PDB-6yum: CK2 alpha bound to unclosed Macrocycle

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yum

タイトル

CK2 alpha bound to unclosed Macrocycle

要素

Casein kinase II subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Macrocycle / Inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Kraemer, A. / Hanke, T. / Kurz, C. / Celik, I. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Optimization of pyrazolo[1,5-a]pyrimidines lead to the identification of a highly selective casein kinase 2 inhibitor.
著者: Kramer, A. / Kurz, C.G. / Berger, B.T. / Celik, I.E. / Tjaden, A. / Greco, F.A. / Knapp, S. / Hanke, T.

履歴

登録	2020年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yum.cif.gz	153 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yum.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yum_validation.pdf.gz	957.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yum_full_validation.pdf.gz	962.3 KB	表示
XML形式データ	6yum_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	6yum_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yulC 3pe2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ko6-d 5ts8-d 3at3-d 6z84-2 1f0q-d 6tei-2 7a4c-2 6hoq-d 1m2r-d 6l24-d 6a1c-d 6ise-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Casein kinase II subunit alpha

GGG: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

GGG: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.479, 125.479, 124.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A G)

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha 分子量: 45208.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PQ8 / 4-[5-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethyl-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonyl]amino]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-2-oxidanyl-benzoic acid 分子量: 458.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₆N₄O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 0.2 ammonia sulphate 30% PEG 5000 MME 10 mg/mL protein

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000031 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000031 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→44.36 Å / Num. obs: 26481 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / Num. unique obs: 3806 / CC_1/2: 0.923 / R_pim(I) all: 0.316 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PE2

3pe2

解像度: 2.75→44.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 21.771 / SU ML: 0.397 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.938 / ESU R Free: 0.37 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2838	1407	5.324 %
R_work	0.2626	-	-
all	0.264	-	-
obs	-	26427	99.789 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.329 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.185 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.185 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.371 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→44.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5323	0	96	2	5421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5563
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.044	0.01	8429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	1.646	7567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.5	1.593	11259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.725	5	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.055	21.362	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.246	15	872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.493	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	4642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.112	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.234	7.54	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.232	7.535	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.783	11.303	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.783	11.304	3272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.935	7.684	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.934	7.684	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.387	11.483	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.386	11.483	4295
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.686	141.493	22709
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.686	141.493	22710
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	10384

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.821	0.443	125	0.426	1784	X-RAY DIFFRACTION	99.8953
2.821-2.899	0.353	97	0.402	1792	X-RAY DIFFRACTION	99.8942
2.899-2.983	0.413	89	0.361	1725	X-RAY DIFFRACTION	99.9449
2.983-3.074	0.326	93	0.339	1670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.074-3.175	0.347	98	0.336	1610	X-RAY DIFFRACTION	99.7664
3.175-3.286	0.333	91	0.289	1597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.286-3.41	0.307	80	0.268	1516	X-RAY DIFFRACTION	99.9374
3.41-3.549	0.292	102	0.266	1462	X-RAY DIFFRACTION	99.8723
3.549-3.707	0.282	66	0.253	1388	X-RAY DIFFRACTION	98.5763
3.707-3.887	0.247	65	0.24	1365	X-RAY DIFFRACTION	99.7211
3.887-4.097	0.239	59	0.228	1307	X-RAY DIFFRACTION	99.9268
4.097-4.345	0.256	55	0.231	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
4.345-4.644	0.285	61	0.209	1173	X-RAY DIFFRACTION	100
4.644-5.015	0.248	66	0.199	1083	X-RAY DIFFRACTION	100
5.015-5.492	0.318	57	0.243	992	X-RAY DIFFRACTION	99.9048
5.492-6.137	0.295	42	0.255	921	X-RAY DIFFRACTION	100
6.137-7.081	0.342	52	0.262	819	X-RAY DIFFRACTION	99.7709
7.081-8.659	0.226	52	0.23	676	X-RAY DIFFRACTION	99.4536
8.659-12.188	0.209	37	0.23	562	X-RAY DIFFRACTION	99.8333

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関連情報:EMDBヘッダ

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