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- PDB-6z38: TodX deltaS2S3 mutant monoaromatic hydrocarbon channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z38
タイトルTodX deltaS2S3 mutant monoaromatic hydrocarbon channel
要素TodX
キーワードMEMBRANE PROTEIN / FadL monoaromatic hydrocarbons biodegradation toluene outer membrane transport diffusion TodX
機能・相同性Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / long-chain fatty acid transporting porin activity / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Porin / cell outer membrane / Beta Barrel / Mainly Beta / TodX
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者van den Berg, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM104495-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Uptake of monoaromatic hydrocarbons during biodegradation by FadL channel-mediated lateral diffusion.
著者: Somboon, K. / Doble, A. / Bulmer, D. / Basle, A. / Khalid, S. / van den Berg, B.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TodX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2641
ポリマ－46,2641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.107, 115.928, 172.807
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 TodX


分子量: 46264.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: todX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51971

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M Na-citrate (pH 4.5), 0.1 M Li2SO4, 30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.14 Å / Num. obs: 18258 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 96.18 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2917 / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BRZ

3brz


解像度: 2.9→48.14 Å / SU ML: 0.5472 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.7724
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3175 863 4.73 %
Rwork0.2529 17389 -
obs0.2558 18252 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 127.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3115 0 0 0 3115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00963177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33014313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0679488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.55521840
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.080.46941340.34992871X-RAY DIFFRACTION99.97
3.08-3.320.42821570.31592836X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.650.37691120.26542886X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.180.28291550.23592868X-RAY DIFFRACTION99.97
4.18-5.270.27631470.23412913X-RAY DIFFRACTION100
5.27-48.140.31551580.24863015X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1316001354420.7941424671960.1285599761464.406967641711.368913566125.11725370073-0.447089138072-1.614396129371.12349276755-1.18963971224-0.1776153513180.3316742830360.02380615839670.4355668371210.1282907174220.771761833415-0.125685439970.3043268241221.05621685016-0.8353087057341.099433965027.0466467603932.1477944293214.092940607
22.02639561502-1.53273270249-0.5356254601914.994559827991.566847940984.097030714170.0181338516158-0.1904076155920.9762059001580.2705937894450.49790760026-1.34877498185-0.1216357417340.521472415082-0.09491324403830.861139245987-0.0758013698293-0.04520208453080.783079406443-0.3182846825870.86025507953114.396370700327.4282633401202.936656679
31.269768133231.687607049570.0295213676973.123376380942.082238532114.19872956255-0.1874127344720.143754037076-0.0825521553496-0.6718369607240.250157079487-0.334697750040.208583924685-0.01880515264150.01174815662360.614641822609-0.1330806743040.1092702996150.445095135167-0.1595776353330.58420593169611.062337823713.0366241826193.007612059
40.4055848521580.2918971190840.4506936457112.771931915051.539104092141.498192458530.0819502590464-0.07433059548590.624713079185-0.02004812209340.3847019487430.1741322762730.0729014971563-0.07498032198920.09690537277140.655746483-0.07120102285120.147552965920.880796141537-0.3828587599260.9476969728444.4051202170220.1654707112204.697422978
51.18076064010.2866539843930.8683527013683.390615009063.879484851868.586633023860.0342087175603-0.01965921108810.139449259602-0.01212395799-0.1450293266080.2630452756840.745109106553-0.330615988782-0.07516455080950.8681647248720.272325107057-0.02947031214670.744442669234-0.1217940757790.6144165619595.7892392217113.7457670563206.417063022
60.41874139144-0.7276720496380.7732371293971.06278687571-0.6417129696894.162336894710.0534962532488-1.169118850780.3464849674151.763383356640.362928625101-0.3019200883640.3066742350490.228391932632-0.107358664250.982318696538-0.4512496392540.3660750532921.24518598635-0.8740127988161.4487712714217.376826973226.7400000267214.263569948
70.279351082895-0.451388743393-0.7949084458445.808373833832.193149390812.11443219661-0.251016072131-1.272276090220.05547261762140.4455024133361.15928443698-0.9158948851150.6521327502531.54061344217-0.6005735231891.11748072492-0.0818946737355-0.1623073301851.19785161581-0.4822867710081.2099458893220.318302245821.8147000288208.034920724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 207 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 208 through 285 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 286 through 336 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 337 through 391 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 392 through 426 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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