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Yorodumi- PDB-2gna: Crystal structure of UDP-GlcNAc inverting 4,6-dehydratase in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2gna | ||||||
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Title | Crystal structure of UDP-GlcNAc inverting 4,6-dehydratase in complex with NADP and UDP-Gal | ||||||
Components | UDP-GlcNAc C6 dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / Rossmann fold / TYK triad / SDR / enzyme / dehydratase / UDP-GlcNAc / NADP | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (configuration-inverting) / lyase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2006 Title: Structural Studies of FlaA1 from Helicobacter pylori Reveal the Mechanism for Inverting 4,6-Dehydratase Activity. Authors: Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Miller, W.L. / Demendi, M. / Anderson, E.M. / Harauz, G. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2gna.cif.gz | 150.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2gna.ent.gz | 116.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2gna.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2gna_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2gna_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 2gna_validation.xml.gz | 31.6 KB | Display | |
Data in CIF | 2gna_validation.cif.gz | 42.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/2gna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/2gna | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2gn4C 2gn6C 2gn8C 2gn9C 1sb8S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a hexamer generated from the two protomers in the asymmetric unit by the operations:(-Y,X-Y,Z) and (-X+Y,-X,Z) |
-Components
#1: Protein | Mass: 38724.711 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (bacteria) / Strain: NP_207633.1 / Gene: HP0840 / Plasmid: pET23 derivative / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS References: UniProt: O25511, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Hydro-lyases #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MES / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 10% (v/v) PEG-200, 100 mM MES, 5% (v/w) PEG-3000, 4% (v/v) acetone, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X8C / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Mar 19, 2003 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 23646 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.69 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Num. unique obs: 2349 / Χ2: 0.98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 1sb8 Resolution: 2.6→50 Å / FOM work R set: 0.84 / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 49.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.636 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 45
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Xplor file |
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