PDB-6yu2: Crystal structure of MhsT in complex with L-isoleucine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yu2

タイトル

Crystal structure of MhsT in complex with L-isoleucine

要素

Sodium-dependent transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / LeuT-fold / amino acid transporter / L-isoleucine

機能・相同性

: / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / membrane / ISOLEUCINE / Na+-dependent transporter / Sodium-dependent transporter

機能・相同性情報

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Focht, D. / Neumann, C. / Lyons, J. / Eguskiza Bilbao, A. / Blunck, R. / Malinauskaite, L. / Schwarz, I.O. / Javitch, J.A. / Quick, M. / Nissen, P.

資金援助

デンマーク, 4件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2021
タイトル: A non-helical region in transmembrane helix 6 of hydrophobic amino acid transporter MhsT mediates substrate recognition.
著者: Focht, D. / Neumann, C. / Lyons, J. / Eguskiza Bilbao, A. / Blunck, R. / Malinauskaite, L. / Schwarz, I.O. / Javitch, J.A. / Quick, M. / Nissen, P.

履歴

登録	2020年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2021年1月27日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yu2.cif.gz	175.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yu2.ent.gz	137.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yu2_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yu2_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	6yu2_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	6yu2_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yu3C 6yu4C 6yu5C 6yu6C 6yu7C 4us3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4us3-d 6yu6-1 6yu3-d 5a1n-d 5bud-1 6pfx-1 3x28-d 1byd-d 6yu5-2 2zpf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (4) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Sodium-dependent transporter

B: Sodium-dependent transporter

ヘテロ分子

98.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sodium-dependent transporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sodium-dependent transporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.950, 97.290, 110.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Sodium-dependent transporter

分子量: 48360.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: E2L07_01100 / 発現宿主:

Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A4Y7X244, UniProt: Q9KDT3*PLUS

#2: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシン

タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Crystallized using HiLiDe with DOPC as added lipid. Crystals were obtained in 14-24% PEG400, 0.3-0.5M NaCl, 0.1 M Tris-HCl or HEPES-NaOH pH 7.0, 5% Trimethylamine N-oxide (TMANO), 5% or 10% glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→43.7 Å / Num. obs: 13856 / % possible obs: 81.6 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 3.6
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / Num. unique obs: 2557 / CC_1/2: 0.636

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4US3

4us3

解像度: 3.1→43.698 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	674	4.88 %
R_work	0.2769	-	-
obs	0.2783	13817	81.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.23 Å² / B_iso mean: 56.685 Å² / B_iso min: 43.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→43.698 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6630	0	131	17	6778
B_iso mean	-	-	57.22	52.18	-
残基数	-	-	-	-	882

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.1003-3.3396	0.3548	136	0.3398	2707	84
3.3396-3.6755	0.3632	136	0.3102	2694	84
3.6755-4.207	0.3087	135	0.2686	2615	82
4.207-5.2989	0.2607	135	0.2577	2595	80
5.2989-43.69	0.2972	132	0.2588	2532	77

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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