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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yua
タイトルCO-dehydrogenase coupled to the N-terminal domain of the Acetyl-CoA synthase from Clostridium autoethanogenum isolated after tryptic digestion.
要素
  • CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, beta subunit
  • Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),CO-dehydrogenase from Clostridium autoethanogenum DSM 10061
キーワードOXIDOREDUCTASE / C1-Metabolism / Carbon monoxide / metalloprotein / Acetogenic bacteria / Acetogenesis / CO-dehydrogenase/Acetyl-CoA synthase / X-ray crystal structure / Gas channeling / Waste-gas conversion.
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) / CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / : / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / ACS/CODH beta subunit C-terminal / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family ...CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / ACS/CODH beta subunit C-terminal / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor) / CO-methylating acetyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Wagner, T. / Lemaire, O.N.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG-SPP 1927 WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020
タイトル: Gas channel rerouting in a primordial enzyme: Structural insights of the carbon-monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex from the acetogen Clostridium autoethanogenum.
著者: Lemaire, O.N. / Wagner, T.
履歴
登録2020年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, beta subunit
B: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),CO-dehydrogenase from Clostridium autoethanogenum DSM 10061
C: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),CO-dehydrogenase from Clostridium autoethanogenum DSM 10061
D: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,63016
ポリマ－201,4114
非ポリマー2,21912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14410 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area61990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.333, 89.333, 527.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain D and resid 1 through 290)
12chain B
22(chain C and resid 3 through 631)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETchain AAA1 - 2901 - 290
21METMET(chain D and resid 1 through 290)DD1 - 2901 - 290
12GLUGLUchain BBB3 - 6313 - 631
22GLUGLU(chain C and resid 3 through 631)CC3 - 6313 - 631

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質 CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, beta subunit


分子量: 32728.072 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: U5RWA4, CO-methylating acetyl-CoA synthase
#2: タンパク質 Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),CO-dehydrogenase from Clostridium autoethanogenum DSM 10061


分子量: 67977.531 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
詳細: A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).,A ...詳細: A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).,A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).
由来: (天然) Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: /
参照: UniProt: U5RTE2, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor), anaerobic carbon monoxide dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 12分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 % / 解説: Brown brick shape
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Crystallization was performed in an anoxic chamber (N2/H2, 95:5 %) with anaerobic solutions. Crystals were obtained by initial screening at 291.15 K using the sitting drop method on a 96-well ...詳細: Crystallization was performed in an anoxic chamber (N2/H2, 95:5 %) with anaerobic solutions. Crystals were obtained by initial screening at 291.15 K using the sitting drop method on a 96-well MRC 2 Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization reservoir contained 90 uL of mother liquor, crystallization drop contained a mixture of 0.6 uL protein and 0.6 uL precipitant. The protein concentration was 28.5 mg/mL in 25 mM Tris pH 7.6, 10% (v/v) glycerol and 2 mM dithiothreitol. The best diffracting crystal of CODH bound to the ACS N-terminal domain was obtained by initial screening using the Shotgun (SG1) screen from Molecular dimensions. The crystallization reservoir contained 200 mM Magnesium chloride hexahydrate and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350. The crystal was cryoprotected in the same crystallization solution supplemented with 25% ethylene glycol.
PH範囲: / / Temp details: fluctuation of 1K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→131.783 Å / Num. obs: 17564 / % possible obs: 84.3 % / 冗長度: 17.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.268 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.14→3.576 Å / 冗長度: 23.6 % / Rmerge(I) obs: 1.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 977 / CC1/2: 0.748 / Rpim(I) all: 0.309 / Rrim(I) all: 1.524 / % possible all: 81.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YTT

