PDB-6yuo: Capsule O-acetyltransferase of Neisseria meningitidis serogroup A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yuo

タイトル

Capsule O-acetyltransferase of Neisseria meningitidis serogroup A in complex with caged Gadolinium

要素

SacC

キーワード

TRANSFERASE / O-acetyltransferase / a/b hydrolase fold / serine transferase / catalytic triad

機能・相同性

Uncharacterised protein family (UPF0227) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GADOLINIUM ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SacC

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Cramer, J.T. / Fiebig, T. / Fedorov, R. / Muehlenhoff, M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic basis of capsule O-acetylation in Neisseria meningitidis serogroup A.
著者: Fiebig, T. / Cramer, J.T. / Bethe, A. / Baruch, P. / Curth, U. / Fuhring, J.I. / Buettner, F.F.R. / Vogel, U. / Schubert, M. / Fedorov, R. / Muhlenhoff, M.

履歴

登録	2020年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6yuo.ent.gz	167.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6yuo_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yuo_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yuo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6yuqC 6yusC 6yuvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yuv-1 6yus-1 6yuq-1 2aeg-d 21440 3oml-1 5xmb-d 2y70-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SacC

B: SacC

ヘテロ分子

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SacC

B: SacC

ヘテロ分子

A: SacC

B: SacC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.930, 132.930, 69.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	SacC 分子量: 29374.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌) 遺伝子: sacC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68216

-
非ポリマー , 5種, 86分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GD3 / GADOLINIUM ION 分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Native wild type CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother liquor ...詳細: Native wild type CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother liquor contained 50 mM HEPES pH 7.0, 100 mM HEPES pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, and 31-42% PEG200.

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.77 %

結晶化

温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Native wild type CsaC crystallized in sitting drop setups at concentrations of 18 mg/ml. Fine screens around initial screening conditions resulted in many isomorphous crystals. Mother liquor ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 1.71177 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.71177 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 28553 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 24.5 % / B_iso Wilson estimate: 52.002 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 26.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.28	25.5	0.952	3.9	2799	0.897	0.189	0.972	89.6
2.28-2.37	24.8	0.718	5.2	2746	0.938	0.144	0.733	87.3
2.37-2.48	25.2	0.51	7.6	2776	0.965	0.102	0.521	88
2.48-2.61	25.1	0.384	10	2863	0.982	0.077	0.392	91.3
2.61-2.77	24.6	0.262	14	2766	0.991	0.053	0.268	87
2.77-2.99	25.4	0.17	21.9	2848	0.996	0.034	0.174	90
2.99-3.29	24.3	0.109	32.3	2905	0.998	0.022	0.111	91.4
3.29-3.76	23.8	0.074	45.4	2838	0.999	0.015	0.076	88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.87 Å / SU ML: 0.1995 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.3343

