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- PDB-6yw1: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with 2OG and Ra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yw1
タイトルHIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with 2OG and RaPID-derived silent allosteric cyclic peptide 3C (14-mer)
要素
  • Egl nine homolog 1
  • PHD2-SPECIFIC RaPID CYCLIC PEPTIDE 3C (14-MER)
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation protein catabolic process at postsynapse / cardiac muscle tissue morphogenesis / heart trabecula formation ...peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation protein catabolic process at postsynapse / cardiac muscle tissue morphogenesis / heart trabecula formation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / regulation of modification of postsynaptic structure / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / BICARBONATE ION / : / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Use of cyclic peptides to induce crystallization: case study with prolyl hydroxylase domain 2.
著者: Chowdhury, R. / Abboud, M.I. / McAllister, T.E. / Banerji, B. / Bhushan, B. / Sorensen, J.L. / Kawamura, A. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for oxygen degradation domain selectivity of the HIF prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Leung, I.K. / Tian, Y.M. / Abboud, M.I. / Ge, W. / Domene, C. / Cantrelle, F.X. / Landrieu, I. / Hardy, A.P. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
B: PHD2-SPECIFIC RaPID CYCLIC PEPTIDE 3C (14-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1005
ポリマ－27,8382
非ポリマー2623
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.531, 46.531, 202.345
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 26036.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC DOMAIN (aa 181-407) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド PHD2-SPECIFIC RaPID CYCLIC PEPTIDE 3C (14-MER)


分子量: 1801.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 247分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sample: 1.0 mM PHD2, 1.5 mM MnCl2, 2.0 mM compound, 1.0 mM 3C; Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 15.0 % PEG 3350, 0.002 M MnCl2; Sitting drop (300 nl), protein-to-well ratio, 1:2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 42887 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2Rrim(I) all
1.46-1.517.21.1081.4542500.6170.5371.197
1.51-1.577.20.91642770.8410.3661.140.987
1.57-1.647.70.71442990.8870.2731.1170.765
1.64-1.737.70.46242880.9520.1781.0690.495
1.73-1.847.50.30742520.9690.121.0080.33
1.84-1.987.60.18542770.9880.0721.0120.199
1.98-2.1880.11542940.9950.0431.0430.122
2.18-2.57.70.07842750.9970.031.0770.083
2.5-3.157.80.05143210.9990.0191.0380.055
3.15-507.80.03543540.9990.0131.0330.037

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L9R

5l9r


解像度: 1.46→40.297 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1746 2152 5.03 %
Rwork0.1642 --
obs0.1648 42753 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.3 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 122.17 Å2 / Biso mean: 34.1839 Å2 / Biso min: 15.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→40.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1765 0 20 245 2030
Biso mean--34.37 40.11 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0090.0661928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.999.2842623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.233179.5481065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0810.318273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0080.052347
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.46-1.4940.3561570.34162683
1.494-1.53130.32331380.30342659
1.5313-1.57280.27661330.2652740
1.5728-1.6190.27091490.23842711
1.619-1.67130.22891640.22712675
1.6713-1.7310.23741360.20482741
1.731-1.80030.22781190.19412706
1.8003-1.88230.17551500.18242690
1.8823-1.98150.17381240.16772713
1.9815-2.10560.19931330.16332745
2.1056-2.26820.17011640.15652678
2.2682-2.49640.16771270.15452707
2.4964-2.85760.1581190.15552768
2.8576-3.59990.16141860.14672671
3.5999-40.2970.14641530.14232714
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.175-0.13380.18690.1676-0.00780.8424-0.0209-0.0988-0.1107-0.069-0.0891-0.03-0.1858-0.4411-0.05020.08590.00410.0290.35420.0120.2656-31.450611.1908-3.5059
20.2476-0.0816-0.18080.050.04990.1005-0.0823-0.1379-0.06220.24350.20310.2072-0.0575-0.116900.20020.05160.00930.23550.01730.206-22.95710.56280.7296
30.06610.0080.08260.53710.6440.8514-0.0143-0.1392-0.26870.5670.4974-0.22440.38210.38280.93430.39050.3019-0.17310.05570.03330.4631-8.6382-2.70251.3918
40.3697-0.24070.24750.70090.31970.7896-0.09220.4644-0.1588-0.15880.3933-0.3110.17090.6077-0.03760.22120.0958-0.01690.3951-0.15450.335-3.39185.3374-9.8877
50.23410.1682-0.17610.14820.02130.30370.04450.1672-0.4036-0.0509-0.04170.07780.3302-0.2274-00.2469-0.0145-0.01230.2512-0.04260.335-21.74481.0465-8.6182
60.1460.01890.00860.06780.03780.03570.00250.7680.0954-0.36-0.0450.114-0.0521-0.31840.00280.23870.0282-0.03710.5145-0.02850.2464-29.066812.8533-16.7132
70.29240.1975-0.2430.1622-0.17490.20190.11250.1261-0.2534-0.02110.0982-0.17570.24980.30430.02940.13720.0781-0.03580.2972-0.11780.2448-7.16378.4867-7.5189
80.20810.2027-0.18110.2024-0.08610.1291-0.02540.35520.1223-0.05080.1462-0.1046-0.07090.50540.00030.2057-0.00540.00550.2962-0.01550.2122-8.986221.166-10.6329
90.87510.7224-0.16680.55660.02450.1880.08840.0604-0.1860.140.0318-0.08190.0710.01650.00010.16540.0332-0.01890.2088-0.01820.1813-13.811710.2799-1.4429
100.25790.1102-0.09560.30650.26120.2471-0.0285-0.16520.03870.21970.17040.0915-0.3770.02370.00020.25240.0521-0.01770.2167-0.02880.2216-13.63522.91171.2641
110.1249-0.0466-0.070.03790.09810.2509-0.1109-0.48290.04470.30530.22290.2141-0.0986-0.1685-0.04040.23570.0893-0.01660.2277-0.03990.2298-15.884416.58474.3771
120.0810.0916-0.04790.19080.0219-0.0066-0.03260.02130.02090.16030.15950.0738-0.1081-0.23410.00020.17760.06470.00470.23590.00910.1847-19.549618.6536-8.2858
130.21060.1619-0.10.1236-0.02050.09660.16420.1046-0.0636-0.0280.0731-0.042-0.02220.16820.00490.16470.0161-0.02180.2503-0.04430.2065-7.682220.1774-0.249
140.65810.4877-0.14460.5847-0.20120.6290.02180.2749-0.13530.04170.1948-0.18790.0810.08020.09230.14640.0588-0.02710.2398-0.07730.2165-13.05279.8549-8.6528
150.0041-0.0244-0.00340.3601-0.02080.0005-0.12690.2575-0.0144-0.29990.2683-0.1690.1029-0.3580.00240.3535-0.13050.00240.46750.01140.2055-16.783615.9433-26.2119
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 188:204)A188 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 205:215)A205 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 216:232)A216 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 233:266)A233 - 266
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 267:283)A267 - 283
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 284:293)A284 - 293
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 294:306)A294 - 306
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 307:320)A307 - 320
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 321:335)A321 - 335
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 336:350)A336 - 350
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 351:361)A351 - 361
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 362:371)A362 - 371
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 372:381)A372 - 381
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 382:392)A382 - 392
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 393:403)A393 - 403

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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