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- PDB-6z2c: Engineered lipocalin C3A5 in complex with a transition state analog -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z2c | ||||||
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Title | Engineered lipocalin C3A5 in complex with a transition state analog | ||||||
![]() | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / ANTICALIN / BETA-BARREL / CATALYSIS / DIELS-ALDER REACTION / LCN2 / LIPOCALIN / NGAL / PROTEIN ENGINEERING / TRANSITION STATE ANALOG | ||||||
Function / homology | ![]() siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / Neutrophil degranulation / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Skerra, A. / Eichinger, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of an engineered lipocalin that catalyzes a Diels-Alder reaction Authors: Eichinger, A. / Skerra, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 231 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 186.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5n47S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 21819.842 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: engineered protein / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: PEG 3350, ammonium tartrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2018 / Details: Si-mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 double-crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.294→83.472 Å / Num. obs: 55375 / % possible obs: 95.3 % / Redundancy: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.256 / Net I/av σ(I): 1.8 / Net I/σ(I): 4.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.548
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5N47 Resolution: 1.8→41.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.829 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0237 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.022 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 1.2 Å / Shrinkage radii: 1.2 Å / VDW probe radii: 1.5 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.99 Å2 / Biso mean: 19.936 Å2 / Biso min: 3.5 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→41.74 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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