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	1427	5 %
R_work	0.1824	-	-
obs	0.1843	28548	89.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3857	0	15	80	3952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	3946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6057	5337
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0435	607
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.556	1433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.28	0.2908	140	0.2316	2650	X-RAY DIFFRACTION	89.45
2.28-2.37	0.2941	137	0.2238	2604	X-RAY DIFFRACTION	87.35
2.37-2.48	0.2449	139	0.2064	2639	X-RAY DIFFRACTION	88.16
2.48-2.61	0.2525	142	0.2013	2720	X-RAY DIFFRACTION	91.38
2.61-2.77	0.2432	139	0.2094	2655	X-RAY DIFFRACTION	87.72
2.77-2.98	0.2994	143	0.203	2701	X-RAY DIFFRACTION	90.23
2.98-3.28	0.2313	145	0.1934	2763	X-RAY DIFFRACTION	91.53
3.28-3.75	0.2124	141	0.1777	2684	X-RAY DIFFRACTION	88.09
3.76-4.72	0.1806	147	0.1524	2780	X-RAY DIFFRACTION	90.23
4.72-19.87	0.2015	154	0.1792	2925	X-RAY DIFFRACTION	90.61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.92875723605	0.46920726817	0.401234919803	8.1461380175	-0.349641477461	2.00854259056	0.012180217205	1.25045215024	0.431556971281	0.237970054643	-0.368390947206	0.92007208683	-1.11213203986	-2.368583921	0.346994523307	0.484860083374	0.142382494951	0.0648196708766	0.796436857984	0.0635937574166	0.662685208712	52.6907854037	38.4805332168	10.6976451596
2	4.0025751128	0.974665621793	-2.18558611503	9.38941600093	-2.33747533804	7.26860916963	-0.00494396614157	0.142804637742	0.398235616971	-0.18670834403	0.0388363531716	0.169908718465	-0.660709716874	-0.392161748833	-0.0593673218851	0.314214443168	0.0413217936636	-0.0576068589034	0.337501061624	-0.0106849427464	0.257256580677	61.9450297474	33.5556171728	5.85190053905
3	5.04582803374	4.03870185777	-0.603079701423	2.04995748616	-2.22237397172	8.70878214483	-0.0163691582634	1.43394789023	0.505295811682	-0.371999344909	0.274001151791	1.03616853933	0.0146481411922	-1.68589705801	-0.421524147646	0.396681135286	0.00130698487928	-0.0546080472645	0.812944850026	-0.00277690431679	0.544274068417	55.9737276404	26.128052762	2.75736540359
4	7.58742091452	-2.61211052143	0.844146200804	2.09162612406	-7.17504208852	2.11078479413	-0.0290117672096	-0.556190139783	0.947789266243	0.878435281246	-0.0440607314517	-0.0128999298712	-1.15733048719	0.586702311242	0.0573242282825	0.611859122715	-0.0579199788923	-0.0428484021453	0.396453795149	-0.0511906103403	0.462149251892	73.8541634434	40.1480812091	9.43547694985
5	5.65827746687	1.59958433051	-3.04536405466	2.20492651612	-1.12769079778	5.06226963903	0.0159621262087	-0.120154280426	-0.049020500471	0.0390097541324	-0.0139967442264	-0.0112954952084	-0.0715890030307	-0.114414698274	0.00671180538338	0.320593119676	0.0118521345776	-0.0288452133419	0.254778217828	-0.0170214255	0.218446184019	70.5126122684	26.3089576122	8.66248867661
6	7.39105542359	-2.72575468661	-0.714545564625	2.02100702992	-3.97091321541	3.86486619432	-0.023675836872	-0.433669298544	0.9740793456	-0.227140260857	-0.447798067297	-0.852640872723	-0.468515075726	0.375548758269	0.298387842501	0.668018345856	-0.183340284703	-0.0443869768447	0.419266099338	-0.0081090184643	0.556964255912	84.707733074	40.4932547132	7.7464760865
7	3.51409504041	1.41452956213	-0.431506278087	5.0283296239	-0.22963174076	7.60593073585	-0.0439139438646	0.0887951010236	-0.258905570201	0.0884457218176	-0.0494337625284	-0.297776039181	0.0517567385079	0.418355391142	0.0697635253123	0.322661242996	0.0653222663541	0.031265488571	0.327333905568	-0.00173345286538	0.357538880379	80.644265792	20.6685500967	3.52586320373