6ytt


解像度: 3.16→39.95 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 893 5.1 %
Rwork0.2238 16633 -
obs0.2252 17526 45.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 239.7 Å2 / Biso mean: 65.4363 Å2 / Biso min: 12.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.16→39.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13810 0 62 0 13872
Biso mean--84.61 --
残基数----1848
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2655X-RAY DIFFRACTION5.11TORSIONAL
12D2655X-RAY DIFFRACTION5.11TORSIONAL
21B5881X-RAY DIFFRACTION5.11TORSIONAL
22C5881X-RAY DIFFRACTION5.11TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.16-3.360.295130.32422632764
3.36-3.620.2551390.299683687514
3.62-3.980.285680.27921428149624
3.98-4.550.26681670.23312994316150
4.55-5.730.27052530.23374790504379
5.73-39.950.23363530.20236322667598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4708-0.0642-0.57192.02850.40792.4547-0.2461-0.3595-0.36510.01180.3433-0.06240.4940.22240.00940.30961.0172-0.178-0.59730.75510.2184-9.15186.731519.5677
21.0677-1.52930.96542.2038-2.15463.75690.1605-0.4199-0.23480.4362-0.4995-0.179-0.25650.23630.00011.3496-0.26420.20291.2532-0.1663-0.0578-11.556622.088231.2248
30.89950.18350.44451.6515-0.23931.6944-0.1053-0.5288-0.08260.21760.0061-0.1925-0.5425-0.4740.05150.48610.10260.17670.5726-0.03140.2466-7.001119.264821.9441
44.52911.5355-0.24270.68840.10353.68910.5602-0.2676-0.6170.3004-0.5729-0.7574-0.49860.6583-0.16670.4151-0.12680.00040.5081-0.10940.567512.542322.800312.6036
55.5557-0.5396-1.27280.76480.78673.28810.1598-0.34640.2827-0.35430.1814-0.5336-0.22850.2002-0.08820.631-0.18840.08570.7576-0.20190.202412.765824.584820.676
60.29090.55920.16142.04071.14651.02750.9245-0.04061.1360.7460.4980.5993-0.4047-1.36850.13220.1149-0.4531-0.22050.4196-0.76380.5075-8.951329.0317.8856
73.11950.722-0.16133.0659-0.61861.9268-0.04830.36150.00980.1205-0.6218-0.3617-0.26030.52930.54960.6025-0.12570.03770.62760.10520.33922.051921.09614.4789
80.0225-0.0614-0.11330.87190.95650.68390.1229-0.3965-0.28860.09950.09970.09210.1757-0.2588-0.05830.79170.77370.12861.5374-0.15420.8809-45.65317.0366-29.6869
90.7147-0.2655-0.01730.48650.51551.15960.183-0.40240.11620.5691-0.09190.4395-0.0836-0.2069-0.02330.31750.2110.01650.66050.05590.3493-30.58682.3452-38.108
103.83510.591-0.49872.32031.77961.72720.3514-0.23250.35080.57190.0963-0.14980.0640.9623-0.27570.8360.17690.12640.75870.12290.4389-1.55126.6625-38.456
111.23450.4632-0.56742.58480.2231.2349-0.24570.2308-0.0594-0.57310.4729-0.0435-0.54260.85380.00750.06430.29490.04570.4057-0.08040.4084-6.99228.9524-36.8313
120.5809-0.56170.2080.4325-0.23790.45120.5463-0.22160.17420.1542-0.592-0.0312-0.92350.4023-0.00820.23560.65640.12250.0330.18740.549-21.701316.4209-34.164
131.7931-0.2358-0.25940.7560.47673.28470.1780.36170.0831-0.26670.00010.3361-0.858-0.1118-0.22250.85580.41760.11190.78640.11140.5437-30.171234.0112-37.3402
140.34710.09760.31830.4425-0.39591.22390.3417-0.12060.34030.1719-0.20380.1313-0.9292-0.39460.00130.70480.49260.10180.50320.02220.4281-22.118326.5761-18.1676
150.61690.7458-0.37570.8370.29770.9270.5192-0.1291-0.60730.2844-0.02890.10170.0337-0.4803-0.08290.36330.21630.17830.46960.03620.2694-22.21625.6561-19.756
161.10641.35410.62681.87811.57771.9273-0.3652-0.54730.5846-0.23890.16640.70080.1845-0.79390.11210.56620.31810.06040.80990.06510.7399-44.8783-11.6152-47.8507
171.23780.70480.53261.1567-0.74191.1338-0.6713-0.2589-0.38380.14880.73860.4308-0.2333-0.1191-0.09570.32440.2183-0.04620.25480.33130.4099-34.31718.0801-47.6007
182.43550.9594-1.0111.74051.05162.1319-0.1293-0.162-0.2774-0.0244-0.1077-0.8853-0.59470.43760.01580.39150.20850.21880.65290.09590.7809-3.07-3.2755-65.2047
191.1550.56380.27391.7150.23640.61830.0430.1245-0.1423-0.33720.1117-0.33410.10420.263-0.16230.48590.1191-0.04140.3598-0.0380.3145-20.73412.8038-58.7064
201.0336-0.4533-0.12991.3851-0.23051.5255-0.3519-0.2811-0.42770.15490.1903-0.1680.39060.24690.17450.46350.026-0.00880.47630.10080.473-25.2405-17.489-60.081
