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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z0w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhB from Shewanella putrefaciens | ||||||
要素 | Flagellar biosynthetic protein FlhB | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / T3SS / flagellum / motility / Shewanella | ||||||
機能・相同性 | Flagellar biosynthetic protein FlhB / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / Flagellar biosynthetic protein FlhB 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Altegoer, F. / Bange, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020 タイトル: A Proline-Rich Element in the Type III Secretion Protein FlhB Contributes to Flagellar Biogenesis in the Beta- and Gamma-Proteobacteria. 著者: Hook, J.C. / Blagotinsek, V. / Pane-Farre, J. / Mrusek, D. / Altegoer, F. / Dornes, A. / Schwan, M. / Schier, L. / Thormann, K.M. / Bange, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z0w.cif.gz | 256 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z0w.ent.gz | 174.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z0w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6z0w_validation.pdf.gz | 454.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6z0w_full_validation.pdf.gz | 461.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6z0w_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6z0w_validation.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z0w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3b0zS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15191.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア) 遺伝子: flhB, Sputcn32_2563 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y8K1 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: XX |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976244 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976244 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→46.44 Å / Num. obs: 33095 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1412 / Net I/σ(I): 13.46 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / Rmerge(I) obs: 1.233 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 3286 / CC1/2: 0.773 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3B0Z 解像度: 2.1→46.44 Å / SU ML: 0.2753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5275 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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