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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yuv | |||||||||
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タイトル | Capsule O-acetyltransferase of Neisseria meningitidis serogroup A | |||||||||
要素 | SacC | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / O-acetyltransferase / a/b hydrolase fold / serine transferase / catalytic triad | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterised protein family UPF0227/Esterase YqiA / Uncharacterised protein family (UPF0227) / Alpha/Beta hydrolase fold / TRIETHYLENE GLYCOL / SacC 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Cramer, J.T. / Fiebig, T. / Fedorov, R. / Muehlenhoff, M. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural and mechanistic basis of capsule O-acetylation in Neisseria meningitidis serogroup A. 著者: Fiebig, T. / Cramer, J.T. / Bethe, A. / Baruch, P. / Curth, U. / Fuhring, J.I. / Buettner, F.F.R. / Vogel, U. / Schubert, M. / Fedorov, R. / Muhlenhoff, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yuv.cif.gz | 255.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yuv.ent.gz | 172.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yuv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yuv_validation.pdf.gz | 1019.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yuv_full_validation.pdf.gz | 1020.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6yuv_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yuv_validation.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yuv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29374.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌) 遺伝子: sacC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O68216 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Native wild type CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother liquor ...詳細: Native wild type CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother liquor contained 50 mM HEPES pH 7.0, 100 mM HEPES pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, and 31-42% PEG200. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.999996 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999996 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 46740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.8 % / Biso Wilson estimate: 50.533 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 36.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6YUO 解像度: 2→49.4 Å / SU ML: 0.2127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2813
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→49.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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