PDB-6yrv: Crystal structure of FAP after illumination at 100K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yrv

タイトル

Crystal structure of FAP after illumination at 100K

要素

Fatty acid Photodecarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / GMC fold

機能・相同性

機能・相同性情報

choline dehydrogenase activity /

fatty acid photodecarboxylase / glycine betaine biosynthetic process from choline /

葉緑体 /

flavin adenine dinucleotide binding /

ミトコンドリア内膜 /

lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella variabilis (クロレラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Sorigue, D. / Gotthard, G. / Blangy, S. / Nurizzo, D. / Royant, A. / Beisson, F. / Arnoux, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism and dynamics of fatty acid photodecarboxylase.
著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, ...

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yrv.cif.gz	143.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yrv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yrv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yruSC 6yrxC 6yrzC 6ys1C 6ys2C 6zh7C 7av4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yru-d 6ys1-d 4o0c-d 4o48-d 4lvu-d 4pu6-d 4osy-d 4osx-d 3rro-d 6jbw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1775333 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

62.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.960, 103.860, 156.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Fatty acid Photodecarboxylase / 分子量: 61086.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (クロレラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TC92

-
非ポリマー , 5種, 528分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PJ8 / heptadecane / ヘプタデカン / ヘプタデカン分子量: 240.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素 / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂
#5: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸 / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.12 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 4000 25-40%, Na citrate 100 mM, spermidine 10mM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97372 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97372 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→86.5 Å / Num. obs: 54600 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.585 % / B_iso Wilson estimate: 34.131 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 11.62

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.94-1.99	6.525	0.78	2.23	3961	0.724	0.849	100
1.99-2.04	6.817	0.638	2.94	3924	0.845	0.691	100
2.04-2.1	6.695	0.522	3.7	3761	0.9	0.568	100
2.1-2.17	6.596	0.441	4.38	3728	0.927	0.48	100
2.17-2.24	6.317	0.37	5.22	3532	0.941	0.404	99.9
2.24-2.32	6.47	0.312	6.13	3482	0.966	0.339	100
2.32-2.4	6.892	0.262	7.57	3329	0.973	0.284	100
2.4-2.5	6.87	0.23	8.58	3233	0.979	0.249	100
2.5-2.61	6.725	0.201	9.65	3079	0.983	0.218	100
2.61-2.74	6.339	0.177	10.73	2980	0.983	0.193	100
2.74-2.89	6.679	0.147	13	2815	0.989	0.16	100
2.89-3.06	6.847	0.121	15.38	2668	0.993	0.131	100
3.06-3.28	6.675	0.096	18.63	2510	0.994	0.104	100
3.28-3.54	6.284	0.077	21.67	2338	0.995	0.084	99.9
3.54-3.88	6.421	0.065	24.66	2184	0.996	0.071	99.9
3.88-4.33	6.611	0.057	27.61	1973	0.997	0.062	99.8
4.33-5	6.352	0.05	28.83	1751	0.997	0.055	99.8
5-6.13	6.227	0.052	26.72	1486	0.998	0.057	99.9
6.13-8.67	6.468	0.045	29.16	1182	0.998	0.049	100
8.67-86	5.804	0.033	31.65	684	0.999	0.036	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YRU

6yru

解像度: 1.94→86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.572 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	2828	5.193 %
R_work	0.1651	-	-
all	0.167	-	-
obs	-	54459	99.96 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.774 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.984 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.631 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.615 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4267	0	93	524	4884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4450
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.697	1.648	6034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.443	1.602	9539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.441	5	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.16	21.667	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.333	15	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.441	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5069
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.29	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.452	2.955	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.45	2.954	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.372	4.422	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.372	4.423	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.416	3.207	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.416	3.208	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.02	4.68	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.02	4.681	3173
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.909	36.828	5246
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.39	36.029	5085

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.94-1.99	0.292	227	0.261	3764	0.263	3991	0.825	0.849	100	0.257
1.99-2.045	0.3	205	0.24	3688	0.243	3894	0.852	0.869	99.9743	0.236
2.045-2.104	0.267	185	0.215	3562	0.217	3747	0.867	0.892	100	0.206
2.104-2.169	0.225	183	0.196	3520	0.198	3703	0.888	0.905	100	0.183
2.169-2.24	0.246	183	0.199	3340	0.201	3525	0.874	0.897	99.9433	0.184
2.24-2.318	0.248	210	0.186	3258	0.19	3468	0.891	0.908	100	0.168
2.318-2.406	0.208	169	0.178	3158	0.179	3327	0.912	0.923	100	0.157
2.406-2.504	0.224	180	0.17	3030	0.173	3211	0.925	0.929	99.9689	0.144
2.504-2.615	0.203	135	0.165	2931	0.166	3066	0.936	0.94	100	0.138
2.615-2.743	0.241	156	0.167	2809	0.171	2966	0.915	0.939	99.9663	0.143
2.743-2.891	0.179	141	0.154	2669	0.155	2811	0.95	0.957	99.9644	0.132
2.891-3.066	0.228	141	0.176	2518	0.179	2660	0.935	0.944	99.9624	0.159
3.066-3.278	0.224	128	0.17	2372	0.173	2500	0.946	0.956	100	0.162
3.278-3.54	0.175	121	0.165	2208	0.166	2332	0.97	0.966	99.8714	0.161
3.54-3.877	0.189	119	0.143	2061	0.145	2182	0.958	0.974	99.9083	0.144
3.877-4.334	0.155	88	0.123	1887	0.125	1979	0.972	0.977	99.7979	0.131
4.334-5.002	0.161	89	0.117	1655	0.12	1747	0.972	0.982	99.8283	0.129
5.002-6.121	0.176	66	0.153	1421	0.154	1488	0.975	0.978	99.9328	0.16
6.121-8.635	0.178	66	0.152	1110	0.154	1176	0.957	0.971	100	0.164
8.635-86.503	0.131	35	0.186	658	0.183	695	0.977	0.962	99.7122	0.227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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