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- PDB-6z0o: Structure of Affimer-NP bound to Crimean-Congo Haemorrhagic Fever... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z0o
タイトルStructure of Affimer-NP bound to Crimean-Congo Haemorrhagic Fever Virus Nucleocapsid Protein
要素
  • Affimer-NP
  • Nucleocapsid
キーワードVIRAL PROTEIN / Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Nucleoprotein / Affimer-NP / complex / high-affinity / anti-viral / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1110 / Nucleocapsid N protein / Nucleocapsid N protein / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5974 Å
データ登録者Alvarez-Rodriguez, B. / Tiede, C. / Trinh, C. / Tomlinson, D. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)721367 英国
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2020
タイトル: Characterization and applications of a Crimean-Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein-specific Affimer: Inhibitory effects in viral replication and development of colorimetric diagnostic tests.
著者: Alvarez-Rodriguez, B. / Tiede, C. / Hoste, A.C.R. / Surtees, R.A. / Trinh, C.H. / Slack, G.S. / Chamberlain, J. / Hewson, R. / Fresco, A. / Sastre, P. / Tomlinson, D.C. / Millner, P.A. / ...著者: Alvarez-Rodriguez, B. / Tiede, C. / Hoste, A.C.R. / Surtees, R.A. / Trinh, C.H. / Slack, G.S. / Chamberlain, J. / Hewson, R. / Fresco, A. / Sastre, P. / Tomlinson, D.C. / Millner, P.A. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.
履歴
登録2020年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.selection_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid
B: Nucleocapsid
E: Affimer-NP
F: Affimer-NP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8064
ポリマ－129,8064
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, nonnatural
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area53540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.33, 73.98, 95.764
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 100.923, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETPHEPHEchain 'A' and segid ' 'AA1 - 1391 - 139
121VALVALASNASNchain 'A' and segid ' 'AA141 - 182141 - 182
131PROPROVALVALchain 'A' and segid ' 'AA192 - 268192 - 268
141LYSLYSILEILEchain 'A' and segid ' 'AA270 - 436270 - 436
151LYSLYSILEILEchain 'A' and segid ' 'AA438 - 482438 - 482
261METMETPHEPHEchain 'B' and segid ' 'BB1 - 1391 - 139
271VALVALASNASNchain 'B' and segid ' 'BB141 - 182141 - 182
281PROPROVALVALchain 'B' and segid ' 'BB192 - 268192 - 268
291LYSLYSILEILEchain 'B' and segid ' 'BB270 - 436270 - 436
2101LYSLYSILEILEchain 'B' and segid ' 'BB438 - 482438 - 482
1112GLUGLUVALVALchain 'E' and segid 'BAA0'EC32 - 1211 - 90
2122GLUGLUVALVALchain 'F' and segid 'B000'FD32 - 1211 - 90

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid


分子量: 54028.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)
遺伝子: Np / プラスミド: pET-SUMO28(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70UR4
#2: タンパク質 Affimer-NP


分子量: 10874.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: ammonium acetate, sodium acetate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5974→94 Å / Num. obs: 26028 / % possible obs: 67.1 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 90.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Num. unique obs: 126 / CC1/2: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2data processing
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AKL, 4N6U

4akl

4n6u


解像度: 2.5974→88.6935 Å / SU ML: 0.444 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3379 / 位相誤差: 43.4797 / 詳細: Phenix with TLS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 1351 5.1937 %
Rwork0.2248 --
obs0.2275 26012 67.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 132.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5974→88.6935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8972 0 0 3 8975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003159182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74837512382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028861343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025621582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.673593418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5974-2.69020.211320.421680X-RAY DIFFRACTION2.1791
2.6902-2.79790.4937150.4303402X-RAY DIFFRACTION10.9708
2.7979-2.92530.5082570.40091087X-RAY DIFFRACTION29.8773
2.9253-3.07950.49251030.36622071X-RAY DIFFRACTION56.5851
3.0795-3.27250.37911380.35432930X-RAY DIFFRACTION80.2092
3.2725-3.52520.34541920.31863443X-RAY DIFFRACTION94.7355
3.5252-3.87990.3292220.25643643X-RAY DIFFRACTION99.8966
3.8799-4.44130.27532200.22163616X-RAY DIFFRACTION99.8438
4.4413-5.59550.28911860.20893692X-RAY DIFFRACTION99.615
5.5955-88.64520.19992160.16983697X-RAY DIFFRACTION98.7633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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