PDB-6yx7: The high resolution structure of allophycocyanin from cyanobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yx7

タイトル

The high resolution structure of allophycocyanin from cyanobacterium Nostoc sp. WR13, the P21212 crystal form.

要素

(Allophycocyanin ...) x 2

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Allophycocyanin crystal structure Phycobilisome Phycobiliproteins Phycocyanobilin chromophore Light harvesting complex Cyanobacterium Nostoc sp. WR13

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. WR13 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.419 Å

データ登録者

Patel, H.M. / Roszak, A.W. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.

資金援助

米国,

インド, 3件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-SC0001035 (Office of Basic Energy Sciences)	米国
Department of Biotechnology (DBT, India)	BT/PR15686/AAQ/3/811/2016 (UGC-BSR Faculty Fellowship)	インド
Department of Biotechnology (DBT, India)	BT/IN/UK/DBT-BC/2017-18 (Newton-Bhabha fellowship)	インド

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The high resolution structure of allophycocyanin from cyanobacterium Nostoc sp. WR13
著者: Patel, H.M. / Roszak, A.W. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.

履歴

登録	2020年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yx7.cif.gz	887.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yx7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yx7_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yx7_full_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示
XML形式データ	6yx7_validation.xml.gz	121.9 KB	表示
CIF形式データ	6yx7_validation.cif.gz	172.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yx8C 1b33S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1kn1-1 2vjt-1 2bv8-d 2uun-1 4h0m-2 4n6s-1 1f99-1 5uvk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Allophycocyanin alpha

BBB: Allophycocyanin beta

CCC: Allophycocyanin alpha

DDD: Allophycocyanin beta

EEE: Allophycocyanin alpha

FFF: Allophycocyanin beta

GGG: Allophycocyanin alpha

HHH: Allophycocyanin beta

III: Allophycocyanin alpha

JJJ: Allophycocyanin beta

KKK: Allophycocyanin alpha

LLL: Allophycocyanin beta

ヘテロ分子

218 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.695, 177.726, 106.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	EEE-51- LYS
2	1	CCC-202- P6G
3	1	EEE-347- HOH
4	1	EEE-378- HOH
5	1	EEE-487- HOH
6	1	JJJ-552- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

-
Allophycocyanin ... , 2種, 12分子 AAACCCEEEGGGIIIKKKBBBDDDFFFHHHJJJLLL

#1: タンパク質	Allophycocyanin alpha 分子量: 17007.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然詳細: THERE IS ONE CHROMOPHORE MOLECULE, PHYCOCYANOBILIN (LIGAND ID: CYC), BOUND COVALENTLY TO ALLOPHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT RESIDUE CYS80; The N-terminal Methionine present in the gene sequence ...詳細: THERE IS ONE CHROMOPHORE MOLECULE, PHYCOCYANOBILIN (LIGAND ID: CYC), BOUND COVALENTLY TO ALLOPHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT RESIDUE CYS80; The N-terminal Methionine present in the gene sequence was post-translationally removed and is not present in the crystal structure 由来: (天然) Nostoc sp. WR13 (バクテリア) Plasmid details: From the desert Rann of Kachchh (RoK), Gujarat, India 参照: UniProt: A0A4Y5PW22
#2: タンパク質	Allophycocyanin beta 分子量: 17340.707 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然詳細: THERE IS ONE CHROMOPHORE MOLECULE, PHYCOCYANOBILIN (LIGAND ID: CYC), BOUND COVALENTLY TO ALLOPHYCOCYANIN BETA SUBUNIT RESIDUE CYS81 由来: (天然) Nostoc sp. WR13 (バクテリア) Plasmid details: From the desert Rann of Kachchh (RoK), Gujarat, India 参照: UniProt: A0A4Y5PW23

#1: タンパク質

Allophycocyanin alpha

分子量: 17007.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: THERE IS ONE CHROMOPHORE MOLECULE, PHYCOCYANOBILIN (LIGAND ID: CYC), BOUND COVALENTLY TO ALLOPHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT RESIDUE CYS80; The N-terminal Methionine present in the gene sequence ...
由来: (天然)

Nostoc sp. WR13 (バクテリア)
Plasmid details: From the desert Rann of Kachchh (RoK), Gujarat, India
参照: UniProt: A0A4Y5PW22

#2: タンパク質

Allophycocyanin beta

分子量: 17340.707 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: THERE IS ONE CHROMOPHORE MOLECULE, PHYCOCYANOBILIN (LIGAND ID: CYC), BOUND COVALENTLY TO ALLOPHYCOCYANIN BETA SUBUNIT RESIDUE CYS81
由来: (天然)

Nostoc sp. WR13 (バクテリア)
Plasmid details: From the desert Rann of Kachchh (RoK), Gujarat, India
参照: UniProt: A0A4Y5PW23

-
非ポリマー , 15種, 3258分子

#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#10: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#12: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#13: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#14: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#15: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#16: 化合物	ChemComp-DSN / D-SERINE / D-セリンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#17: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.3 % / 解説: Blue color plates with orthorhombic morphology
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus screen condition H12: Precipitant mix 4: 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350; Buffer system 3: 1.0M Tris (base); bicine, pH 8.5 Additives: amino acids: 0.2M Gly, DL-Ala, DL-Ser, DL-Glu, DL-Lys

