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- PDB-6yq4: Crystal structure of Fusobacterium nucleatum tannase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yq4
タイトルCrystal structure of Fusobacterium nucleatum tannase
要素Tannase
キーワードHYDROLASE / Tannase / Colorectal Cancer / Pathogen / Gallotannins
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold / SPERMIDINE / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Mancheno, J.M. / Anguita, J. / Rodriguez, H.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSAF2015-65327 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRTI2018-096494-B-100 スペイン
引用ジャーナル: Microb Biotechnol / 年: 2022
タイトル: A structurally unique Fusobacterium nucleatum tannase provides detoxicant activity against gallotannins and pathogen resistance.
著者: Mancheno, J.M. / Atondo, E. / Tomas-Cortazar, J. / Luis Lavin, J. / Plaza-Vinuesa, L. / Martin-Ruiz, I. / Barriales, D. / Palacios, A. / Daniel Navo, C. / Sampedro, L. / Pena-Cearra, A. / ...著者: Mancheno, J.M. / Atondo, E. / Tomas-Cortazar, J. / Luis Lavin, J. / Plaza-Vinuesa, L. / Martin-Ruiz, I. / Barriales, D. / Palacios, A. / Daniel Navo, C. / Sampedro, L. / Pena-Cearra, A. / Angel Pascual-Itoiz, M. / Castelo, J. / Carreras-Gonzalez, A. / Castellana, D. / Pellon, A. / Delgado, S. / Ruas-Madiedo, P. / de Las Rivas, B. / Abecia, L. / Munoz, R. / Jimenez-Oses, G. / Anguita, J. / Rodriguez, H.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tannase
B: Tannase
C: Tannase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,04910
ポリマ－165,5553
非ポリマー4947
水7,332407
1
A: Tannase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3013
ポリマ－55,1851
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tannase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4474
ポリマ－55,1851
非ポリマー2623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tannase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3013
ポリマ－55,1851
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.840, 91.067, 124.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tannase


分子量: 55184.988 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
遺伝子: FN0616 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RFS1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 3350, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→47.791 Å / Num. obs: 60896 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.62 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.31
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / Num. unique obs: 6014 / CC1/2: 0.923 / % possible all: 98.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J0D

4j0d


解像度: 2.399→47.79 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 3103 5.1 %
Rwork0.1711 --
obs0.1752 60840 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.11 Å2 / Biso mean: 45.6597 Å2 / Biso min: 13.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.399→47.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11248 0 31 407 11686
Biso mean--42.8 39.23 -
残基数----1436
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.399-2.4360.36541310.2528254997
2.436-2.47590.33131570.2496264699
2.4759-2.51860.33891400.2394256999
2.5186-2.56440.3161330.2277263299
2.5644-2.61380.31441200.2117257998
2.6138-2.66710.31761380.2221261299
2.6671-2.72510.28541350.2132632100
2.7251-2.78850.30091380.211264899
2.7885-2.85820.28011540.2187259299
2.8582-2.93550.31161440.20832645100
2.9355-3.02180.30021340.192262699
3.0218-3.11930.27861320.1907265199
3.1193-3.23080.29971710.1926255999
3.2308-3.36010.26691380.1751260498
3.3601-3.5130.25591420.1656262199
3.513-3.69820.22951560.15542636100
3.6982-3.92980.26021310.15282657100
3.9298-4.2330.2061500.1391262899
4.233-4.65870.18131280.1196266199
4.6587-5.3320.19031610.1322259198
5.332-6.71480.2091420.1599266899
6.7148-47.790.20931280.1513273199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.69842.6911-0.63767.321-3.34943.37180.1123-0.2190.47770.2226-0.17090.2732-0.461-0.03340.03950.49720.0445-0.05440.2548-0.13740.3757-17.6563.1061-1.5523
21.63440.0330.30151.99260.35871.23790.0446-0.21520.2294-0.0001-0.14170.1011-0.1636-0.16260.07680.280.0211-0.01550.221-0.03710.1899-17.6159-13.3387-6.0048
33.5122-2.44611.43081.8726-0.5163.49190.09510.1069-0.09740.18280.0497-0.29190.05250.2286-0.2030.2627-0.01250.01950.21190.07250.1925-6.3642-34.2624-6.6488
41.5324-0.23850.15192.03150.38241.360.07660.0244-0.1163-0.1223-0.1271-0.05410.09810.03430.0750.26080.02-0.01610.18090.01680.1834-12.2732-28.4455-14.5839
52.168-1.8575-1.45028.02172.67375.2905-0.195-0.1791-0.00770.24080.0759-0.50950.88071.21440.06090.49210.24520.01560.79920.05830.2865-10.0147-37.4642-51.6785
61.1681-0.4327-0.86752.39560.03033.209-0.09480.15110.0581-0.19810.0334-0.21650.33030.50470.01610.33430.04190.03240.38540.03650.1793-21.3713-30.5472-52.3722
74.61860.3898-0.72441.92870.53125.17370.0398-0.2301-0.35430.12890.10030.33820.5253-0.7848-0.09970.41290.00450.04010.3744-0.02340.2086-45.0712-28.4093-37.3237
81.26970.1333-0.17771.47690.18233.159-0.03550.16830.0203-0.09760.00530.22640.3348-0.76850.05510.3762-0.0404-0.01960.44490.04250.223-43.3016-28.7582-48.5036
95.164-0.8245-0.32683.20480.98982.9049-0.17540.312-0.389-0.38020.2444-0.57920.18640.4272-0.11660.58210.11840.08690.4272-0.08650.329323.1766-84.6652-42.804
105.5831-1.5685-2.17112.95191.45371.3204-0.1499-0.240.6784-0.2110.2697-0.54040.11860.1961-0.13860.41140.09270.07420.3515-0.0060.306121.6072-72.8803-42.8642
111.8153-0.5765-0.32162.38710.6751.616-0.08740.26690.019-0.30530.01460.17120.1439-0.10810.06860.33520.0197-0.03970.3190.01090.16973.8071-70.3335-36.8928
122.2025-0.8068-0.09961.92560.33911.3832-0.14520.00940.23740.00230.1170.01260.0734-0.01030.03380.30170.0469-0.0460.25060.00310.21444.8842-60.9138-29.2238
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 58 )A5 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 239 )A59 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 279 )A240 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 280 through 494 )A280 - 494
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 58 )B5 - 58
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 59 through 211 )B59 - 211
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 212 through 279 )B212 - 279
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 280 through 494 )B280 - 494
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 5 through 81 )C5 - 81
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 82 through 114 )C82 - 114
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 115 through 279 )C115 - 279
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 280 through 494 )C280 - 494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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