PDB-6yx2: Crystal structure of SHANK1 PDZ in complex with a peptide-small m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yx2

タイトル

Crystal structure of SHANK1 PDZ in complex with a peptide-small molecule hybrid

要素

PWW-THR-ARG-LEU
SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / protein protein interactions / PDZ domain hybrid structures / fragment-based drug discovery / beta-sheets / acylhydrazone

機能・相同性

機能・相同性情報

somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / olfactory behavior / synapse maturation / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / protein localization to synapse / vocalization behavior ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Hegedus, Z. / Hobor, F. / Shoemark, D.K. / Celis, S. / Lian, L.J. / Trinh, C.H. / Sessions, R.B. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Identification of beta-strand mediated protein-protein interaction inhibitors using ligand-directed fragment ligation.
著者: Hegedus, Z. / Hobor, F. / Shoemark, D.K. / Celis, S. / Lian, L.Y. / Trinh, C.H. / Sessions, R.B. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.

履歴

登録	2020年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yx2.cif.gz	127.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yx2.ent.gz	81.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6yx2_validation.pdf.gz	898.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yx2_full_validation.pdf.gz	900.1 KB	表示
XML形式データ	6yx2_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	6yx2_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yx2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ywzC 6yx0C 6yx1C 1q3oS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nla-d 1wha-d 1sza-1 7cdz-2 3hd4-d 6o8k-d 5nsa-d 3cm7-3 2vrf-2 2owh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

C: PWW-THR-ARG-LEU

D: PWW-THR-ARG-LEU

ヘテロ分子

26 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

C: PWW-THR-ARG-LEU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

D: PWW-THR-ARG-LEU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.435, 65.642, 86.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1 / Shank1 / Somatostatin receptor-interacting protein / SSTRIP 分子量: 12341.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHANK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y566
#2: タンパク質・ペプチド	PWW-THR-ARG-LEU 分子量: 389.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-PWW / 4-[[(~{E})-5-oxidanylidenepentanoyldiazenyl]methyl]benzoic acid 分子量: 262.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₄N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.75 / 詳細: 0.1 M HEPES 7.75 PEG 400 40%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.618→65.64 Å / Num. obs: 33616 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.65 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.618→1.65 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 8301 / CC_1/2: 0.863 / R_pim(I) all: 0.522 / R_rim(I) all: 1.24 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
DIALS		data processing
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q3O

1q3o

解像度: 1.62→52.26 Å / SU ML: 0.2582 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.7788
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2459	1693	5.05 %
R_work	0.2097	31811	-
obs	0.2116	33504	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→52.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1648	0	92	240	1980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	1774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7336	2386
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0526	265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	311
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6419	666

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.67	0.4829	119	0.4449	2499	X-RAY DIFFRACTION	94.17
1.67-1.72	0.4146	141	0.3814	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.72-1.78	0.3706	134	0.3172	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.78-1.85	0.3307	141	0.2693	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.85-1.94	0.2851	161	0.2451	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.94-2.04	0.2952	134	0.232	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.17	0.261	128	0.209	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.17-2.33	0.2367	152	0.1997	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.57	0.2396	137	0.2106	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.57-2.94	0.2135	126	0.2109	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.94-3.7	0.2397	165	0.1893	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-52.26	0.2137	155	0.1813	2845	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.68956113045	0.514531845338	0.426518235994	0.616616528379	0.347873742091	0.384249061431	0.152033901021	0.00476956087722	0.121777958348	0.0783503499933	-0.100674205496	-0.0358967484085	-0.0940458975828	0.143568129305	-0.00227922399233	0.244645600306	-0.00436233884019	0.0222340143255	0.295759121331	0.0529610026947	0.212187195118	-34.5274923968	4.8235679322	-23.2727565055
2	0.0222723731125	0.0699486312146	0.016838313836	0.845063166012	0.49649408814	0.389591377267	0.216682907954	-1.09530239914	-0.446430768091	0.613916743096	-0.405823953294	0.434104003081	-0.656333134656	0.211251571508	-0.0941555286923	0.445958783832	-0.115584756814	0.0722910302116	0.35022341056	0.12836633017	0.297454516738	-38.7799126074	-4.02845776621	-11.1494599472
3	2.47370079732	0.0459253622536	-0.64304957385	0.767864783534	-0.536367208595	1.50039902662	0.0385474604628	0.164168806702	-0.0536138968068	0.105008751773	-0.0256297928676	-0.151992924371	0.00908475557313	0.139301648253	-6.4403629408E-5	0.215941310619	-0.0209017083696	-0.0160541215018	0.192055320234	0.0428007836003	0.214418743132	-33.2431040804	0.228106335307	-24.0510006381
4	0.0103144845178	0.0327319140405	-0.00912099632889	0.0504463096287	-0.00650169196577	0.00540387571204	-0.301016934551	0.4281468786	0.0728569467919	0.190624173234	0.132807460991	-0.320359351509	0.0887165588377	0.405366684001	0.00146900371239	0.303486837815	0.0362223793985	-0.064297448548	0.537219636815	0.00231126013564	0.464653712822	-23.1613982089	-2.02622967381	-25.6537412108
5	1.63172573329	-0.0143709724802	-0.40978381954	-0.135903681087	-0.249771034378	0.159660141379	0.162045476533	-0.283238098789	0.182208994684	-0.0508067746909	-0.10284719067	0.0127921426036	-0.0541587975624	0.0641323414735	0.000211373723111	0.234715558807	-0.0351754822025	0.0351733558854	0.276524894162	-0.0529353360823	0.21027512647	-56.7080075782	3.27781693106	-4.67389026017
6	0.0944932474915	-0.018311575279	-0.0848267752227	0.00913647482496	0.0283591054781	0.0592092900465	0.0938312839234	0.236383447002	-0.16141781669	-0.281625602952	0.014012063633	-0.0150055373315	0.199523449201	-0.210950468889	0.00420108736524	0.36870109937	-0.00395490566304	0.095171840645	0.198481702781	-0.0883552737681	0.453107720686	-51.3657415858	-13.6634657721	-14.9254447117
7	2.79852503837	0.153070017806	-1.17322571577	2.10850765394	-0.0520483655993	1.72994081403	0.0722495667009	-0.282360167041	0.0316661247867	-0.0804521550951	-0.0191089059759	-0.0756030604677	-0.0216329107432	0.056943371799	0.0133320456465	0.192128520807	-0.00109336653192	-0.00902974964249	0.176018030704	-0.0327928692984	0.195587759972	-56.6615983252	1.26101642777	-4.05777327449
8	0.0225626280333	0.0270394851111	-0.029358165049	0.0383450260179	-0.0398678662545	0.0358051331271	0.336256492205	-0.0446722863341	0.432795227767	0.321546945642	0.0810946053782	0.152933673108	-0.260021126774	-0.300067772176	0.00120364714508	0.287382292678	-0.00769741796547	0.00143968977176	0.492394447601	-0.0784890784744	0.332415801766	-67.8321732376	-1.36227133845	-0.143140430435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 651 through 680 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 681 through 699 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 700 through 759 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 802 through 804 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 651 through 685 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 686 through 690 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 691 through 761 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 802 through 804 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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