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- PDB-6yrf: Vip3Bc1 tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yrf
タイトルVip3Bc1 tetramer
要素Vegetative insecticidal protein
キーワードTOXIN / Vip3 / Bt toxin
機能・相同性Vegetative insecticide protein 3 / Vegetative insecticide protein 3A N terminal / Vegetative insecticidal protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Thompson, R.F. / Byrne, M.J. / Iadanza, M.I. / Arribas Perez, M. / Maskell, D.P. / George, R.M. / Hesketh, E.L. / Beales, P.A. / Zack, M.D. / Berry, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of an insecticidal Bt toxin reveal its mechanism of action on the membrane.
著者: Matthew J Byrne / Matthew G Iadanza / Marcos Arribas Perez / Daniel P Maskell / Rachel M George / Emma L Hesketh / Paul A Beales / Marc D Zack / Colin Berry / Rebecca F Thompson /
要旨: Insect pests are a major cause of crop losses worldwide, with an estimated economic cost of $470 billion annually. Biotechnological tools have been introduced to control such insects without the need ...Insect pests are a major cause of crop losses worldwide, with an estimated economic cost of $470 billion annually. Biotechnological tools have been introduced to control such insects without the need for chemical pesticides; for instance, the development of transgenic plants harbouring genes encoding insecticidal proteins. The Vip3 (vegetative insecticidal protein 3) family proteins from Bacillus thuringiensis convey toxicity to species within the Lepidoptera, and have wide potential applications in commercial agriculture. Vip3 proteins are proposed to exert their insecticidal activity through pore formation, though to date there is no mechanistic description of how this occurs on the membrane. Here we present cryo-EM structures of a Vip3 family toxin in both inactive and activated forms in conjunction with structural and functional data on toxin-membrane interactions. Together these data demonstrate that activated Vip3Bc1 complex is able to insert into membranes in a highly efficient manner, indicating that receptor binding is the likely driver of Vip3 specificity.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10888
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vegetative insecticidal protein
B: Vegetative insecticidal protein
C: Vegetative insecticidal protein
D: Vegetative insecticidal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,1494
ポリマ－365,1494
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16340 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area126330 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Vegetative insecticidal protein


分子量: 91287.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: vip3Bc1 / 発現宿主: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 参照: UniProt: A0A290WPI2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetrameric assembly of Vip3Bc1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus thuringiensis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 76.7 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1414999 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 149.98 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00625268
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72534176
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.0683316
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463884
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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