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- PDB-6yv2: STRUCTURE OF THE WNT DEACYLASE NOTUM IN COMPLEX WITH A PYRROLIDIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yv2
タイトルSTRUCTURE OF THE WNT DEACYLASE NOTUM IN COMPLEX WITH A PYRROLIDINE-3-CARBOXYLIC ACID FRAGMENT 598
要素Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Wnt / Wnt signalling (Wntシグナル経路) / Frizzled (Frizzled) / Fzd / Fragment screen / Notum
機能・相同性
機能・相同性情報


[Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / 骨 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...[Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / 骨 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wntシグナル経路 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / 小胞体 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectinacetylesterase/NOTUM / Pectinacetylesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
(3~{R})-1-phenylpyrrolidine-3-carboxylic acid / Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ruza, R.R. / Hillier, J. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Screening of a Custom-Designed Acid Fragment Library Identifies 1-Phenylpyrroles and 1-Phenylpyrrolidines as Inhibitors of Notum Carboxylesterase Activity.
著者: Mahy, W. / Patel, M. / Steadman, D. / Woodward, H.L. / Atkinson, B.N. / Svensson, F. / Willis, N.J. / Flint, A. / Papatheodorou, D. / Zhao, Y. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Hillier, J. / Frew, ...著者: Mahy, W. / Patel, M. / Steadman, D. / Woodward, H.L. / Atkinson, B.N. / Svensson, F. / Willis, N.J. / Flint, A. / Papatheodorou, D. / Zhao, Y. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Hillier, J. / Frew, S. / Monaghan, A. / Costa, A. / Bictash, M. / Walter, M.W. / Jones, E.Y. / Fish, P.V.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4549
ポリマ－43,5671
非ポリマー8878
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.300, 73.020, 79.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM / hNOTUM


分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 変異: C330S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 114分子

#3: 化合物 ChemComp-PUE / (3~{R})-1-phenylpyrrolidine-3-carboxylic acid


分子量: 191.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.4 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M CITRIC ACID, PH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→79.51 Å / Num. obs: 28311 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 36.12 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 6.8 % / Num. unique obs: 1381 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.352 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3699精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UZ1

4uz1


解像度: 2.1→36.51 Å / SU ML: 0.1838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4282
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 1116 5.58 %
Rwork0.2126 18881 -
obs0.2134 19997 96.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2861 0 55 107 3023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00343034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64564128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0528437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.44211116
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.20.28221310.26392422X-RAY DIFFRACTION99.8
2.2-2.310.4385820.36991757X-RAY DIFFRACTION72.75
2.31-2.460.22921320.24092426X-RAY DIFFRACTION99.92
2.46-2.650.29411360.23332412X-RAY DIFFRACTION99.92
2.65-2.910.2511650.23192427X-RAY DIFFRACTION99.92
2.91-3.330.23541770.21492411X-RAY DIFFRACTION99.92
3.33-4.20.19691480.19532430X-RAY DIFFRACTION98.55
4.2-36.510.1991450.18452596X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.77881991407 Å / Origin y: -1.88680338897 Å / Origin z: -2.49093672296 Å
111213212223313233
T0.211264637053 Å2-0.0306981462493 Å2-0.0613599507397 Å2-0.246611216293 Å20.0529946607458 Å2--0.540482660637 Å2
L1.25946460697 °2-0.0465401945376 °2-0.237623611497 °2-1.9543644878 °2-0.168068808663 °2--1.10964305636 °2
S0.000290642057509 Å °0.0255206312937 Å °0.123668576581 Å °0.0666507799315 Å °-0.0259944119403 Å °-0.0771906790214 Å °-0.197424762065 Å °0.0341154674522 Å °0.0217088112555 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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