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- PDB-6yx8: The structure of allophycocyanin from cyanobacterium Nostoc sp. W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yx8
タイトルThe structure of allophycocyanin from cyanobacterium Nostoc sp. WR13, the C2221 crystal form.
要素
  • ALPHA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN
  • BETA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Allophycocyanin crystal structure Phycobilisome Phycobiliproteins Phycocyanobilin chromophore Light harvesting complex Cyanobacterium Nostoc sp. WR13
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-PXQ / Allophycocyanin alpha / Allophycocyanin beta
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. WR13 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.831 Å
データ登録者Patel, H.M. / Roszak, A.W. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.
資金援助 米国, インド, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0001035 (Office of Basic Energy Sciences) 米国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR15686/AAQ/3/811/2016 (UGC-BSR Faculty Fellowship) インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/IN/UK/DBT-BC/2017-18 (Newton-Bhabha fellowship) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The high resolution structure of allophycocyanin from cyanobacterium Nostoc sp. WR13
著者: Patel, H.M. / Roszak, A.W. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: ALPHA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN
BBB: BETA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN
CCC: ALPHA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN
DDD: BETA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN
EEE: ALPHA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN
FFF: BETA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,816105
ポリマ－103,0446
非ポリマー13,77299
水16,718928
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36470 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area41120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.676, 177.340, 122.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11BBB-481-

HOH

21EEE-366-

HOH

31EEE-435-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains AAA CCC
22Chains AAA EEE
33Chains BBB DDD
44Chains BBB FFF
55Chains CCC EEE
66Chains DDD FFF

NCSアンサンブル:
ID詳細
5Chains CCC EEE
1Chains AAA CCC
2Chains AAA EEE
3Chains BBB DDD
4Chains BBB FFF
6Chains DDD FFF

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 AAACCCEEEBBBDDDFFF

#1: タンパク質 ALPHA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN


分子量: 17007.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: THERE IS ONE CHROMOPHORE MOLECULE, PHYCOCYANOBILIN (LIGAND ID: CYC), BOUND COVALENTLY TO ALLOPHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT RESIDUE CYS80; The N-terminal Methionine present in the gene sequence ...詳細: THERE IS ONE CHROMOPHORE MOLECULE, PHYCOCYANOBILIN (LIGAND ID: CYC), BOUND COVALENTLY TO ALLOPHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT RESIDUE CYS80; The N-terminal Methionine present in the gene sequence was post-translationally removed and is not present in the crystal structure
由来: (天然) Nostoc sp. WR13 (バクテリア)
Plasmid details: From the desert Rann of Kachchh (RoK), Gujarat, India
参照: UniProt: A0A4Y5PW22
#2: タンパク質 BETA SUBUNIT OF CYANOBACTERIAL ALLOPHYCOCYANIN PROTEIN


分子量: 17340.707 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: THERE IS ONE CHROMOPHORE MOLECULE, PHYCOCYANOBILIN (LIGAND ID: CYC), BOUND COVALENTLY TO ALLOPHYCOCYANIN BETA SUBUNIT RESIDUE CYS81
由来: (天然) Nostoc sp. WR13 (バクテリア)
Plasmid details: From the desert Rann of Kachchh (RoK), Gujarat, India
参照: UniProt: A0A4Y5PW23

-
非ポリマー , 10種, 1027分子

#3: 化合物
ChemComp-PXQ / 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(~{Z})-(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 590.710 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 % / 解説: Blue color plates with orthorhombic morphology
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus screen condition E12: 37.5% v/v Precipitant mix 4: 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350; 0.1M Buffer system 3: 1.0M Tris (base); bicine, pH 8.5 0.12M Additives: 0.3M ethylene glycols

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.831→90.144 Å / Num. obs: 87249 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.15 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.831→1.941 Å / Rmerge(I) obs: 1.278 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4360 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.524 / Rrim(I) all: 1.278 / % possible all: 58.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSJan 26, 2018 (20180409)データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
autoPROC1.0.5データスケーリング
STARANISO1.10.15データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2 EL (ccp4)モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YX7

6yx7


解像度: 1.831→90.144 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 7.48 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1983 4339 4.973 %
Rwork0.1595 --
all0.161 --
obs-87257 87.265 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.262 Å20 Å20 Å2
2---0.452 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.831→90.144 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7224 0 936 928 9088
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0138556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.67611417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3511.59819695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1851051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.27420.278431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.545151330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg13.127156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5671568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21979
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.27379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.23951
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.23266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1350.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2390.261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2550.253
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7492.8193948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7452.8183947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5564.2154950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5584.2164951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5213.2414608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5213.2414609
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0054.6746416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0054.6746417
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.71136.2819835
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.33835.369569
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0990.054950
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0950.054927
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0920.054971
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0960.054974
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.1020.054933
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.1110.054927
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.831-1.8790.256420.2616760.2673380.8470.8339.78470.258
1.879-1.930.2531250.26725270.26670990.840.82737.35740.266
1.93-1.9860.2812510.25653970.25769790.8230.82980.92850.253
1.986-2.0470.2443070.22661950.22767290.8860.88896.62650.218
2.047-2.1140.2313340.20561660.20665460.9070.91499.29730.191
2.114-2.1890.2152610.19261100.19363740.9270.92999.95290.175
2.189-2.2710.2293420.18257580.18561010.9250.93699.98360.164
2.271-2.3640.2153280.16555400.16858710.9310.94799.94890.147
2.364-2.4690.1972860.14753870.1556770.9480.95899.92950.131
2.469-2.5890.1952310.14951810.15154140.9480.95799.96310.134
2.589-2.7290.1972680.13148970.13451650.9530.9671000.12
2.729-2.8950.1782770.12746070.12948840.9620.9711000.119
2.895-3.0940.1922960.13843120.14246110.9520.96599.93490.134
3.094-3.3420.191990.14241050.14543040.9550.9641000.143
3.342-3.660.1722230.12737340.12939580.9650.97399.97470.132
3.66-4.0920.1721440.12434550.12636000.9650.97499.97220.137
4.092-4.7230.1481380.12130580.12232000.9730.97799.8750.142
4.723-5.780.221130.17326050.17527210.9560.95999.88970.203
5.78-8.1580.241180.23220170.23221370.9340.93399.90640.266
8.158-90.1440.205560.23411910.23312520.960.94799.60060.319
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.4712 Å / Origin y: 47.9319 Å / Origin z: 23.9665 Å
111213212223313233
T0.0057 Å20.0095 Å2-0.0036 Å2-0.0538 Å20.0045 Å2--0.0121 Å2
L0.0321 °2-0.0441 °20.0296 °2-0.1481 °2-0.02 °2--0.0326 °2
S0.0018 Å °-0.0079 Å °-0.01 Å °-0.0146 Å °0.0087 Å °0.0076 Å °-0.0002 Å °-0.0022 Å °-0.0104 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA1 - 999
2X-RAY DIFFRACTION1ALLBBB1 - 999
3X-RAY DIFFRACTION1ALLCCC1 - 999
4X-RAY DIFFRACTION1ALLDDD1 - 999
5X-RAY DIFFRACTION1ALLEEE1 - 999
6X-RAY DIFFRACTION1ALLFFF1 - 999
7X-RAY DIFFRACTION1ALLWWW1 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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