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万見
- PDB-6ysy: Skeletal Myosin bound to MPH-220, MgADP-VO4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ysy
タイトルSkeletal Myosin bound to MPH-220, MgADP-VO4
要素
  • Myosin light chain 1/3, skeletal muscle isoform
  • Myosin-4
キーワードMOTOR PROTEIN / myofibril / muscle spasticity / actin binding / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


contractile muscle fiber / myosin filament / myosin II complex / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / muscle contraction / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain ...DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / : / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-PJT / VANADATE ION / Myosin light chain 1/3, skeletal muscle isoform / Myosin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.246 Å
データ登録者Canon, L. / Kikuti, C.M. / Gyimesi, M. / Malnasi-Csizmadia, A. / Houdusse, A.
資金援助 ハンガリー, フランス, 10件
組織認可番号国
Hungarian National Research, Development and Innovation OfficeNVKP 16-1-2016-0051 ハンガリー
Hungarian Ministry of FinanceGINOP-2.1.7-15-2016-02580 ハンガリー
Hungarian Ministry of FinanceGINOP 2.3.2-15-2016-00016 ハンガリー
French League Against CancerIP/SC-16058 フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
Foundation for Medical Research (France)DCM20181039553 フランス
French National Research AgencyANR-17-CE11-0029-01 フランス
French Muscular Dystrophy AssociationAFM 21805 フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0001-02-PSL フランス
Laboratories of Excellence (LabEx)11-LBX-0038 フランス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Single Residue Variation in Skeletal Muscle Myosin Enables Direct and Selective Drug Targeting for Spasticity and Muscle Stiffness.
著者: Gyimesi, M. / Horvath, A.I. / Turos, D. / Suthar, S.K. / Penzes, M. / Kurdi, C. / Canon, L. / Kikuti, C. / Ruppel, K.M. / Trivedi, D.V. / Spudich, J.A. / Lorincz, I. / Rauscher, A.A. / ...著者: Gyimesi, M. / Horvath, A.I. / Turos, D. / Suthar, S.K. / Penzes, M. / Kurdi, C. / Canon, L. / Kikuti, C. / Ruppel, K.M. / Trivedi, D.V. / Spudich, J.A. / Lorincz, I. / Rauscher, A.A. / Kovacs, M. / Pal, E. / Komoly, S. / Houdusse, A. / Malnasi-Csizmadia, A.
履歴
登録2020年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-4
B: Myosin light chain 1/3, skeletal muscle isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,4106
ポリマ－244,4602
非ポリマー9504
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area41440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.607, 119.424, 176.631
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Myosin-4 / Myosin heavy chain 2b / MyHC-2b / Myosin heavy chain 4 / Myosin heavy chain / skeletal muscle / juvenile


分子量: 223485.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Skeletal muscle / 参照: UniProt: Q28641
#2: タンパク質 Myosin light chain 1/3, skeletal muscle isoform / MLC1F/MLC3F / Myosin light chain alkali 1/2 / Myosin light chain A1/A2


分子量: 20974.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Skeletal muscle / 参照: UniProt: P02602

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非ポリマー , 5種, 36分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PJT / (9~{S})-5-methyl-12-(4-morpholin-4-ylphenyl)-9-oxidanyl-4-thia-2,12-diazatricyclo[7.3.0.0^{3,7}]dodeca-1,3(7),5-trien-8-one


分子量: 383.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% PEG600, 20mM DTT; 100mM HEPES pH 7.0; 5% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980102 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日
詳細: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.246→98.93 Å / Num. obs: 17314 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.003722 / Net I/σ(I): 10.46
反射 シェル解像度: 3.246→3.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.2293 / Num. unique obs: 1687 / CC1/2: 0.939 / % possible all: 99.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qvi

1qvi


解像度: 3.246→98.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.838 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.489
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2323 854 -RANDOM
Rwork0.2175 ---
obs0.2183 17314 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 100.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--78.9127 Å20 Å20 Å2
2--29.839 Å20 Å2
3---49.0737 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.246→98.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7377 0 60 32 7469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097592HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0210244HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2729SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1318HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7592HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion981SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5666SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.31
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.27 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 17 -
Rwork0.2927 --
obs0.2951 413 99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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