PDB-6z1h: Ancestral glycosidase (family 1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z1h

タイトル

Ancestral glycosidase (family 1)

要素

(Residues 249 to 266 of chain A and 246 to 258 of chain B could not be identified and has been ...) x 2
ANCESTRAL RECONSTRUCTED GLYCOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / Ancestral reconstructed / glycosidase / Family 1

機能・相同性

ISOPROPYL ALCOHOL

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Risso, V.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gamiz-Arco, G. / Gutierrez-Rus, L. / Ibarra-Molero, B. / Hoshino, Y. / Petrovic, D. / Romero-Rivera, A. / Seelig, B. ...

資金援助

米国,

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Heme-binding enables allosteric modulation in an ancient TIM-barrel glycosidase.
著者: Gamiz-Arco, G. / Gutierrez-Rus, L.I. / Risso, V.A. / Ibarra-Molero, B. / Hoshino, Y. / Petrovic, D. / Justicia, J. / Cuerva, J.M. / Romero-Rivera, A. / Seelig, B. / Gavira, J.A. / Kamerlin, S. ...

履歴

登録	2020年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z1h.cif.gz	347.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z1h.ent.gz	282.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/6z1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/6z1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z1mC 2j78S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ku0-d 4fkb-d 4kb5-2 2dsn-d 3jyf-d 7buk-d 3anj-2 6agz-d 1sk6-1 3d59-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ANCESTRAL RECONSTRUCTED GLYCOSIDASE

B: ANCESTRAL RECONSTRUCTED GLYCOSIDASE

C: Residues 249 to 266 of chain A and 246 to 258 of chain B could not be identified and has been included as UNK in chain C and D, respectively.

D: Residues 249 to 266 of chain A and 246 to 258 of chain B could not be identified and has been included as UNK in chain C and D, respectively.

ヘテロ分子

108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.263, 80.668, 97.808
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.061, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ANCESTRAL RECONSTRUCTED GLYCOSIDASE 分子量: 52610.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
Residues 249 to 266 of chain A and 246 to 258 of chain B could not be identified and has been ... , 2種, 2分子 CD

#2: タンパク質・ペプチド	Residues 249 to 266 of chain A and 246 to 258 of chain B could not be identified and has been included as UNK in chain C and D, respectively. 分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	Residues 249 to 266 of chain A and 246 to 258 of chain B could not be identified and has been included as UNK in chain C and D, respectively. 分子量: 1124.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 38分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: HR1 (#C41): 0.1 M HEPES Na pH 7.5, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v PEG 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射	モノクロメーター: Si(100) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.15 Å / Num. obs: 27987 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 59.93 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3063 / CC_1/2: 0.707 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J78

2j78

解像度: 2.5→48.15 Å / SU ML: 0.3373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2952
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	1405	5.05 %
R_work	0.1939	26413	-
obs	0.1964	27818	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6156	0	176	34	6366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	6751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6626	9176
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	936
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	1203
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.1312	5356

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.59	0.3374	155	0.2763	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.59-2.69	0.3481	123	0.2536	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.82	0.3101	135	0.2469	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.82-2.96	0.2855	133	0.2345	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.15	0.2882	132	0.2231	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.15-3.39	0.2822	158	0.2079	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.73	0.279	151	0.191	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.73-4.27	0.1907	133	0.1688	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.27-5.38	0.2132	140	0.1649	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
5.38-48.15	0.2173	145	0.1895	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.35005309095	1.27474413669	0.434394027804	2.54332203609	-0.207432286638	2.30873700502	-0.359665973243	0.0501875447955	-0.498263736146	-0.16872938284	0.143767119125	-0.433526782481	0.206909767242	-0.0125182310459	0.158985947554	0.366103904981	-0.0525455359742	0.0444235057765	0.331672995988	-0.00879812341986	0.45430380929	26.5558289011	2.2516067732	24.5483431324
2	3.96917185944	1.23503341471	0.275392965687	3.59975780667	0.999299087478	3.05018761934	-0.342817480388	0.859929923868	-0.949268989045	-0.59787138782	0.328639619229	-0.781694961278	0.283751323486	0.235989174379	-0.0723576045837	0.745959511497	-0.262468524566	0.246550398332	0.711641183766	-0.181647139984	0.724349505144	30.6522797192	-0.317142231791	9.63973208836
3	3.5832174207	0.109993806094	-1.30778559841	0.0720853099653	-0.218273013536	0.500236969442	0.138682905206	1.24534602372	-0.319776912143	-0.192254019116	-0.0773935332538	-0.372305106058	0.175350852453	-0.312576748351	-0.0793992133792	1.19610946947	-0.264932229807	0.258426581818	1.04797029936	-0.262461567268	0.820343686625	24.7907162739	-1.53856806897	3.72291276168
4	2.68092819886	0.871112633235	0.0301795942051	3.58383099512	-0.441867209744	2.78781103659	-0.52505062574	0.547860143903	-0.456707885478	-0.724103538465	0.516483499301	0.190739183105	0.321143195139	-0.70650716991	0.0426653887891	0.583474879392	-0.30639936522	-0.0322705795228	0.769718560371	-0.00945718516008	0.532215967094	7.80964486304	-2.47070132725	19.4867463663
5	2.67028874931	0.351536937972	0.0779199668035	2.4274615957	0.628885027211	3.94168729195	0.0803035341278	0.285056071339	0.211538423095	-0.735222765125	0.119304334783	0.12698436573	-0.761808972705	-0.0487878626767	-0.145576500573	0.616931131141	-0.0531304685025	-0.0224618344329	0.379309389948	0.0529233523327	0.437515416497	35.246638814	37.279324385	26.0621157737
6	3.36639874689	-0.15049607253	0.0539887243026	4.86472198993	0.0858390265459	2.73854633276	0.407003323712	-0.156193978044	0.134499471965	-0.677594556921	-0.0561292488479	-0.546404541918	-0.246137352199	0.326646070135	-0.283718194646	0.933847691223	-0.222852031333	0.196550607245	0.692119604125	-0.134516719759	0.695057543738	49.1178418451	39.1915359267	25.5417486217
7	1.28913609348	-0.0809586427925	-0.401808124022	1.48567930564	0.817793257033	2.57082681096	0.560595522595	0.224563485867	0.525025126893	-0.764722111229	-0.15753699742	-0.503653397253	-1.12094144573	1.50056854824	-0.263230730489	1.03527864172	-0.252915622956	0.303263832146	0.990579523387	-0.0608758463943	0.822737832769	53.2276749488	44.116338338	24.4954936877
8	2.68518965599	-0.171762730796	0.482088791789	1.28913907782	1.09620171695	2.91391094534	-0.0615158482286	-0.515201463192	0.202654421716	-0.217748096801	0.492293366715	-0.392343908078	-0.715096881949	0.568454607706	-0.291183731322	0.505259429799	-0.153689725737	0.0745446851408	0.546766778757	-0.195438259783	0.557087577105	43.9627234335	41.8106905759	44.9368293907
9	0.340466731991	0.0988517913578	-0.639910685972	0.237258143578	0.00985285411915	1.3825709048	0.263308308579	-0.147708272398	0.135586135255	-0.0274975348263	0.480290668616	0.486459381392	-0.077320739354	0.301012909422	-0.527549900775	3.09259831937	-0.756289681834	0.600945930332	1.76938425571	0.0996601920115	1.2962323494	58.2261397905	55.6230624647	53.2535113682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 191 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 192 through 251 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 252 through 323 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 324 through 451 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 216 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 217 through 251 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 252 through 359 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 360 through 450 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 451 through 454 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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