+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yz7 | |||||||||
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Title | H11-D4, SARS-CoV-2 RBD, CR3022 ternary complex | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Antibody / nanobody complex / rbd | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Homo sapiens (human) Lama glama (llama) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | |||||||||
Authors | Naismith, J.H. / Ren, J. / Zhou, D. / Zhao, Y. / Stuart, D.I. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: To Be Published / Year: 2020 Title: Structural characterisation of a nanobody derived from a naive library that neutralises SARS-CoV-2 Authors: Naismith, J.H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yz7.cif.gz | 573.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yz7.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 6yz7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
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Full document | 6yz7_full_validation.pdf.gz | 559.1 KB | Display | |
Data in XML | 6yz7_validation.xml.gz | 52.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6yz7_validation.cif.gz | 70.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yz7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6z2mC 6ylaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 23716.580 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Cell line (production host): HEK293S GnTI- / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 #2: Antibody | Mass: 24455.520 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293T / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 24289.885 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #4: Antibody | Mass: 15010.732 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: His tag / Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #5: Sugar | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.92 Å3/Da / Density % sol: 68.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion Details: The best crystals were grown in condition containing 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 6000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.978 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.29→128.187 Å / Num. obs: 40954 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 78 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 4.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.29→3.35 Å / Num. unique obs: 1538 / CC1/2: 0.369 / Rpim(I) all: 4.094 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6YLA Resolution: 3.3→128.187 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 94.993 / SU ML: 0.571 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.5 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 1 Å / Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 144.159 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→128.187 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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