PDB-6ytn: Magnesium chelatase H subunit (ChlH) E660W variant from Synechocy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ytn

タイトル

Magnesium chelatase H subunit (ChlH) E660W variant from Synechocystis sp.PCC6803

要素

Mg-chelatase subunit ChlH

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Magnesium chelatase / chlorophyll

機能・相同性

機能・相同性情報

magnesium chelatase / magnesium chelatase activity / chlorophyll biosynthetic process / photosynthesis / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Bisson, C. / Hunter, C.N.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2020
タイトル: The active site of magnesium chelatase.
著者: Adams, N.B.P. / Bisson, C. / Brindley, A.A. / Farmer, D.A. / Davison, P.A. / Reid, J.D. / Hunter, C.N.

履歴

登録	2020年4月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ytn.cif.gz	519.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ytn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ytn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/6ytn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/6ytn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ys9C 6ysgSC 6yt0C 6ytjC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ytj-1 6ytj-2 6yt0-2 5do2-d 6yt0-1 6aw3-2 1tyu-1 1qa3-2 2zxi-2 30080 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Mg-chelatase subunit ChlH

BBB: Mg-chelatase subunit ChlH

302 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Mg-chelatase subunit ChlH

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Mixture of monomer and dimer by FPLC
151 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Mg-chelatase subunit ChlH

登録者が定義した集合体
151 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	317.550, 317.550, 104.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Mg-chelatase subunit ChlH 分子量: 150928.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag and linker 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: chlH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73020
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.36 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8-1.2 M sodium citrate and 2 mM dithiothreitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→79.39 Å / Num. obs: 107741 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7995 / CC_1/2: 0.49 / R_pim(I) all: 0.676

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YSG

6ysg

解像度: 2.7→79.387 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 12.547 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.283 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	5365	4.98 %
R_work	0.1919	-	-
all	0.194	-	-
obs	-	107741	99.904 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.301 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.288 Å²	0.644 Å²	0 Å²
2-	-	1.288 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.179 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→79.387 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19763	0	0	8	19771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	20156
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	18666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.638	27330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.143	1.571	43364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.734	5	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.834	23.134	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.431	15	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.804	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	22564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	17726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	9568
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	9005
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.117	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.844	7.324	10016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.839	7.324	10015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.947	10.976	12485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.947	10.976	12486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.583	7.63	10140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.583	7.631	10141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.703	11.305	14845
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.703	11.305	14846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.262	84.75	21860
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.261	84.754	21860

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.77	0.358	432	0.333	7556	0.335	7990	0.695	0.714	99.975	0.333
2.77-2.846	0.359	395	0.317	7366	0.319	7761	0.759	0.783	100	0.317
2.846-2.928	0.327	365	0.283	7206	0.285	7572	0.82	0.841	99.9868	0.283
2.928-3.018	0.338	349	0.268	6999	0.271	7348	0.829	0.851	100	0.268
3.018-3.117	0.319	322	0.251	6788	0.254	7110	0.838	0.878	100	0.251
3.117-3.226	0.288	354	0.235	6508	0.238	6863	0.876	0.899	99.9854	0.235
3.226-3.348	0.28	337	0.218	6304	0.221	6643	0.883	0.914	99.9699	0.218
3.348-3.484	0.267	311	0.205	6092	0.208	6403	0.902	0.925	100	0.205
3.484-3.639	0.244	293	0.197	5809	0.199	6106	0.922	0.933	99.9345	0.197
3.639-3.816	0.216	275	0.182	5561	0.184	5841	0.929	0.946	99.9144	0.182
3.816-4.022	0.219	312	0.175	5292	0.178	5609	0.938	0.947	99.9109	0.175
4.022-4.265	0.22	277	0.162	4970	0.165	5257	0.943	0.953	99.8098	0.162
4.265-4.559	0.205	258	0.149	4699	0.152	4965	0.944	0.958	99.8389	0.149
4.559-4.923	0.193	215	0.143	4366	0.145	4590	0.956	0.966	99.8039	0.143
4.923-5.391	0.2	188	0.16	4022	0.162	4223	0.95	0.959	99.6922	0.16
5.391-6.024	0.227	149	0.191	3700	0.193	3853	0.929	0.937	99.8962	0.191
6.024-6.949	0.212	187	0.168	3213	0.171	3403	0.944	0.952	99.9118	0.168
6.949-8.494	0.17	164	0.142	2676	0.144	2847	0.962	0.966	99.7541	0.142
8.494-11.944	0.149	116	0.14	2088	0.14	2218	0.976	0.975	99.3688	0.14
11.944-79.387	0.287	66	0.262	1164	0.264	1241	0.903	0.92	99.1136	0.262

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