PDB-6yzf: Crystal structure of the M295Y variant of Ssl1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yzf

タイトル

Crystal structure of the M295Y variant of Ssl1

要素

Copper oxidase
GLU-HIS-SER

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Laccase / Ssl1 / Cu-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)

Streptomyces sviceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.684 Å

データ登録者

Mielenbrink, S. / Olbrich, A. / Urlacher, V. / Span, I.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Effect of the axial ligand mutation on spectral and structural properties of Ssl1 laccase
著者: Mielenbrink, S. / Olbrich, A. / Urlacher, V. / Span, I.

履歴

登録	2020年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yzf.cif.gz	323.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yzf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yzf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yzf_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yzf_full_validation.pdf.gz	467.7 KB	表示
XML形式データ	6yzf_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	6yzf_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yzf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y4aC 6yo5C 6yzdC 6yzyC 4m3hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wtq-d 6zip-3 6yzd-d 4m3h-d 6fdj-4 6fdj-2 5o3k-2 5o4i-4 6yo5-d 5o4i-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Copper oxidase

BBB: Copper oxidase

CCC: Copper oxidase

FFF: GLU-HIS-SER

ヘテロ分子

108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.400, 104.240, 162.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Copper oxidase 分子量: 35650.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア) 遺伝子: SSEG_02446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5HSR1
#2: タンパク質・ペプチド	GLU-HIS-SER 分子量: 372.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Part of the protein chain, but position is unknown 由来: (組換発現) Streptomyces sviceus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM HEPES pH 7.0, 1.4 M ammonium sulfate, 10 mM [Co(NH3)6]Cl3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→49.043 Å / Num. obs: 98807 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.87
反射シェル	解像度: 1.684→1.692 Å / Num. unique obs: 4562 / CC_1/2: 0.572

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M3H

4m3h

解像度: 1.684→49.043 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.222 / WR_factor R_work: 0.182 / SU B: 3.077 / SU ML: 0.094 / Average fsc free: 0.8674 / Average fsc work: 0.8793 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	4943	5.007 %
R_work	0.1906	93769	-
all	0.193	-	-
obs	-	98712	99.271 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.875 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.048 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.826 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.684→49.043 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6250	0	25	632	6907

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	6461
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.646	8727
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.402	1.582	13113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.561	5	795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.806	21.03	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.393	15	969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	35.009	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.178	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	5583
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3020
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.134	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.226	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.027	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.272	2.522	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.272	2.521	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.383	3.766	3989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.383	3.767	3990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.952	2.769	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.902	2.763	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.097	4.05	4738
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.064	4.042	4721
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.15	29.817	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.149	29.823	7194

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.684-1.728	0.35	342	0.365	6575	X-RAY DIFFRACTION	95.5651
1.728-1.775	0.342	362	0.333	6669	X-RAY DIFFRACTION	98.7223
1.775-1.826	0.331	347	0.29	6493	X-RAY DIFFRACTION	99.5923
1.826-1.883	0.33	332	0.264	6299	X-RAY DIFFRACTION	99.2071
1.883-1.944	0.274	320	0.242	6108	X-RAY DIFFRACTION	99.1669
1.944-2.013	0.274	327	0.227	5926	X-RAY DIFFRACTION	99.2855
2.013-2.089	0.254	291	0.207	5772	X-RAY DIFFRACTION	99.475
2.089-2.174	0.244	289	0.19	5520	X-RAY DIFFRACTION	99.6056
2.174-2.27	0.239	267	0.192	5350	X-RAY DIFFRACTION	99.716
2.27-2.381	0.247	274	0.189	5108	X-RAY DIFFRACTION	99.796
2.381-2.51	0.244	286	0.186	4820	X-RAY DIFFRACTION	99.8826
2.51-2.662	0.235	260	0.182	4627	X-RAY DIFFRACTION	99.9182
2.662-2.846	0.231	184	0.172	4399	X-RAY DIFFRACTION	99.9782
2.846-3.074	0.219	223	0.18	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
3.074-3.367	0.223	203	0.183	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.367-3.764	0.193	175	0.161	3423	X-RAY DIFFRACTION	99.9722
3.764-4.346	0.177	147	0.138	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
4.346-5.322	0.153	146	0.132	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
5.322-7.523	0.233	109	0.2	2043	X-RAY DIFFRACTION	99.9536
7.523-49.043	0.254	59	0.213	1207	X-RAY DIFFRACTION	99.6066

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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