210.97620.0085-0.60181.356-1.25141.405-0.3436-0.2468-0.3152-0.03730.6888-0.09890.42350.136-0.02550.5950.0892-0.0368-0.02950.0410.4683-33.1311-11.9911-76.2989
221.0361-0.1603-0.3930.99780.23351.54260.18730.35810.0085-0.07290.0773-0.0332-0.8365-0.40520.01630.15360.0205-0.12130.25270.05730.3356-36.60566.2499-67.46
230.4211-0.18140.56170.35820.48454.3411-0.27430.23960.6984-0.76970.26790.4716-0.3512-0.38930.26260.8628-0.0792-0.44780.7403-0.04940.5128-48.01426.3438-106.9475
240.29710.34020.29520.67310.4871.33570.8440.64380.4846-0.5521-0.5169-0.0651-0.276-0.19990.02530.8587-0.1893-0.29270.6206-0.23160.4786-51.0651-6.4403-111.1429
252.16590.11630.83821.33340.44930.41990.41810.59980.0482-0.8911-0.27041.03760.1969-0.2653-0.24710.942-0.36820.0207-0.58710.24470.4116-44.805-1.7002-108.3084
264.8829-1.79141.58143.4192-0.08583.8293-0.0761.0078-0.0022-0.6646-0.5514-0.1904-0.2525-0.28740.32970.8271-0.05990.15390.6753-0.00330.325-32.6759-10.342-120.4755
271.6618-0.0607-0.61270.9597-0.3111.1208-0.02720.8366-0.2929-0.87190.0786-0.3661-0.95810.26490.0311.02-0.38120.3480.8515-0.02760.4638-26.3748-1.1358-116.1869
281.86891.5866-0.51342.33920.34620.57220.1429-0.0935-0.35630.1507-0.1496-0.04540.4279-0.1069-0.16510.5901-0.0651-0.17670.37810.0530.5622-35.3433-8.2264-104.2536
291.1186-0.39250.23120.90420.6710.97920.2174-0.08660.2431-0.32050.5217-0.8726-0.07640.9229-0.09770.5791-0.35440.10280.4593-0.38940.2643-22.59290.8702-100.243
304.3188-2.1151-1.23691.27180.59750.3376-0.3643-0.3467-1.17550.4310.0811-1.33030.31770.360.05920.8434-0.1926-0.0270.7083-0.02240.8725-11.1681-21.1319-108.687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 29 )A1 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 57 )A30 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 129 )A58 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 130 through 174 )A130 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 175 through 191 )A175 - 191
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 192 through 226 )A192 - 226
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 227 through 290 )A227 - 290
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 3 through 53 )B3 - 53
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 54 through 105 )B54 - 105
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 106 through 136 )B106 - 136
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 137 through 182 )B137 - 182
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 183 through 260 )B183 - 260
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 261 through 370 )B261 - 370
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 371 through 523 )B371 - 523
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 524 through 631 )B524 - 631
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 3 through 54 )C3 - 54
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 55 through 105 )C55 - 105
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 106 through 136 )C106 - 136
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 137 through 260 )C137 - 260
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 261 through 472 )C261 - 472
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 473 through 523 )C473 - 523
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 524 through 631 )C524 - 631
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 1 through 29 )D1 - 29
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 30 through 77 )D30 - 77
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 78 through 102 )D78 - 102
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 103 through 134 )D103 - 134
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 135 through 208 )D135 - 208
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 209 through 252 )D209 - 252
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 253 through 285 )D253 - 285
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 286 through 300 )D286 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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