PDB-6ys2: Crystal structure of FAP R451A in the dark at 100K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ys2

タイトル

Crystal structure of FAP R451A in the dark at 100K

要素

Fatty acid Photodecarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / GMC fold

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid photodecarboxylase / choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial inner membrane / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella variabilis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Sorigue, D. / Gotthard, G. / Blangy, S. / Nurizzo, D. / Royant, A. / Beisson, F. / Arnoux, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism and dynamics of fatty acid photodecarboxylase.
著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, ...

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ys2.cif.gz	137.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ys2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ys2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yruSC 6yrvC 6yrxC 6yrzC 6ys1C 6zh7C 7av4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z14-4 6yrz-d 3ljp-1 6zh7-2 4h7u-d 4mjw-2 3ljp-2 5k41-d 3nne-8 2jbv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1775333 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

62.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.950, 60.820, 180.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fatty acid Photodecarboxylase 分子量: 61000.449 Da / 分子数: 1 / 変異: R451A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TC92
#2: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 4000 25-40%, Na citrate 100 mM, spermidine 10mM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→86 Å / Num. obs: 46463 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.848 % / B_iso Wilson estimate: 33.757 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 8.56

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.97-2.09	4.871	1.01	1.44	7384	0.568	1.131	99
2.09-2.23	4.719	0.698	2.12	6816	0.714	0.784	99.8
2.23-2.41	4.787	0.446	3.25	6536	0.874	0.499	99.1
2.41-2.64	5.08	0.308	4.9	6061	0.937	0.343	99.7
2.64-2.95	4.929	0.194	7.43	5470	0.974	0.217	99.5
2.95-3.41	4.98	0.112	12.35	4909	0.991	0.125	99.9
3.41-4.17	4.842	0.061	20.3	4114	0.997	0.068	99.5
4.17-5.87	4.789	0.046	25.53	3258	0.998	0.051	99.6
5.87-86	4.24	0.042	27.96	1915	0.998	0.047	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YRU

6yru

解像度: 1.97→49.375 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.737 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2287	2425	5.22 %
R_work	0.182	-	-
all	0.184	-	-
obs	-	46460	99.448 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.043 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.225 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.164 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.061 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→49.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4192	0	93	314	4599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4393
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.642	5951
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.332	1.574	9457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.718	5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.659	21.737	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.028	15	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.682	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4975
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.09	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.552	3.399	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.544	3.398	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.551	5.087	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.552	5.089	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.054	3.609	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.054	3.61	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.611	5.3	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.61	5.299	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.57	40.337	4987
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.496	40.143	4922

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.021	0.34	185	0.305	3134	X-RAY DIFFRACTION	98.2825
2.021-2.077	0.328	154	0.274	3157	X-RAY DIFFRACTION	99.8793
2.077-2.137	0.258	167	0.251	3048	X-RAY DIFFRACTION	99.9689
2.137-2.203	0.279	137	0.247	2974	X-RAY DIFFRACTION	99.6477
2.203-2.275	0.261	154	0.23	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.7719
2.275-2.355	0.259	148	0.214	2770	X-RAY DIFFRACTION	98.4813
2.355-2.443	0.252	182	0.196	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.7182
2.443-2.543	0.217	153	0.177	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.7457
2.543-2.656	0.265	139	0.179	2507	X-RAY DIFFRACTION	99.661
2.656-2.786	0.219	130	0.182	2374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.786-2.936	0.229	138	0.179	2272	X-RAY DIFFRACTION	99.3814
2.936-3.114	0.264	131	0.193	2138	X-RAY DIFFRACTION	99.4739
3.114-3.329	0.23	108	0.179	2037	X-RAY DIFFRACTION	99.8603
3.329-3.595	0.209	109	0.177	1906	X-RAY DIFFRACTION	99.9008
3.595-3.938	0.189	103	0.152	1747	X-RAY DIFFRACTION	99.4624
3.938-4.401	0.185	79	0.139	1605	X-RAY DIFFRACTION	99.2339
4.401-5.08	0.159	61	0.128	1454	X-RAY DIFFRACTION	99.5401
5.08-6.217	0.219	53	0.156	1232	X-RAY DIFFRACTION	99.6897
6.217-8.771	0.226	57	0.15	967	X-RAY DIFFRACTION	99.1288
8.771-49	0.199	37	0.171	563	X-RAY DIFFRACTION	96.6184

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)