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- PDB-6z0h: Structure of TREM2 transmembrane helix K186A variant in DPC micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z0h
タイトルStructure of TREM2 transmembrane helix K186A variant in DPC micelles
要素Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / neurodegeneration / proteolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway ...positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of triglyceride storage / negative regulation of cell activation / detection of peptidoglycan / positive regulation of macrophage fusion / import into cell / sulfatide binding / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / negative regulation of fat cell proliferation / lipoteichoic acid binding / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of synapse pruning / microglial cell activation involved in immune response / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / negative regulation of autophagic cell death / respiratory burst after phagocytosis / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of astrocyte activation / semaphorin receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / apolipoprotein A-I binding / Other semaphorin interactions / detection of lipopolysaccharide / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of neuroinflammatory response / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of glial cell apoptotic process / very-low-density lipoprotein particle binding / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / complement-mediated synapse pruning / dendritic cell differentiation / microglial cell proliferation / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / semaphorin receptor complex / positive regulation of microglial cell activation / regulation of TOR signaling / low-density lipoprotein particle binding / phagocytosis, recognition / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / cellular response to lipoprotein particle stimulus / regulation of resting membrane potential / positive regulation of phagocytosis, engulfment / cellular response to peptidoglycan / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / peptidoglycan binding / positive regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of chemotaxis / semaphorin receptor activity / positive regulation of potassium ion transport / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of amyloid fibril formation / cellular response to lipid / kinase activator activity / regulation of interleukin-6 production / apoptotic cell clearance / dendritic spine maintenance / negative regulation of interleukin-1 beta production / phagocytosis, engulfment / regulation of innate immune response / positive regulation of ATP biosynthetic process / phosphatidylserine binding / negative regulation of cholesterol storage / pyroptotic inflammatory response / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lipid homeostasis / social behavior / cellular response to lipoteichoic acid / amyloid-beta clearance / lipoprotein particle binding / positive regulation of intracellular signal transduction / humoral immune response / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / apolipoprotein binding / plasma membrane raft / positive regulation of cholesterol efflux / positive regulation of TOR signaling / response to axon injury / positive regulation of phagocytosis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Steiner, A. / Schlepkow, K. / Brunner, B. / Steiner, H. / Haass, C. / Hagn, F.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationVG-NG-1039 ドイツ
European Communitys Seventh Framework Programme291763European Union
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: gamma-Secretase cleavage of the Alzheimer risk factor TREM2 is determined by its intrinsic structural dynamics.
著者: Steiner, A. / Schlepckow, K. / Brunner, B. / Steiner, H. / Haass, C. / Hagn, F.
履歴
登録2020年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1141
ポリマ－5,1141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4870 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 / TREM-2 / Triggering receptor expressed on monocytes 2


分子量: 5114.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TREM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZC2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 500 uM U-2H,U-13C,U-15N TREM2 transmembrane helix in DPC micelles, 95% H2O/5% D2O
詳細: 2H,13C,15N-labeled TREM2-TMH in DPC micelles / Label: 2H,13C,15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 500 uM / 構成要素: TREM2 transmembrane helix in DPC micelles / Isotopic labeling: U-2H,U-13C,U-15N
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9502

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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