PDB-6yrz: Crystal structure of FAP et pH 8.5 after illumination at 150K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yrz

タイトル

Crystal structure of FAP et pH 8.5 after illumination at 150K

要素

Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / GMC fold

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid photodecarboxylase / choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial inner membrane / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella variabilis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.824 Å

データ登録者

Sorigue, D. / Legrand, P. / Blangy, S. / Beisson, F. / Arnoux, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism and dynamics of fatty acid photodecarboxylase.
著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, ...

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yrz.cif.gz	141.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yrz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yrz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yruSC 6yrvC 6yrxC 6ys1C 6ys2C 6zh7C 7av4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ys2-d 6zh7-2 7av4-d 6zh7-1 6yrx-d 5l9y-d 4mjw-2 5guw-1 4f7b-4 2a8j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1775333 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic

ヘテロ分子

62.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.470, 104.560, 156.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic / CvFAP 分子量: 61086.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (植物) / 遺伝子: FAP, CHLNCDRAFT_28598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A248QE08, fatty acid photodecarboxylase

-
非ポリマー , 6種, 445分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PJ8 / heptadecane / ヘプタデカン分子量: 240.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂
#5: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000 25-40%, Na citrate 100 mM, spermidine 10mM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→87 Å / Num. obs: 66267 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.518 % / B_iso Wilson estimate: 37.236 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 1.188 / Net I/σ(I): 18.38

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.82-1.93	13.489	1.038	2.09	10478	0.816	1.078	98.2
1.93-2.07	13.356	0.615	3.79	9959	0.929	0.639	100
2.07-2.23	13.738	0.361	6.84	9361	0.973	0.375	100
2.23-2.45	14.226	0.214	11.37	8606	0.991	0.222	100
2.45-2.73	13.801	0.143	16.98	7750	0.996	0.149	100
2.73-3.15	13.095	0.092	26.13	6923	0.998	0.096	100
3.15-3.86	13.653	0.056	44.53	5898	0.999	0.058	100
3.86-5.44	12.643	0.044	56.62	4614	0.999	0.046	100
5.44-87	12.671	0.036	59.83	2678	0.999	0.038	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YRU

6yru

解像度: 1.824→46.819 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.182 / WR_factor R_work: 0.152 / SU B: 2.564 / SU ML: 0.074 / Average fsc free: 0.9205 / Average fsc work: 0.931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	3312	4.998 %
R_work	0.1583	62955	-
all	0.16	-	-
obs	-	66267	99.666 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.011 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.024 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.824→46.819 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4216	0	109	440	4765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.728	1.645	6007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.465	1.589	9536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.397	5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.17	21.455	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.923	15	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.822	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.215	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.285	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.311	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.975	3.362	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.973	3.36	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.632	5.024	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.632	5.027	2824
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.947	3.704	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.946	3.705	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.756	5.387	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.755	5.388	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.887	40.667	5029
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.784	40.082	4921

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.824-1.871	0.363	232	0.345	4479	X-RAY DIFFRACTION	95.947
1.871-1.922	0.331	230	0.283	4503	X-RAY DIFFRACTION	100
1.922-1.978	0.277	229	0.235	4367	X-RAY DIFFRACTION	100
1.978-2.039	0.231	226	0.203	4247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.039-2.106	0.209	216	0.178	4151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.106-2.18	0.202	207	0.168	4008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.262	0.214	208	0.156	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.262-2.354	0.207	199	0.157	3691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.354-2.459	0.178	207	0.14	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.579	0.193	169	0.144	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.579-2.718	0.179	192	0.139	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.718-2.883	0.186	170	0.144	3113	X-RAY DIFFRACTION	99.9696
2.883-3.081	0.192	132	0.151	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
3.081-3.328	0.201	151	0.17	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.328-3.645	0.182	139	0.165	2503	X-RAY DIFFRACTION	99.9622
3.645-4.074	0.172	102	0.145	2296	X-RAY DIFFRACTION	100
4.074-4.703	0.125	103	0.115	2034	X-RAY DIFFRACTION	100
4.703-5.756	0.164	76	0.134	1736	X-RAY DIFFRACTION	100
5.756-8.122	0.181	79	0.166	1359	X-RAY DIFFRACTION	99.9305
8.122-46.8	0.171	45	0.179	797	X-RAY DIFFRACTION	99.1755

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 6種, 445分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-非ポリマー , 6種, 445分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 6種, 445分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)