PDB-6yzd: Crystal structure of the M295A variant of Ssl1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yzd

タイトル

Crystal structure of the M295A variant of Ssl1

要素

Copper oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Laccase / Ssl1 / Cu-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Mielenbrink, S. / Olbrich, A. / Urlacher, V. / Span, I.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Effect of the axial ligand mutation on spectral and structural properties of Ssl1 laccase
著者: Mielenbrink, S. / Olbrich, A. / Urlacher, V. / Span, I.

履歴

登録	2020年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yzd.cif.gz	312.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yzd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yzd_validation.pdf.gz	8.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yzd_full_validation.pdf.gz	8.1 MB	表示
XML形式データ	6yzd_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	6yzd_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y4aC 6yo5C 6yzfC 6yzyC 4m3hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wtq-d 4m3h-d 5o3k-2 5o4i-2 6yo5-d 6s0o-1 6zij-2 4n8u-d 6yzf-d 6fdj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Copper oxidase

BBB: Copper oxidase

CCC: Copper oxidase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.440, 104.100, 163.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Copper oxidase 分子量: 35558.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア) 遺伝子: SSEG_02446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5HSR1
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM HEPES pH 7.0, 1.4 M ammonium sulfate, 10 mM [Co(NH3)6]Cl3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→30.36 Å / Num. obs: 168970 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.41→1.43 Å / Num. unique obs: 8312 / CC_1/2: 0.621

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M3H

4m3h

解像度: 1.41→30.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.785 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	8343	4.938 %
R_work	0.1998	-	-
all	0.201	-	-
obs	-	168969	99.828 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.936 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.758 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.835 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.593 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→30.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6286	0	24	255	6565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	6478
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.657	1.645	8794
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.482	1.58	13151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.385	5	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.611	20.997	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.425	15	975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.774	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	5253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.059	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.07	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.899	2.212	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.894	2.211	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.595	3.313	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.595	3.314	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.414	2.417	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.401	2.414	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.547	3.529	4744
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.524	3.523	4733
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.585	25.101	6902
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.584	25.045	6862

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.447	0.342	622	0.327	11744	X-RAY DIFFRACTION	99.7419
1.447-1.486	0.31	628	0.311	11421	X-RAY DIFFRACTION	99.8591
1.486-1.529	0.311	553	0.288	11177	X-RAY DIFFRACTION	99.7449
1.529-1.576	0.289	554	0.266	10857	X-RAY DIFFRACTION	99.8338
1.576-1.628	0.247	549	0.244	10485	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.628-1.685	0.255	502	0.227	10211	X-RAY DIFFRACTION	99.8881
1.685-1.749	0.233	537	0.212	9790	X-RAY DIFFRACTION	99.9129
1.749-1.82	0.237	535	0.198	9430	X-RAY DIFFRACTION	99.8397
1.82-1.901	0.233	461	0.189	9155	X-RAY DIFFRACTION	99.8339
1.901-1.994	0.223	432	0.19	8693	X-RAY DIFFRACTION	99.9343
1.994-2.102	0.209	440	0.189	8266	X-RAY DIFFRACTION	99.8738
2.102-2.229	0.226	432	0.185	7863	X-RAY DIFFRACTION	99.9398
2.229-2.383	0.236	383	0.188	7409	X-RAY DIFFRACTION	99.9743
2.383-2.574	0.216	337	0.188	6951	X-RAY DIFFRACTION	99.9863
2.574-2.82	0.235	327	0.199	6377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.152	0.228	291	0.209	5803	X-RAY DIFFRACTION	99.9508
3.152-3.64	0.217	270	0.196	5161	X-RAY DIFFRACTION	99.8896
3.64-4.457	0.167	208	0.157	4384	X-RAY DIFFRACTION	100
4.457-6.301	0.182	186	0.166	3454	X-RAY DIFFRACTION	99.9451
6.301-30.36	0.245	96	0.224	1995	X-RAY DIFFRACTION	98.5391

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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