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- PDB-6yv3: Structure of recombinant human beta-glucocerebrosidase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yv3
タイトルStructure of recombinant human beta-glucocerebrosidase in complex with galacto-configured cyclophellitol aziridine inhibitor
要素Glucosylceramidase
キーワードHYDROLASE / beta-glucocerebrosidase / lysosomal glycoside hydrolase / GH30 / Cyclophellitol aziridine / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / galactosylceramidase / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration ...positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / galactosylceramidase / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / microglial cell proliferation / sphingosine biosynthetic process / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / ceramide biosynthetic process / lipid storage / microglia differentiation / response to thyroid hormone / Glycosphingolipid catabolism / pyramidal neuron differentiation / lipid glycosylation / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / positive regulation of protein-containing complex disassembly / motor behavior / neuromuscular process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / hematopoietic stem cell proliferation / lysosome organization / response to testosterone / response to dexamethasone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / antigen processing and presentation / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein dephosphorylation / cell maturation / cellular response to starvation / respiratory electron transport chain / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / negative regulation of MAP kinase activity / determination of adult lifespan / trans-Golgi network / autophagy / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / lysosomal membrane / signaling receptor binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UUU / Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rowland, R.J. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011151/1 英国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Design, Synthesis and Structural Analysis of Glucocerebrosidase Imaging Agents.
著者: Rowland, R.J. / Chen, Y. / Breen, I. / Wu, L. / Offen, W.A. / Beenakker, T.J. / Su, Q. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Aerts, J.M.F.G. / Artola, M. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.pdbx_center_of_mass_x / _struct.pdbx_center_of_mass_y / _struct.pdbx_center_of_mass_z
改定 2.02021年12月8日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Glucosylceramidase
BBB: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,72940
ポリマ－111,2802
非ポリマー4,44938
水15,403855
1
AAA: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,55915
ポリマ－55,6401
非ポリマー1,91914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,17025
ポリマ－55,6401
非ポリマー2,53024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.556, 285.273, 91.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-1002-

HOH

21AAA-1012-

HOH

31BBB-779-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Glucosylceramidase / Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / D-glucosyl-N- ...Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / D-glucosyl-N-acylsphingosine glucohydrolase / Imiglucerase


分子量: 55640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Recombinant human beta-glucocerebrosidase lacking its 40 amino acid signalling sequence
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA, GC, GLUC
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, steryl-beta-glucosidase

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 887分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-UUU / (1S,2S,3S,4S,5R,6R)-5-amino-6-(hydroxymethyl)cyclohexane-1,2,3,4-tetrol


分子量: 193.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 855 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 M (NH3)2SO4, 0.17 M guanidine HCl, 0.02 M KCl, 0.1 M sodium acetate pH 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→72.197 Å / Num. obs: 134042 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.364 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6543 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.848 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NT0

2nt0


解像度: 1.8→72.197 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.326 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 6677 4.982 %
Rwork0.1755 --
all0.177 --
obs-134017 99.884 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.029 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.874 Å20 Å20 Å2
2---1.618 Å20 Å2
3----2.257 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→72.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7791 0 269 855 8915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.66811489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2951.5917505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17251054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_1_deg1.632208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46522.01398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.62315.0941280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4051542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021791
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21659
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.26939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.23917
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.23394
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2140.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1370.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8712.724029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.872.724028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9144.0675052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9144.0675053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6383.184381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6383.184382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2194.6456437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2194.6456438
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.29933.4049467
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.29933.4049468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8470.3594960.3479276X-RAY DIFFRACTION99.8365
1.847-1.8970.3064510.3119166X-RAY DIFFRACTION99.9896
1.897-1.9520.2915190.2868789X-RAY DIFFRACTION99.9893
1.952-2.0120.2464740.2418596X-RAY DIFFRACTION99.978
2.012-2.0780.2283920.2158396X-RAY DIFFRACTION99.9886
2.078-2.1510.2323980.1978095X-RAY DIFFRACTION99.9529
2.151-2.2320.2224270.1867809X-RAY DIFFRACTION99.9879
2.232-2.3240.214050.1777485X-RAY DIFFRACTION99.962
2.324-2.4270.1963770.1617218X-RAY DIFFRACTION99.9605
2.427-2.5450.1913730.1556917X-RAY DIFFRACTION100
2.545-2.6830.2143450.166563X-RAY DIFFRACTION99.9566
2.683-2.8460.1793380.1536214X-RAY DIFFRACTION99.726
2.846-3.0420.1972590.1625906X-RAY DIFFRACTION99.919
3.042-3.2860.2032910.1655470X-RAY DIFFRACTION99.948
3.286-3.5990.1952670.1595030X-RAY DIFFRACTION99.9057
3.599-4.0240.1692330.144602X-RAY DIFFRACTION99.8142
4.024-4.6450.1372240.1224057X-RAY DIFFRACTION99.6276
4.645-5.6880.1871980.1423442X-RAY DIFFRACTION99.8354
5.688-8.0370.1771340.1752724X-RAY DIFFRACTION99.7557
8.037-72.1970.216760.1871585X-RAY DIFFRACTION99.4611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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