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- PDB-6yu9: CO-dehydrogenase homodimer from Clostridium autoethanogenum at 1.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yu9
タイトルCO-dehydrogenase homodimer from Clostridium autoethanogenum at 1.90-A resolution
要素Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
キーワードOXIDOREDUCTASE / C1-Metabolism / Carbon monoxide / metallo-containing protein / Acetogenic bacteria / Acetogenesis / CO-dehydrogenase/Acetyl-CoA synthase / X-ray crystal structure / Gas channeling / Waste-gas conversion
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) / : / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Wagner, T. / Lemaire, O.N.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG-SPP 1927 WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020
タイトル: Gas channel rerouting in a primordial enzyme: Structural insights of the carbon-monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex from the acetogen Clostridium autoethanogenum.
著者: Lemaire, O.N. / Wagner, T.
履歴
登録2020年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
B: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
C: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
D: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,11622
ポリマ－271,9104
非ポリマー4,20618
水19,9431107
1
A: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
B: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,12912
ポリマ－135,9552
非ポリマー2,17410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area39800 Å2
手法PISA
2
C: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
D: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,98710
ポリマ－135,9552
非ポリマー2,0328
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area39480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.531, 109.446, 129.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)


分子量: 67977.531 Da / 分子数: 4 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然
詳細: A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).,A ...詳細: A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).,A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).
由来: (天然) Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: /
参照: UniProt: U5RTE2, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)

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非ポリマー , 6種, 1125分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 % / 解説: Brownish thick quadratic plates
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Crystallization was performed in an anoxic chamber (N2/H2, 95:5 %) with anaerobic solutions. Crystals were obtained by initial screening at 291.15 K using the sitting drop method on a 96-well ...詳細: Crystallization was performed in an anoxic chamber (N2/H2, 95:5 %) with anaerobic solutions. Crystals were obtained by initial screening at 291.15 K using the sitting drop method on a 96-well MRC 2 Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization reservoir contained 90 uL of mother liquor, crystallization drop contained a mixture of 0.6 uL protein and 0.6 uL precipitant. The protein concentration was 16.9 mg/mL in 25 mM Tris/HCl pH7.6, 10% glycerol (v/v) and 2 mM dithiothreitol. The best diffracting crystal of CODH was obtained by initial screening using the Shotgun (SG1) screen from Molecular dimensions. The crystallization reservoir contained 200 mM Magnesium acetate tetrahydrate; 20% (w/v) polyethylene glycol 3350. Crystals were cryo protected in the same solution supplemented with 25% glycerol (v/v).
Temp details: Fluctuation of 1 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→119.4 Å / Num. obs: 102786 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.9→2.179 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5140 / CC1/2: 0.611 / Rpim(I) all: 0.45 / Rrim(I) all: 0.928 / % possible all: 63.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YTT

6ytt


解像度: 1.904→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.372 / SU Rfree Blow DPI: 0.216
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2026 5293 5.15 %RANDOM
Rwork0.1575 ---
obs0.1598 102786 48 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.93 Å2 / Biso mean: 33.12 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5935 Å20 Å22.0385 Å2
2--2.2535 Å20 Å2
3----3.847 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.904→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18851 0 113 1107 20071
Biso mean--32.34 31.26 -
残基数----2512
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d11753SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6081HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_it19329HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2592SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact31692SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d38551HARMONIC50.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg70222HARMONIC51.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.32
LS精密化 シェル解像度: 1.904→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 92 4.47 %
Rwork0.2028 1964 -
obs--4.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46980.0226-0.11340-0.00340.4159-0.0240.0522-0.01370.0505-0.01870.00550.0213-0.04510.04270.0122-0.00810.0281-0.0561-0.0248-0.07581.1318-2.906720.4997
20.47380.0357-0.27160.00150.03590.4588-0.02440.1023-0.01650.0346-0.01510.01680.01450.11830.0395-0.04780.0187-0.00080.03010.0359-0.110639.27433.63437.4694
30.9175-0.0693-0.221100.20050.3389-0.0137-0.03680.148-0.05970.05930.11490.12120.2302-0.0456-0.05910.07660.05130.07380.0054-0.142828.1962-54.643540.4066
40.6414-0.2818-0.38760-0.07220.6157-0.0138-0.12230.0433-0.05470.01980.02490.04970.0335-0.0060.0038-0.00130.0107-0.05990.006-0.1017-10.7506-51.424351.9846
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 631
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B4 - 631
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C4 - 631
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D4 - 631

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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