PDB-6yqq: ForT-PRPP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yqq

タイトル

ForT-PRPP complex

要素

ForT-PRPP complex

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / C-glycosidic bond

機能・相同性

機能・相同性情報

kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Naismith, J.H. / Gao, S.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Uncovering the chemistry of C-C bond formation in C-nucleoside biosynthesis: crystal structure of a C-glycoside synthase/PRPP complex.
著者: Gao, S. / Radadiya, A. / Li, W. / Liu, H. / Zhu, W. / de Crecy-Lagard, V. / Richards, N.G.J. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2020年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2020年12月2日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2021年6月30日	Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / struct_ref / struct_ref_seq Item: _entity.src_method / _struct_ref.db_code ..._entity.src_method / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yqq.cif.gz	137.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yqq.ent.gz	107.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yqq_validation.pdf.gz	633.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yqq_full_validation.pdf.gz	636.9 KB	表示
XML形式データ	6yqq_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	6yqq_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1gzv-d 6i22-d 3m5p-d 2gna-d 3ljk-d 2wqz-2 6ohb-2 2gn4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ForT-PRPP complex

ヘテロ分子

37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ForT-PRPP complex

ヘテロ分子

A: ForT-PRPP complex

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
74.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.084, 81.084, 110.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- CL

#1: タンパク質

ForT-PRPP complex / ForT-PRPP complex / Beta-ribofuranosylaminobenzene 5'-phosphate synthase

分子量: 36627.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)
遺伝子: cof6, F7Q99_03185 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5S9CYM0

#2: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 糖

ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP

タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: potassium dihydrogen phosphate, glycerol, PEG 8000, Bis-tris Propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→110.98 Å / Num. obs: 22946 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / Num. unique obs: 1102 / CC_1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		data processing
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: an undeposited protein

解像度: 2.5→65.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 30.1 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.517 / ESU R Free: 0.295
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2653	670	5 %	RANDOM
R_work	0.2252	-	-	-
obs	0.2273	12700	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.05 Å² / B_iso mean: 112.925 Å² / B_iso min: 69.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.74 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→65.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2400	0	24	6	2430
B_iso mean	-	-	96.89	72.11	-
残基数	-	-	-	-	320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.018	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.129	1.876	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.995	2.934	5272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.925	5	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.129	22.547	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.738	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.901	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.464	52	-
R_work	0.415	896	-
all	-	948	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2158	0.3784	-1.1752	1.1898	0.4723	4.3516	0.1599	0.1328	0.5736	-0.2372	0.1569	0.3435	-0.9931	-0.834	-0.3168	0.4021	0.136	-0.0181	0.3045	0.0856	0.2578	-12.771	14.438	9.65
2	7.9806	2.1852	3.6976	4.5025	0.9704	7.8964	-0.0951	0.1143	0.459	-0.2297	0.0868	0.6384	-0.3886	-1.2834	0.0083	0.2842	0.2469	-0.0312	0.4151	0.0504	0.2187	-22.979	14.92	7.991
3	11.7324	-3.639	0.847	1.779	2.281	10.1773	0.3735	0.587	0.4401	-0.3537	-0.2803	-0.1776	-0.8955	-0.6478	-0.0932	0.5937	0.0765	-0.0697	0.6325	0.0781	0.2021	-13.76	12.665	0.508
4	1.8582	0.1284	-0.5992	1.2664	0.1833	5.2528	0.1152	-0.0215	0.2668	-0.1753	0.0245	0.0519	-1.1438	0.2313	-0.1397	0.328	-0.0867	0.0275	0.0779	-0.0259	0.0476	2.548	15.184	14.215

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	122 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	148 - 341

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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