 501)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'H' and resid 397 through 501)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'I' and resid 1 through 127)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'J' and resid 53 through 126)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'M' and resid 397 through 501)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'N' and resid 396 through 501)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'O' and resid 53 through 127)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'P' and resid 1 through 127)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'E' and resid 884 through 983)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'E' and resid 984 through 1088)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'F' and resid 884 through 983)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain 'F' and resid 984 through 1088)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain 'K' and resid 884 through 983)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain 'K' and resid 984 through 1088)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain 'L' and resid 884 through 983)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain 'L' and resid 984 through 1088)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain 'Q' and resid 884 through 983)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain 'Q' and resid 984 through 1088)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain 'R' and resid 884 through 983)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain 'R' and resid 984 through 1088)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain 'c' and resid 138 through 321)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain 'd' and resid 138 through 321)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain 'i' and resid 138 through 321)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain 'j' and resid 138 through 321)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain 'o' and resid 138 through 321)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain 'p' and resid 138 through 321)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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