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- PDB-6yrb: Crystal structure of the tetramerization domain of the glycoprote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yrb
タイトルCrystal structure of the tetramerization domain of the glycoprotein Gn (Andes virus) at pH 7.5
要素
  • Envelope polyprotein
  • RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / class-II fusion protein hantavirus bunyavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / RNA / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Andes orthohantavirus (ウイルス)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.351 Å
データ登録者Serris, A. / Rey, F.A. / Guardado-Calvo, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-18-CE11-0011 フランス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: The Hantavirus Surface Glycoprotein Lattice and Its Fusion Control Mechanism.
著者: Alexandra Serris / Robert Stass / Eduardo A Bignon / Nicolás A Muena / Jean-Claude Manuguerra / Rohit K Jangra / Sai Li / Kartik Chandran / Nicole D Tischler / Juha T Huiskonen / Felix A Rey ...著者: Alexandra Serris / Robert Stass / Eduardo A Bignon / Nicolás A Muena / Jean-Claude Manuguerra / Rohit K Jangra / Sai Li / Kartik Chandran / Nicole D Tischler / Juha T Huiskonen / Felix A Rey / Pablo Guardado-Calvo /
要旨: Hantaviruses are rodent-borne viruses causing serious zoonotic outbreaks worldwide for which no treatment is available. Hantavirus particles are pleomorphic and display a characteristic square ...Hantaviruses are rodent-borne viruses causing serious zoonotic outbreaks worldwide for which no treatment is available. Hantavirus particles are pleomorphic and display a characteristic square surface lattice. The envelope glycoproteins Gn and Gc form heterodimers that further assemble into tetrameric spikes, the lattice building blocks. The glycoproteins, which are the sole targets of neutralizing antibodies, drive virus entry via receptor-mediated endocytosis and endosomal membrane fusion. Here we describe the high-resolution X-ray structures of the heterodimer of Gc and the Gn head and of the homotetrameric Gn base. Docking them into an 11.4-Å-resolution cryoelectron tomography map of the hantavirus surface accounted for the complete extramembrane portion of the viral glycoprotein shell and allowed a detailed description of the surface organization of these pleomorphic virions. Our results, which further revealed a built-in mechanism controlling Gc membrane insertion for fusion, pave the way for immunogen design to protect against pathogenic hantaviruses.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope polyprotein
B: Envelope polyprotein
C: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
D: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,43811
ポリマ－34,9444
非ポリマー1,4947
水99155
1
A: Envelope polyprotein
C: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
D: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
ヘテロ分子

A: Envelope polyprotein
C: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
D: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
ヘテロ分子

A: Envelope polyprotein
C: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
D: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
ヘテロ分子

A: Envelope polyprotein
C: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
D: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
ヘテロ分子

B: Envelope polyprotein
C: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
D: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
ヘテロ分子

B: Envelope polyprotein
C: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
D: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
ヘテロ分子

B: Envelope polyprotein
C: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
D: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
ヘテロ分子

B: Envelope polyprotein
C: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
D: RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,00752
ポリマ－152,03124
非ポリマー5,97628
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z+1/21
crystal symmetry operation6_455-x-1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_555-y+1/2,x+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_445y-1/2,-x-1/2,z+1/21
Buried area25990 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area35540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.854, 67.854, 121.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Envelope polyprotein / M polyprotein


分子量: 15939.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Andes orthohantavirus (ウイルス) / 遺伝子: M, ADT63_77597gpM, ADT63_77598gpM
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9E006
#2: RNA鎖 RNA (5'-D(*())-R(P*UP*UP*UP*())-3')


分子量: 1531.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Hepes 7.5, 35% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→37.7 Å / Num. obs: 11445 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 114803 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.35-2.439.71.2941050110800.4550.4351.3661.796.4
9.1-37.79.80.14120552100.9860.0480.14915.799

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
SHELXDE位相決定
PHENIX1.14rc3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.351→37.699 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 570 4.98 %
Rwork0.226 10874 -
obs0.228 11444 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.69 Å2 / Biso mean: 47.7928 Å2 / Biso min: 22.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.351→37.699 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 130 55 55 1738
Biso mean--76.18 43.13 -
残基数----209
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.351-2.5870.34231260.2982269199
2.587-2.96120.32231280.26422723100
2.9612-3.73030.25991790.21192695100
3.7303-37.6990.24121370.20892765100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0394-0.75910.31997.115-2.85071.14040.0815-0.38530.0914-1.25890.33080.74221.5888-0.1120.05720.43780.02640.0230.38960.0140.34433.539510.4266-21.6013
22.5718-2.1524-1.32231.91581.05921.0690.83330.22410.642-0.1544-0.8435-0.0425-0.2914-0.35120.42170.3912-0.12860.0040.45090.01880.26832.689815.3152-33.6715
31.4391-1.0444-0.0380.62820.0584-0.02860.03270.0397-0.1417-0.0556-0.0745-0.0441-0.1077-0.1566-0.00020.3508-0.01210.05580.37540.00540.34918.499310.7081-28.2786
40.61560.6558-1.30620.0391-0.60311.5538-0.1222-0.1015-0.116-0.2042-0.0738-0.4367-0.1080.3453-0.06870.3043-0.01450.03990.30890.0290.322-0.857413.3721-15.3295
50.4181.17880.12294.29011.7591.7306-0.05090.4281.04380.93920.07291.37910.71660.39360.02070.4530.0785-0.03140.45660.00660.4332-8.959417.0994-6.4804
61.977-0.76-0.64520.8110.50820.284-0.2069-0.712-0.45140.66860.3531-0.1809-0.0292-0.31980.00050.5162-0.0340.02140.4716-0.01590.4485-21.045132.7714-31.9908
72.71750.6196-0.06263.2455-0.17655.09350.3696-0.90350.62171.60860.95830.23130.16230.44552.23420.4902-0.00440.03550.4542-0.1770.4007-18.773842.6948-28.1853
80.2047-0.39420.03560.8013-0.15980.0240.0855-0.1666-0.3523-0.2529-0.25-0.45970.02070.3695-0.07890.36230.0082-0.05830.3599-0.00950.4305-22.032139.1454-33.6743
90.6538-0.51330.08231.47460.7590.548-0.29080.22920.3664-0.35510.0108-0.0536-0.37510.52160.00010.4261-0.0013-0.0420.39670.02080.406-18.138433.3924-42.0303
100.28380.30910.20710.28890.41580.7458-0.22570.27670.2380.17230.1357-0.11830.4306-0.138800.61090.0454-0.04330.5042-0.08270.4268-24.253621.1607-54.373
110.41080.1197-0.1060.33020.20970.2342-0.3025-0.2289-0.34830.72530.53-1.15150.33541.8501-0.05160.52540.0831-0.15990.6134-0.05120.5266-14.785827.5844-41.109
120.8313-0.00460.45170.1586-0.06550.2740.2146-0.54341.41730.90920.17830.602-1.3932-0.73460.01170.65780.06290.17050.44480.00470.5839-2.424120.1774-19.0684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 379:392)A379 - 392
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 393:407)A393 - 407
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 408:433)A408 - 433
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 434:468)A434 - 468
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 469:483)A469 - 483
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 379:402)B379 - 402
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 403:413)B403 - 413
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 419:433)B419 - 433
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 434:461)B434 - 461
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 462:482)B462 - 482
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 0:4)C0 - 4
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 0:4)D0 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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