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97932 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.419→106.372 Å / Num. obs: 383047 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.64 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.419→1.503 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 19080 / CC_1/2: 0.623 / R_pim(I) all: 0.478 / R_rim(I) all: 1.313 / % possible all: 61.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	June 26, 2018 (20180409)	データ削減
Aimless	0.7.1	データスケーリング
autoPROC	1.0.5	データスケーリング
STARANISO	1.10.15	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
Coot	0.8.9.2 EL (ccp4)	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1B33

1b33

解像度: 1.419→106.372 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / WR_factor R_free: 0.178 / WR_factor R_work: 0.127 / SU B: 3.366 / SU ML: 0.052 / Average fsc free: 0.9458 / Average fsc work: 0.9574 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1751	19133	4.995 %
R_work	0.1255	363914	-
all	0.128	-	-
obs	-	383047	87.258 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.665 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.705 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.419→106.372 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14448	0	841	3208	18497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	16564
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	16014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.517	1.659	22593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.489	1.59	37069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.856	5	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.912	20.449	891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.745	15	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	30.531	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.71	15	139
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	19177
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	4117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	14708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	8000
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	5971
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.123	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.262	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.392	2.249	8078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.392	2.249	8078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.914	3.383	10141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.914	3.384	10142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.3	2.673	8486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.3	2.673	8487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.961	3.841	12311
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.961	3.841	12312
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.396	31.457	21036
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.683	29.422	19922
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.503	3	32578
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.092	0.05	5099
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.096	0.05	5068
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.111	0.05	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.11	0.05	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.093	0.05	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.094	0.05	5177
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.089	0.05	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.09	0.05	5159
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.087	0.05	5249
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.075	0.05	5281
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.095	0.05	5167
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.093	0.05	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.106	0.05	5156
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.108	0.05	5124
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.097	0.05	5230
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.087	0.05	5268
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.098	0.05	5239
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.102	0.05	5199
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.103	0.05	5054
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.094	0.05	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.104	0.05	5078
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.08	0.05	5014
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.064	0.05	5155
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.084	0.05	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.102	0.05	5115
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.113	0.05	5052
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.094	0.05	5228
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.096	0.05	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.108	0.05	4995
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.087	0.05	5096

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.419-1.456	0.326	157	0.279	2775	0.282	32240	0.808	0.819	9.0943	0.274
1.456-1.496	0.307	649	0.277	11957	0.278	31418	0.857	0.86	40.1235	0.268
1.496-1.539	0.283	1210	0.253	22966	0.255	30576	0.878	0.895	79.0686	0.239
1.539-1.586	0.26	1432	0.221	27302	0.223	29745	0.906	0.92	96.6011	0.2
1.586-1.638	0.232	1387	0.187	27328	0.189	28742	0.921	0.939	99.9061	0.162
1.638-1.696	0.209	1380	0.166	26542	0.168	27923	0.938	0.95	99.9964	0.14
1.696-1.76	0.197	1375	0.144	25524	0.147	26899	0.949	0.962	100	0.117
1.76-1.832	0.195	1317	0.126	24642	0.129	25959	0.955	0.97	100	0.102
1.832-1.913	0.176	1274	0.115	23602	0.118	24880	0.961	0.974	99.9839	0.095
1.913-2.007	0.17	1175	0.114	22658	0.117	23838	0.964	0.976	99.979	0.099
2.007-2.115	0.158	1138	0.107	21487	0.11	22634	0.972	0.981	99.9602	0.097
2.115-2.243	0.159	1067	0.099	20393	0.102	21465	0.972	0.981	99.9767	0.093
2.243-2.398	0.145	1000	0.086	19204	0.089	20212	0.977	0.986	99.9604	0.084
2.398-2.59	0.156	934	0.094	17937	0.097	18882	0.973	0.983	99.9417	0.095
2.59-2.837	0.153	846	0.1	16472	0.103	17333	0.973	0.982	99.9135	0.107
2.837-3.172	0.162	795	0.108	14962	0.11	15787	0.972	0.981	99.81	0.121
3.172-3.662	0.161	684	0.119	13243	0.121	13962	0.972	0.98	99.7493	0.138
3.662-4.484	0.153	594	0.112	11217	0.114	11869	0.975	0.982	99.5113	0.141
4.484-6.335	0.181	458	0.148	8750	0.149	9291	0.97	0.975	99.1067	0.192
6.335-106.372	0.236	261	0.198	4954	0.2	5331	0.947	0.952	97.8241	0.329

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Allophycocyanin ... , 2種, 12分子 AAACCCEEEGGGIIIKKKBBBDDDFFFHHHJJJLLL

-
非ポリマー , 15種, 3258分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-Allophycocyanin ... , 2種, 12分子 AAACCCEEEGGGIIIKKKBBBDDDFFFHHHJJJLLL

-非ポリマー , 15種, 3258分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Allophycocyanin ... , 2種, 12分子 AAACCCEEEGGGIIIKKKBBBDDDFFFHHHJJJLLL

-
非ポリマー , 15種, 3258分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)