PDB-6yx0: Crystal structure of SHANK1 PDZ in complex with a peptide-small m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yx0

タイトル

Crystal structure of SHANK1 PDZ in complex with a peptide-small molecule hybrid

要素

PWQ-THR-ARG-LEU
SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / protein protein interactions PDZ domain hybrid structures / fragment-based drug discovery / beta-sheets / acylhydrazone

機能・相同性

機能・相同性情報

somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / olfactory behavior / synapse maturation / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / vocalization behavior / habituation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Hegedus, Z. / Hobor, F. / Shoemark, D.K. / Celis, S. / Trinh, C.H. / Sessions, R.B. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Identification of beta-strand mediated protein-protein interaction inhibitors using ligand-directed fragment ligation.
著者: Hegedus, Z. / Hobor, F. / Shoemark, D.K. / Celis, S. / Lian, L.Y. / Trinh, C.H. / Sessions, R.B. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.

履歴

登録	2020年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yx0.cif.gz	128.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yx0.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yx0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ywzC 6yx1C 6yx2C 1q3oS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wik-d 2jzv-d 6yx1-1 6ywz-2 2dk3-d 2ebw-d 4g96-1 2gdy-d 1lt0-d 2owh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

C: PWQ-THR-ARG-LEU

D: PWQ-THR-ARG-LEU

ヘテロ分子

26 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

C: PWQ-THR-ARG-LEU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

D: PWQ-THR-ARG-LEU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.305, 64.947, 88.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1 / Shank1 / Somatostatin receptor-interacting protein / SSTRIP 分子量: 12341.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHANK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y566
#2: タンパク質・ペプチド	PWQ-THR-ARG-LEU 分子量: 389.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-PWQ / 4-[[2-(4-oxidanylidenebutanoyl)hydrazinyl]methyl]benzoic acid 分子量: 248.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7 PEG 400 35%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→88.28 Å / Num. obs: 36380 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.59 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.291 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1782 / CC_1/2: 0.777 / R_pim(I) all: 0.55 / R_rim(I) all: 1.406 / % possible all: 98.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0026	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
DIALS		data processing
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q3O

1q3o

解像度: 1.57→52.31 Å / SU ML: 0.1963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0862
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2313	1833	5.07 %
R_work	0.2056	34352	-
obs	0.2069	36185	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→52.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1633	0	90	179	1902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	1776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7448	2393
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0533	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5004	665

