PDB-6yxz: Structure and activity of the GH20 beta-N-beta-N-acetylhexosamini...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yxz

タイトル

Structure and activity of the GH20 beta-N-beta-N-acetylhexosaminidase from Bifidobacterium bifidum

要素

Beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / Glycosyl hydrolase family 20 / sulfoglycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bifidobacterium bifidum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

He, Y. / Jin, Y.

資金援助

英国,

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and activity of the GH20 beta-N-beta-N-acetylhexosaminidase from Bifidobacterium bifidum
著者: He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2020年5月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yxz.cif.gz	299.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yxz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yxz_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yxz_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	6yxz_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	6yxz_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z14C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e6e-1 6e7c-d 2ay2-d 2fn6-d 3d3i-3 4fs9-d 1tae-5 4f0h-d 5bx2-d 1i24-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (3)

登録構造単位

JJJ: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

109 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.566, 126.750, 152.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 JJJ

#1: タンパク質	Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-n-acetylhexosaminidase NagZ 分子量: 108489.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium bifidum (バクテリア) 遺伝子: bbhII, B0085_1802, LMG11583_1629 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D4QAP5, beta-N-acetylhexosaminidase

-
非ポリマー , 5種, 646分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 21.6 mg/mL of purified protein in the buffer of tris 25 mM pH 8.0 and NaCl 200 mM is mixed with PEG 3350 23%, 0.1 M bis-tris propane PH 6.5 and 0.2 M NaBr at 1:1 ratio.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→63.38 Å / Num. obs: 111519 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 1.654 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5474 / CC_1/2: 0.61 / R_pim(I) all: 0.969 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: generated by MrBUMP

解像度: 1.75→63.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 6.477 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2197	5615	5.04 %
R_work	0.1601	-	-
all	0.163	-	-
obs	-	111416	99.947 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.359 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.781 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.429 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.352 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→63.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5290	0	10	641	5941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	4851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.64	7386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.41	1.574	11282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.043	5	701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.127	23.55	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.33	15	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.553	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.023	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.325	2.709	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.323	2.707	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.197	4.078	3498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.197	4.08	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.797	2.972	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.798	2.972	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.819	4.341	3887
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.818	4.342	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.574	33.419	6284
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.329	32.867	6147
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.102	3	10269

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.334	396	0.267	7728	X-RAY DIFFRACTION	99.8157
1.795-1.845	0.314	370	0.253	7569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.898	0.275	421	0.23	7317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.956	0.256	380	0.185	7147	X-RAY DIFFRACTION	99.9734
1.956-2.021	0.251	364	0.168	6933	X-RAY DIFFRACTION	99.9863
2.021-2.092	0.216	387	0.152	6658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.092-2.17	0.216	321	0.147	6478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.259	0.227	324	0.14	6256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.259-2.359	0.209	308	0.127	5998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.359-2.475	0.19	318	0.118	5702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.475-2.608	0.223	318	0.132	5425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.608-2.767	0.193	265	0.123	5180	X-RAY DIFFRACTION	99.9816
2.767-2.958	0.221	269	0.139	4902	X-RAY DIFFRACTION	99.9807
2.958-3.194	0.202	217	0.15	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.194-3.499	0.221	256	0.164	4180	X-RAY DIFFRACTION	100
3.499-3.912	0.194	184	0.148	3835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.912-4.517	0.172	184	0.136	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
4.517-5.531	0.233	155	0.173	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
5.531-7.816	0.27	111	0.218	2298	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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