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Yorodumi- PDB-6yua: CO-dehydrogenase coupled to the N-terminal domain of the Acetyl-C... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yua | |||||||||
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Title | CO-dehydrogenase coupled to the N-terminal domain of the Acetyl-CoA synthase from Clostridium autoethanogenum isolated after tryptic digestion. | |||||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / C1-Metabolism / Carbon monoxide / metalloprotein / Acetogenic bacteria / Acetogenesis / CO-dehydrogenase/Acetyl-CoA synthase / X-ray crystal structure / Gas channeling / Waste-gas conversion. | |||||||||
Function / homology | Function and homology information carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) / CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / : / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.16 Å | |||||||||
Authors | Wagner, T. / Lemaire, O.N. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Biochim Biophys Acta Bioenerg / Year: 2020 Title: Gas channel rerouting in a primordial enzyme: Structural insights of the carbon-monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex from the acetogen Clostridium autoethanogenum. Authors: Lemaire, O.N. / Wagner, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yua.cif.gz | 695.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yua.ent.gz | 580.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yua.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6yua_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6yua_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 6yua_validation.xml.gz | 60.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6yua_validation.cif.gz | 81.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yua | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yttSC 6yu9C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ADBC
#1: Protein | Mass: 32728.072 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: wild-type / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (bacteria) Cell line: / / Organ: / / Plasmid details: / / Variant: / / Tissue: / References: UniProt: U5RWA4, CO-methylating acetyl-CoA synthase #2: Protein | Mass: 67977.531 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: wild-type / Source method: isolated from a natural source Details: A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401). ...Details: A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).,A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401). Source: (natural) Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (bacteria) Cell line: / / Organ: / / Plasmid details: / / Variant: / / Tissue: / References: UniProt: U5RTE2, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor), anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
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-Non-polymers , 5 types, 12 molecules
#3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-EDO / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.98 % / Description: Brown brick shape |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: Crystallization was performed in an anoxic chamber (N2/H2, 95:5 %) with anaerobic solutions. Crystals were obtained by initial screening at 291.15 K using the sitting drop method on a 96- ...Details: Crystallization was performed in an anoxic chamber (N2/H2, 95:5 %) with anaerobic solutions. Crystals were obtained by initial screening at 291.15 K using the sitting drop method on a 96-well MRC 2 Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization reservoir contained 90 uL of mother liquor, crystallization drop contained a mixture of 0.6 uL protein and 0.6 uL precipitant. The protein concentration was 28.5 mg/mL in 25 mM Tris pH 7.6, 10% (v/v) glycerol and 2 mM dithiothreitol. The best diffracting crystal of CODH bound to the ACS N-terminal domain was obtained by initial screening using the Shotgun (SG1) screen from Molecular dimensions. The crystallization reservoir contained 200 mM Magnesium chloride hexahydrate and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350. The crystal was cryoprotected in the same crystallization solution supplemented with 25% ethylene glycol. PH range: / / Temp details: fluctuation of 1K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.14→131.783 Å / Num. obs: 17564 / % possible obs: 84.3 % / Redundancy: 17.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.268 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.14→3.576 Å / Redundancy: 23.6 % / Rmerge(I) obs: 1.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 977 / CC1/2: 0.748 / Rpim(I) all: 0.309 / Rrim(I) all: 1.524 / % possible all: 81.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6YTT Resolution: 3.16→39.95 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 239.7 Å2 / Biso mean: 65.4363 Å2 / Biso min: 12.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.16→39.95 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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