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.61	0.3987	152	0.3719	2547	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.61-1.66	0.358	136	0.3338	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.06
1.66-1.71	0.2756	155	0.2904	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.71-1.77	0.3268	149	0.2838	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.77-1.85	0.2859	132	0.2571	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.85-1.93	0.2483	137	0.2326	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.93-2.03	0.252	121	0.2052	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.03-2.16	0.2388	144	0.2121	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.16-2.33	0.2212	137	0.2127	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.33-2.56	0.259	135	0.2122	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.56-2.93	0.2497	135	0.2177	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.93-3.69	0.2121	145	0.1981	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.69-52.31	0.2099	155	0.1784	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7919592561	-2.28666154237	-3.01826463468	1.79156386858	2.52473154765	3.80810006629	0.331631214108	1.16221901574	0.360548397961	-0.694213159818	-0.387493517541	-0.506897410865	-0.900653578409	-0.573636936057	-0.277608786979	0.773766754435	0.214840763634	0.176258062455	0.667928753131	0.156305933625	0.580105843597	0.325624858891	11.5684586969	3.82486101595
2	4.40860078417	-0.327070211626	-1.08358688424	1.64158460819	-0.211024429373	2.80890873592	0.314418280076	-0.536682083263	0.293605480284	0.016296693309	0.00491986564057	0.145475250605	-0.258256061562	0.0340960220842	-0.163351658907	0.31338762007	-0.00148683906685	0.00502866646856	0.290417546985	-0.0598530498974	0.307769710839	-12.0923573132	4.09681579576	31.9173648152
3	5.79084729251	-1.03891273844	-1.82580117011	0.783265401026	-0.354525232853	1.19071481821	0.244748924869	2.07299565402	-1.0620628929	-0.651643842836	-0.482259569201	0.138586016581	0.104434003529	-1.02582608275	0.0451788123264	0.464883341573	0.0879650699944	-0.073956549702	0.598657918703	-0.232743332138	0.471074203632	-10.3896498435	-2.90421587134	15.296572052
4	5.88165546342	-0.490168719836	-1.51678003362	2.93125639411	0.27105136608	3.90430536232	0.206112128943	0.49105676208	-0.0789564961504	-0.218588590093	-0.120570724123	0.336665103198	-0.305745412202	-0.469999493296	-0.111418464695	0.331434784468	0.0434082442239	-0.030551617536	0.336047474227	-0.0383359869803	0.302221556678	-14.5426717908	4.97558582104	24.8050687358
5	3.51120788174	0.620567265529	-1.83957735388	1.73695191807	-0.0391779488251	3.86125980803	-0.685462038593	0.250964961562	-1.61355998978	-0.0874243019441	-0.0737094115533	0.244294303605	1.191167402	-0.136505642051	0.111072513652	0.386401191285	-0.0716524477607	0.0309823947477	0.212902387096	-0.148751815221	0.609799686143	-11.0728308366	-9.21245159637	26.2077053457
6	6.30592297652	0.499589115042	-3.50925276074	2.94749976748	-1.30270575841	5.39695586947	0.420585950803	0.00232585741823	0.398977915255	-0.225375409744	-0.0723692565223	0.102012950822	-0.122474365408	0.343448282169	-0.0988621916821	0.313589825782	0.0209440944803	-0.00344107412221	0.248939675772	-0.0436761118545	0.316092539248	-8.18176790425	4.11987942909	24.3597411853
7	6.2729444562	3.28593171075	3.61982926242	2.23378190066	1.51898574261	2.36915769973	0.104782154979	0.236592804711	0.0799947613388	0.117782937469	0.333024318463	-0.0607673596888	0.394643363387	-0.832450546132	-0.742572109728	0.388858150516	-0.0394274644116	0.0229583621785	0.543630359219	-0.114484879969	0.602575958164	-21.9445428323	-2.39999157669	27.1928234747
8	2.39440991494	-0.0322288288737	-1.84001280052	0.599985811497	-0.152038128604	1.12935579223	0.284881084289	0.291186346262	0.325038472848	0.0018031456022	-0.0560126128891	-0.0434340592653	-0.330622774481	-0.0461593895715	-0.145834474072	0.3151783546	-0.00823126337562	0.0124391063218	0.378927888295	0.0118565384202	0.328744484266	9.14966913855	6.55850251771	3.12237704301
9	2.88858733048	0.580410973552	-1.70120749621	2.37304832058	-1.68286650602	3.66187008999	-0.050505111407	-0.295016542096	-0.673918141335	0.28331032523	-0.143940112104	-0.265478810211	-0.0823169260832	0.375740323333	0.23706215712	0.40453570557	-0.00768735553763	0.000148708320408	0.527351898484	0.0851354928768	0.426643857567	15.6480086215	-5.48094449642	9.21754933152
10	2.45977411162	-2.47478794413	0.912408444858	3.73444606899	-2.35873150972	2.00568239312	-0.10112735942	-0.299436913925	0.45158385938	-0.0679724065199	0.373170438826	1.07075072198	0.872014672283	-0.00935069648779	-0.206698226691	0.538939619078	0.0713736945548	0.134599630092	0.30897923537	0.0334014191347	0.615467560438	5.78827497494	-13.6545153995	15.2520155952
11	2.88380795949	-0.282112459902	-1.41701430445	4.2899518528	-0.571968273471	5.08124750796	0.0642409987247	-0.0737664738822	0.104457252739	0.274147658308	-0.141615819628	-0.0670164013498	-0.41734105576	0.599616390658	0.0258328286493	0.332715652919	-0.0460942024856	-0.0140261245868	0.336693006097	0.0278819583151	0.325028989816	12.5149474196	4.05331488299	5.35436029943
12	2.59446635901	0.443191323385	-1.46937620561	3.9513408154	-1.08295238724	5.93943018919	-0.528893015731	0.160982258752	-0.938846060125	-0.229767457565	0.0196745116794	-0.245340344483	1.23486405709	0.102146471337	0.336845803724	0.408220820682	0.0295035505631	0.0738041633224	0.313767723108	-0.000899789665578	0.433825155015	10.9647034939	-8.35470337224	0.692353472201
13	3.37014646418	-0.136773096035	-1.0972503452	2.53377100555	1.22220524468	3.66507365429	0.244152433562	-0.092809186897	0.346480290777	0.241709671436	-0.164371815346	0.197339900027	-0.352191192699	-0.456951055976	0.0433295411224	0.375803605073	-0.033913874723	0.0379349940969	0.343327108411	-0.000313580378681	0.401444699336	7.28683700785	7.06345567139	6.54057675652
14	7.59381276248	-3.30478036836	3.46583124186	2.27544615006	-0.740185836316	2.28397434148	0.161862419861	0.0638944288448	0.604553547414	-0.12621259109	0.17229362624	-0.526622423146	0.202812282867	0.917540027068	-0.523522482026	0.433456586268	0.0399523849947	0.00395271097758	0.763600043054	0.0720189015384	0.460424134352	21.9291222908	-1.67942831879	-0.142042485822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 651 through 657 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 658 through 675 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 676 through 699 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 700 through 725 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 726 through 745 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 746 through 758 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 802 through 804 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 651 through 675 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 676 through 685 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 686 through 690 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 691 through 725 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 726 through 745 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 746 through 762 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 802 through 804 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)