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- PDB-6yud: Structure of Csx3/Crn3 from Archaeoglobus fulgidus in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yud
タイトルStructure of Csx3/Crn3 from Archaeoglobus fulgidus in complex with cyclic tetra-adenylate (cA4)
要素
  • Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
  • Uncharacterized protein AF_1864
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ring nuclease / CRISPcyclo tetra-adenylate
機能・相同性CRISPR-associated protein Csx3 / CRISPR-associated protein (Cas_csx3) / : / RNA / Uncharacterized protein AF_1864
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者McQuarrie, S. / Gloster, T.M. / White, M.F. / Graham, S. / Athukoralage, J.S. / Gruschow, S.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust204821/Z/16/Z 英国
Other governmentBBSRC BB/S000313/1 英国
Other governmentBBSRC BB/T004789/1 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Tetramerisation of the CRISPR ring nuclease Crn3/Csx3 facilitates cyclic oligoadenylate cleavage.
著者: Athukoralage, J.S. / McQuarrie, S. / Gruschow, S. / Graham, S. / Gloster, T.M. / White, M.F.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年12月13日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entry_details.compound_details / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein AF_1864
B: Uncharacterized protein AF_1864
C: Uncharacterized protein AF_1864
D: Uncharacterized protein AF_1864
E: Uncharacterized protein AF_1864
F: Uncharacterized protein AF_1864
G: Uncharacterized protein AF_1864
H: Uncharacterized protein AF_1864
I: Uncharacterized protein AF_1864
J: Uncharacterized protein AF_1864
K: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
M: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
O: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
P: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
Q: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,37415
ポリマ－130,37415
非ポリマー00
水10,359575
1
A: Uncharacterized protein AF_1864
B: Uncharacterized protein AF_1864
K: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0753
ポリマ－26,0753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Uncharacterized protein AF_1864
D: Uncharacterized protein AF_1864
O: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0753
ポリマ－26,0753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Uncharacterized protein AF_1864
F: Uncharacterized protein AF_1864
P: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0753
ポリマ－26,0753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Uncharacterized protein AF_1864
H: Uncharacterized protein AF_1864

M: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0753
ポリマ－26,0753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
5
I: Uncharacterized protein AF_1864
J: Uncharacterized protein AF_1864
Q: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0753
ポリマ－26,0753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)193.969, 60.364, 107.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-260-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein AF_1864


分子量: 12401.487 Da / 分子数: 10 / 変異: H60A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF_1864 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28415
#2: RNA鎖
Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


タイプ: Polycyclic / クラス: Antiviral / 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cyclic oligoadenylates such as c-tetraAMP were found to be novel bacterial second messengers. Antiviral in context of signalling for Type III CRISPR-Cas systems.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002431
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic ...CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic oligoadenylate signaling was found to be essential for the type III system against the jumbo phage.
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100mM Hepes 25% (v/v) Jeffamine M-600 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→53.56 Å / Num. obs: 93596 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 302768 / Scaling rejects: 211
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.84-1.892.40.7241283352870.7390.5470.9131.174.5
8.23-53.563.40.029393711600.9760.0190.0354699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia20.5.900-ga3de5862-dials-1.14データ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3wzi

3wzi


解像度: 1.84→53.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.992 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 4770 5.1 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.1947 88795 96.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.95 Å2 / Biso mean: 34.154 Å2 / Biso min: 14.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å2-2.95 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→53.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7586 0 440 577 8603
Biso mean--35.8 43.94 -
残基数----998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0138317
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.64811441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2571.57117651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3565997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.4220.619323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.463151216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4571543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021680
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.887 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 257 -
Rwork0.367 4908 -
obs--72.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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