8	9.36185048123	-2.13906574363	5.64788884444	3.54047327561	-4.12106309363	6.02891252617	0.0948622375609	0.450159121273	-0.474000059282	-0.0928221228139	0.492607531986	-0.144881288251	-0.214339579474	-0.288390163562	-0.482577206273	0.507386830822	0.121241784802	0.019542188163	0.375715596383	-0.0886364639213	0.323541655285	76.3530599991	18.3452967715	-3.22930178479
9	7.34843117657	0.0578514115478	-1.86769799549	2.05277799088	-2.5896721144	7.1726941548	0.254313521091	0.574506242733	-0.520213823079	-0.805732396485	0.0568083263275	0.704567002464	0.185695589708	-1.08035759242	-0.170949365343	0.424722651991	-0.0312162639906	-0.0502991555707	0.556457964915	-0.0795461050293	0.42527608722	64.4866562967	20.2891191451	-5.82051809237
10	1.21172711765	1.13809401775	0.82452196523	4.70685076065	2.31725565079	5.04926551977	0.0601206485655	-0.0912667377585	-0.13275722	0.00935044991092	0.0320352634785	0.0287915044683	0.14376810197	0.00667187342862	-0.105739939295	0.3036758427	-0.0237098861238	0.0209065131407	0.323368544077	0.0297746945471	0.285971895403	61.0831831681	24.5438095328	33.9867020639
11	7.22942135727	-0.308016641163	2.58154215743	3.82710559375	-1.31851376645	3.16150405564	0.162339040368	-0.790111489003	-0.189306322644	0.180316693288	-0.124877856269	0.0533684579496	0.0197495566136	-0.160741079411	0.0114941234727	0.402777739111	-0.0284148207115	-0.00876296229326	0.349663651948	-0.0431173939892	0.246493023673	65.4023323053	29.7159894529	37.0019518423
12	5.88922611975	1.86618511924	0.674970704729	4.19071334013	3.6853969831	7.27441038925	-0.00516664695459	-0.0351134783017	0.50536903083	-0.0807924870064	-0.0459472772216	0.375661330083	-0.416275979759	-0.652773684031	0.0481100676081	0.438866715341	0.0462745410401	0.0505642011294	0.34530292234	-0.00639548157116	0.389765700017	58.6847154089	36.4384794527	29.4912281187
13	6.15426440947	-1.31635754825	0.388245011202	2.49357120841	-0.386536849252	2.85550275794	0.0392355422309	-0.585218580054	0.74682108508	0.308254702115	-0.113130989115	-0.331384336702	-0.488393527914	0.169727720041	0.070370689067	0.417269200525	-0.0811426546413	0.00668351979565	0.369164466024	-0.0746832797322	0.395876875369	71.9583168735	43.437252891	39.865010693
14	5.09640646335	0.644307107357	0.129811395926	2.45683037868	-1.45678859276	4.72786604625	-0.119229448225	-0.853207458484	0.585676334924	0.573995866836	0.0599960026738	0.165061191759	-0.603118769437	-0.658472828583	-0.0256259902015	0.518904781517	0.067947178711	0.0513918786949	0.624836396771	-0.193058836215	0.54845331975	58.117854332	42.3773719219	47.88607889

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )	A	A	1 - 15	1 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 16 through 51 )	A	A	16 - 51	16 - 51
3	3	chain 'A' and (resid 52 through 65 )	A	A	52 - 65	52 - 65
4	4	chain 'A' and (resid 66 through 87 )	A	A	66 - 87	66 - 87
5	5	chain 'A' and (resid 88 through 148 )	A	A	88 - 148	88 - 148
6	6	chain 'A' and (resid 149 through 172 )	A	A	149 - 172	149 - 167
7	7	chain 'A' and (resid 173 through 214 )	A	A	173 - 214	168 - 209
8	8	chain 'A' and (resid 215 through 229 )	A	A	215 - 229	210 - 224
9	9	chain 'A' and (resid 230 through 246 )	A	A	230 - 246	225 - 241
10	10	chain 'B' and (resid 1 through 47 )	B	D	1 - 47	1 - 47
11	11	chain 'B' and (resid 48 through 87 )	B	D	48 - 87	48 - 87
12	12	chain 'B' and (resid 88 through 114 )	B	D	88 - 114	88 - 114
13	13	chain 'B' and (resid 115 through 214 )	B	D	115 - 214	115 - 214
14	14	chain 'B' and (resid 215 through 244 )	B	D - G	215 - 244	215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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