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- PDB-6yvt: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with MD-253 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yvt
タイトルHIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with MD-253
要素Egl nine homolog 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation of modification of postsynaptic structure / heart trabecula formation ...peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation of modification of postsynaptic structure / heart trabecula formation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / cardiac muscle tissue morphogenesis / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of neuron apoptotic process / enzyme inhibitor activity / regulation of angiogenesis / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ferrous iron binding / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / q2cbj1_9rhob like domain ...: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-PW2 / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.847 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Demetriades, M. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Dynamic combinatorial chemistry employing boronic acids/boronate esters leads to potent oxygenase inhibitors.
著者: Demetriades, M. / Leung, I.K. / Chowdhury, R. / Chan, M.C. / McDonough, M.A. / Yeoh, K.K. / Tian, Y.M. / Claridge, T.D. / Ratcliffe, P.J. / Woon, E.C. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
B: Egl nine homolog 1
C: Egl nine homolog 1
D: Egl nine homolog 1
E: Egl nine homolog 1
F: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,21320
ポリマ－168,5826
非ポリマー2,63214
水1,02757
1
A: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5043
ポリマ－28,0971
非ポリマー4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5043
ポリマ－28,0971
非ポリマー4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5043
ポリマ－28,0971
非ポリマー4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5043
ポリマ－28,0971
非ポリマー4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6925
ポリマ－28,0971
非ポリマー5954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5043
ポリマ－28,0971
非ポリマー4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.456, 103.018, 196.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 28096.941 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 181-426) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 71分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-PW2 / 2-[[5-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-3-oxidanyl-pyridin-2-yl]carbonylamino]ethanoic acid / [[3-ヒドロキシ-5-(6-メトキシ-2-ナフチル)ピリジン-2-イル]カルボニルアミノ]酢酸


分子量: 352.341 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sample: 19.0 mg/ml PHD2 (50 mM Tris.HCl pH 7.5), 1.0 mM MnCl2 and 1.2 mM compound. Reservoir: 1.88 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5 and 5-7% dioxoane (v/v). Cryo-protection: 30% v/v glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月6日 / 詳細: VARIMAX HF
放射モノクロメーター: CONFOCAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.847→50 Å / Num. obs: 40604 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.2 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 6.71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.85-2.9551.8140070.4820.711.07299.6
2.95-3.074.939850.5970.6881.08899.8
3.07-3.214.940340.6930.5131.08199.8
3.21-3.384.940190.8380.3311.06299.50.6670.748
3.38-3.594.940060.920.2051.053990.4140.464
3.59-3.874.940140.9470.1251.06498.90.2520.282
3.87-4.265.340650.980.1021.10999.70.2130.236
4.26-4.875.440700.9910.0561.1299.60.120.133
4.87-6.146.241610.9910.071.1351000.1610.176
6.14-506.142430.9980.0391.15397.70.0880.097

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G19

2g19


解像度: 2.847→23.753 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 2041 5.04 %
Rwork0.2368 --
obs0.2382 40524 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 211.06 Å2 / Biso mean: 55.0728 Å2 / Biso min: 19.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.847→23.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9117 0 271 57 9445
Biso mean--46.01 37.25 -
残基数----1182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0040.0459529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7956.90912945
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.442179.965500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0480.1671356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0050.0611691
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8474-2.91350.37091550.3157247698
2.9135-2.98620.36191300.30362514100
2.9862-3.06680.36861480.29652521100
3.0668-3.15680.31211430.28362561100
3.1568-3.25850.32251320.26622536100
3.2585-3.37460.30541390.25062528100
3.3746-3.50930.27281120.2527257099
3.5093-3.66850.26281130.2271254898
3.6685-3.86110.24221200.2457254099
3.8611-4.10190.27391430.2376255899
4.1019-4.41670.23761270.20532572100
4.4167-4.85780.2021460.19482567100
4.8578-5.55290.24831400.21052613100
5.5529-6.96660.25251400.24222654100
6.9666-23.7530.231530.21622725100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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