PDB-6yqs: BRD9 with methylpiperazinyl-benzyl-amino-dimethylpyridazinone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yqs

タイトル

BRD9 with methylpiperazinyl-benzyl-amino-dimethylpyridazinone

要素

Bromodomain-containing protein 9

キーワード

TRANSCRIPTION / BRD9 / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.683 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Application of Atypical Acetyl-lysine Methyl Mimetics in the Development of Selective Inhibitors of the Bromodomain-Containing Protein 7 (BRD7)/Bromodomain-Containing Protein 9 (BRD9) Bromodomains.
著者: Clegg, M.A. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Gordon, L. / Grandi, P. / Leveridge, M. / Lindon, M. / Liwicki, G.M. / Michon, A.M. / Molnar, J. / Rioja, I. / Soden, P.E. / ...

履歴

登録	2020年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yqs.cif.gz	42.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yqs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yqs_validation.pdf.gz	692.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yqs_full_validation.pdf.gz	692.3 KB	表示
XML形式データ	6yqs_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	6yqs_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yqrC 6yqwC 6yqzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i7y-d 6yqw-d 5i7x-d 6v14-d 6hbb-1 6yqr-d 4uiu-d 4uiw-d 5mky-d 4uit-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 9

ヘテロ分子

12.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.589, 33.867, 39.523
Angle α, β, γ (deg.)	70.260, 76.310, 72.900
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8 分子量: 12228.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 2,4-dimethyl-5-((2-(4-methylpiperazin-1-yl)benzyl)amino)pyridazin-3(2H)-one 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物	ChemComp-P8Z / 2,4-dimethyl-5-[[2-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]methylamino]pyridazin-3-one / dimethyl-methylpiperazinyl-benzyl-aminopyridazinone 分子量: 327.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₅N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.03M NaF, 0.03M NaI, 0.03M NaBr, 0.10M morpheus buffer 3 (1M pH 8.5), 37.5% morpheus MPD_P1K_3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.541 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→36.77 Å / Num. obs: 11735 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.017 / Net I/σ(I): 40.2
反射シェル	解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.032 / Mean I/σ(I) obs: 20.6 / Num. unique obs: 1602 / % possible all: 84.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.683→28.015 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 1.664 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2007	573	4.905 %
R_work	0.1556	-	-
all	0.158	-	-
obs	-	11682	90.882 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.389 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.461 Å²	-0.352 Å²	0.294 Å²
2-	-	0.258 Å²	-0.557 Å²
3-	-	-	-0.218 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.683→28.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	821	0	24	204	1049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	881
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	837
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.221	1.652	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.302	1.622	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.151	5	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.643	22.75	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.418	15	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.317	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.591	2.251	407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.585	2.241	406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.508	5.046	508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.506	5.063	509
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.23	2.562	474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.228	2.561	475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.555	5.575	678
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.553	5.574	679
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.422	23.542	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.419	23.541	1131

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.683-1.727	0.164	36	0.147	730	0.147	944	0.97	0.969	81.1441	0.127
1.727-1.774	0.258	35	0.166	782	0.169	946	0.907	0.955	86.3636	0.152
1.774-1.825	0.204	40	0.166	740	0.168	885	0.921	0.948	88.1356	0.156
1.825-1.881	0.193	40	0.177	781	0.178	914	0.944	0.944	89.8249	0.168
1.881-1.943	0.264	34	0.168	669	0.172	789	0.915	0.944	89.1001	0.161
1.943-2.011	0.207	37	0.177	701	0.179	826	0.94	0.947	89.3462	0.179
2.011-2.086	0.213	40	0.158	688	0.161	798	0.932	0.956	91.2281	0.159
2.086-2.171	0.191	39	0.152	643	0.155	754	0.946	0.958	90.4509	0.157
2.171-2.267	0.213	29	0.159	645	0.161	734	0.938	0.955	91.8256	0.168
2.267-2.377	0.24	29	0.15	597	0.154	691	0.937	0.956	90.5933	0.163
2.377-2.504	0.216	34	0.16	587	0.163	669	0.933	0.956	92.8251	0.175
2.504-2.655	0.23	36	0.153	544	0.158	620	0.938	0.956	93.5484	0.165
2.655-2.836	0.213	26	0.138	539	0.141	602	0.948	0.965	93.8538	0.159
2.836-3.061	0.137	18	0.139	501	0.139	550	0.967	0.964	94.3636	0.158
3.061-3.349	0.138	24	0.148	450	0.148	494	0.966	0.962	95.9514	0.174
3.349-3.738	0.173	26	0.136	417	0.138	461	0.954	0.97	96.0954	0.164
3.738-4.303	0.219	26	0.141	376	0.145	410	0.938	0.97	98.0488	0.169
4.303-5.239	0.194	10	0.155	319	0.156	340	0.94	0.965	96.7647	0.191
5.239-7.283	0.189	10	0.197	250	0.196	267	0.96	0.937	97.3783	0.224
7.283-28.015	0.22	4	0.216	150	0.216	158	0.949	0.934	97.4684	0.269

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)