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- PDB-2gn4: Crystal structure of UDP-GlcNAc inverting 4,6-dehydratase in comp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2gn4 | ||||||
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Title | Crystal structure of UDP-GlcNAc inverting 4,6-dehydratase in complex with NADPH and UDP-GlcNAc | ||||||
![]() | UDP-GlcNAc C6 dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / Rossmann fold / TYK triad / SDR / enzyme / dehydratase / UDP-GlcNAc / NADP / NADPH | ||||||
Function / homology | ![]() UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (configuration-inverting) / lyase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Studies of FlaA1 from Helicobacter pylori Reveal the Mechanism for Inverting 4,6-Dehydratase Activity. Authors: Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Miller, W.L. / Demendi, M. / Anderson, E.M. / Harauz, G. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 121.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2gn6C ![]() 2gn8C ![]() 2gn9C ![]() 2gnaC ![]() 1sb8S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a hexamer generated from the two protomers in the asymmetric unit by the operations:(-Y,X-Y,Z) and (-X+Y,-X,Z) |
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Components
#1: Protein | Mass: 38724.711 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O25511, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Hydro-lyases #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 10% (v/v) PEG-200, 100 mM MES, 5% (v/w) PEG-3000, 4% (v/v) acetone, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Mar 31, 2004 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 57284 / % possible obs: 95.7 % / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 16 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / % possible obs: 87.5 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Num. unique obs: 5267 / Χ2: 0.93 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 1sb8 Resolution: 1.9→50 Å / FOM work R set: 0.846 / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 55.428 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.283 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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