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- PDB-6z2c: Engineered lipocalin C3A5 in complex with a transition state analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z2c
タイトルEngineered lipocalin C3A5 in complex with a transition state analog
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードPROTEIN BINDING / ANTICALIN / BETA-BARREL / CATALYSIS / DIELS-ALDER REACTION / LCN2 / LIPOCALIN / NGAL / PROTEIN ENGINEERING / TRANSITION STATE ANALOG
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / cellular response to increased oxygen levels ...positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / cellular response to increased oxygen levels / response to blue light / response to fructose / cellular response to X-ray / short-term memory / cellular response to interleukin-6 / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / response to herbicide / response to iron(II) ion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to interleukin-1 / long-term memory / cellular response to nutrient levels / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of endothelial cell migration / acute-phase response / Iron uptake and transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to virus / specific granule lumen / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to amyloid-beta / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / defense response to bacterium / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q5E / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Skerra, A. / Eichinger, A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of an engineered lipocalin that catalyzes a Diels-Alder reaction
著者: Eichinger, A. / Skerra, A.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9116
ポリマ－65,4603
非ポリマー1,4523
水4,900272
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3042
ポリマ－21,8201
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3042
ポリマ－21,8201
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3042
ポリマ－21,8201
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.385, 39.034, 96.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.000, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA3 - 1783 - 178
21GLYGLYBB3 - 1783 - 178
12ASPASPAA3 - 1773 - 177
22ASPASPCC3 - 1773 - 177
13ASPASPBB3 - 1773 - 177
23ASPASPCC3 - 1773 - 177

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin / p25


分子量: 21819.842 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: engineered protein / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188
#2: 化合物 ChemComp-Q5E / 1,7,8,9,10,10-hexachloro-4-carboxypentyl-4-aza-tricyclo[5.2.1.0(2,6)]dec-8-ene-3,5-dione / 6-[(1~{R},2~{S},6~{R},7~{S})-1,7,8,9,10,10-hexakis(chloranyl)-3,5-bis(oxidanylidene)-4-azatricyclo[5.2.1.0^{2,6}]dec-8- en-4-yl]hexanoic acid / 6-[(1R,2β,6β,7S)-3,5-ジオキソ-1,7,8,9,10,10-ヘキサクロロ-4-アザトリシクロ[5.(以下略)


分子量: 483.986 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13Cl6NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, ammonium tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 / 詳細: Si-mirror
放射モノクロメーター: Si 111 double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.387
11-L, -K, -H20.053
11-H, -K, H+L30.039
11L, K, -H-L40.143
11-H-L, K, H50.243
11-H-L, -K, L60.135
反射解像度: 1.294→83.472 Å / Num. obs: 55375 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.256 / Net I/av σ(I): 1.8 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.95.70.391.44518979920.1780.4310.392.595.2
1.9-2.015.30.3291.63619968310.1540.3650.3293.385.7
2.01-2.156.50.3011.94816973700.1260.3270.3014.698.6
2.15-2.326.60.28624545469100.1180.310.2865.198.8
2.32-2.556.60.2632.14225963970.1090.2860.2635.698.9
2.55-2.856.30.2442.33557156390.1030.2650.244697.3
2.85-3.295.90.2312.42929749980.1020.2540.2315.996.4
3.29-4.025.70.2042.72172138340.0920.2240.2045.986.7
4.02-5.697.20.212.72475834470.0840.2260.216.9100
5.69-41.7366.90.1932.81341619570.080.2090.193899.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.548
最高解像度最低解像度
Rotation41.74 Å1.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.6.02位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N47

5n47


解像度: 1.8→41.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.829 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1899 2681 4.8 %RANDOM
Rwork0.1608 ---
obs0.1622 52693 94.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.2 Å / 減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.5 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.99 Å2 / Biso mean: 19.936 Å2 / Biso min: 3.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.47 Å20 Å2-4.5 Å2
2--3.91 Å20 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→41.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4334 0 78 272 4684
Biso mean--15.76 18.94 -
残基数----531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134582
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.6876249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1371.5929667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5995536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.57922.979235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.72115770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6571521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02965
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A51600.12
12B51600.12
21A52690.1
22C52690.1
31B51310.11
32C51310.11
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 218 -
Rwork0.213 3935 -
all-4153 -
obs--95.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64550.09260.21890.7577-0.14020.95470.0175-0.015-0.00020.0017-0.0579-0.0332-0.05050.02790.04040.112-0.0091-0.11540.00580.00310.3453-5.6391.52724.049
21.0021-0.2235-0.12811.0017-0.19950.60390.01550.05640.06850.0026-0.02280.01720.0340.02740.00720.1047-0.0049-0.12020.00590.01360.3295-24.6271.568-7.254
30.90620.12980.21070.71730.17460.7248-0.00210.02010.02680.0414-0.00610.0193-0.0159-0.06420.00820.10710.0017-0.10940.00750.00120.3457-42.1171.65124.888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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