PDB-6z0w: Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhB from Shewanel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z0w

タイトル

Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhB from Shewanella putrefaciens

要素

Flagellar biosynthetic protein FlhB

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / T3SS / flagellum / motility / Shewanella

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Altegoer, F. / Bange, G.

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: A Proline-Rich Element in the Type III Secretion Protein FlhB Contributes to Flagellar Biogenesis in the Beta- and Gamma-Proteobacteria.
著者: Hook, J.C. / Blagotinsek, V. / Pane-Farre, J. / Mrusek, D. / Altegoer, F. / Dornes, A. / Schwan, M. / Schier, L. / Thormann, K.M. / Bange, G.

履歴

登録	2020年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z0w.cif.gz	256 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z0w.ent.gz	174.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6z0w_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z0w_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	6z0w_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	6z0w_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z0w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3b0zS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vif-d 4lda-3 1ynx-d 5qp5-d 6i20-4 1you-2 1wid-d 1wqu-d 2j7z-d 1pdo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar biosynthetic protein FlhB

B: Flagellar biosynthetic protein FlhB

C: Flagellar biosynthetic protein FlhB

D: Flagellar biosynthetic protein FlhB

60.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Flagellar biosynthetic protein FlhB

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Flagellar biosynthetic protein FlhB

登録者が定義した集合体
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3

C: Flagellar biosynthetic protein FlhB

登録者が定義した集合体
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4

D: Flagellar biosynthetic protein FlhB

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.436, 152.436, 126.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

#1: タンパク質	Flagellar biosynthetic protein FlhB 分子量: 15191.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア) 遺伝子: flhB, Sputcn32_2563 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y8K1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: XX

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976244 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976244 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→46.44 Å / Num. obs: 33095 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 19.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1412 / Net I/σ(I): 13.46
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / R_merge(I) obs: 1.233 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 3286 / CC_1/2: 0.773

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B0Z

3b0z

解像度: 2.1→46.44 Å / SU ML: 0.2753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5275
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	1852	5.6 %
R_work	0.2099	31233	-
obs	0.212	33085	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3932	0	0	202	4134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4020
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1598	5467
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	623
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	712
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.6474	542

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.3038	141	0.2743	2381	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.16-2.22	0.3285	142	0.25	2389	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.22-2.29	0.2985	141	0.2376	2362	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.29-2.37	0.2953	140	0.2406	2378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.47	0.2779	142	0.2449	2380	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.47-2.58	0.3277	142	0.2349	2405	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.58-2.72	0.2775	142	0.2436	2403	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.72-2.89	0.3018	141	0.2363	2384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.11	0.2458	143	0.2343	2396	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.42	0.2899	142	0.2139	2406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.92	0.2295	143	0.196	2412	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.92-4.93	0.2099	145	0.1665	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-46.44	0.2034	148	0.2027	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.02471563593	-1.55525640942	-0.228096269672	1.2533673798	-0.169358114457	2.19229627413	0.169434811063	0.387340163764	-0.170991099921	-0.166503013341	-0.0461397023914	0.172644499366	0.106931854483	-0.438124635051	-0.161834914556	0.328230016141	0.0280987966314	-0.0221476280972	0.336333682133	-0.00749679350609	0.253641792169	-10.7160745449	-20.1824911588	14.314151861
2	2.60713092183	-0.776727840439	-2.85783769555	4.69599330896	-0.413960566135	5.98401069311	0.0817225607199	0.584261686951	0.132875823689	0.0851280314371	0.271640826133	0.275328767741	0.59941915226	-0.817597194974	-0.199230030739	0.313188625235	-0.0397659178267	-0.0313555652453	0.3436518768	-0.00605238132347	0.339023079956	-8.3243056084	-28.379487251	28.4822289183
3	2.67381668213	-0.589377976822	-0.00603772308386	3.26538771717	1.49843236485	3.40311322935	0.202530164055	0.29465535026	0.0638142630456	-0.29391880807	-0.192174001733	0.155745391865	-0.0200587982229	-0.0249503972011	-0.0432955563496	0.288074248425	0.0335114712267	0.0113305311987	0.268455270651	0.0021367536798	0.272781574515	-4.93356440404	-22.2350429411	15.6755372564
4	2.5876179608	0.118147299131	-0.984491524341	2.00197109424	1.14588765921	6.4978860729	0.00724380851657	-0.508313932037	1.00115403226	0.100220642837	-0.0845135150897	-0.240557687927	-1.61538129784	-0.0185941897888	-0.150836841212	0.571304485814	0.0625277575071	0.022551352144	0.519500314847	-0.122660559918	0.637582311675	2.88061696692	-10.8333341585	19.9955597246
5	0.91812808459	0.395060626964	0.403911585061	1.03913939227	0.499647394069	0.396459872589	-0.157525744787	0.234818640636	0.0203286739607	-0.218778296726	0.171869944187	-0.0396186159175	-0.034008049601	0.090038685703	-0.142170331884	0.533344766108	0.0154968373557	0.0730744209494	0.42170767598	-0.0254324756904	0.403302589402	5.18343881225	-33.452391495	6.75960214452
6	1.20662064701	-0.304600120075	-0.316490056621	4.72461245704	-0.486427059281	2.24244143802	-0.0878911612547	-0.0630542621828	-0.276350047543	0.263736080939	-0.0321987830295	-0.200995310298	0.326413057964	-0.0180158997779	0.184343117775	0.427008019387	0.0491429294074	-0.00139948351994	0.318106557796	-0.000812321789314	0.320954579369	-19.3417905452	-14.792077649	48.4031163305
7	3.0637940964	0.812743235941	2.82593184643	3.39867829865	4.29842732204	2.05059382283	-0.257107276426	-0.262782697459	-0.214409009185	0.326192383979	0.502867058554	-0.39436518637	-0.750131436992	1.1078693043	-0.0886332651504	0.622709596507	0.0820760003605	0.0652071994575	0.381295415548	0.0132426664658	0.27660425573	-21.2405098833	-5.30213613225	53.6743752034
8	4.16454611467	-1.2660386506	-0.343395792907	1.73067539542	3.05207076591	6.61951224546	0.242246819083	0.173702492233	-0.332212883434	0.179267485697	-0.0460014014717	-0.436250336678	1.64329606423	0.0119444992378	-0.257317225023	0.49413659082	0.0703624138261	-0.0379075650584	0.463871253904	-0.0247178693148	0.342635355881	-28.3020424042	-8.74575725853	35.8669960042
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 252 through 278 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 279 through 287 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 288 through 348 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 349 through 364 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 365 through 382 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 251 through 268 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 269 through 278 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 279 through 287 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 288 through 307 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 308 through 333 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 334 through 349 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 350 through 354 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 359 through 375 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 252 through 278 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 279 through 287 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 288 through 308 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 309 through 354 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 355 through 369 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 370 through 381 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 252 through 268 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 269 through 278 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 280 through 287 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 288 through 307 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 308 through 333 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 334 through 354 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 355 through 359 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 360 through 374 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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