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万見
- PDB-6yts: Solution NMR structure of type-I ribosome-inactivating protein tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yts
タイトルSolution NMR structure of type-I ribosome-inactivating protein trichobakin (TBK)
要素Trichobakin
キーワードHYDROLASE / Ribosome-inactivating protein / N-glycosidase activity / antitumor protein / antiviral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
rRNA N-glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichosanthes sp. Bac Kan 8-98 (植物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Britikov, V.V. / Bocharov, E.V. / Britikova, E.V. / Le, T.B.T. / Phan, C.V. / Boyko, K.M. / Arseniev, A.S. / Usanov, S.A.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-30014 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and dynamics of type-I ribosome-inactivating protein trichobakin (TBK)
著者: Britikov, V.V. / Bocharov, E.V. / Britikova, E.V. / Le, T.B.T. / Phan, C.V. / Boyko, K.M. / Arseniev, A.S. / Usanov, S.A.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trichobakin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2241
ポリマ－27,2241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Trichobakin


分子量: 27223.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichosanthes sp. Bac Kan 8-98 (植物)
遺伝子: TBK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LRE3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic23D HNCO
161isotropic23D HNCA
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic23D HN(CO)CA
1101isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D HNHA
1121isotropic13D HNHB
1131isotropic23D 1H-15N NOESY
1141isotropic23D 1H-15N TOCSY
1151isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1161isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1171isotropic13D H(CCO)NH
1181isotropic23D HN(CA)CO
1191isotropic23D HC(C)H-TOCSY aromatic
1201isotropic23D HC(C)H-COSY aromatic
1211isotropic13D CC(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.8 mM [U-13C; U-15N] trichobakin, 90% H2O/10% D2O / 詳細: potassium phosphate buffer 50 mM / Label: 15N,13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: trichobakin / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNデータ解析
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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