PDB-6ypr: Human histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) refin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ypr

タイトル

Human histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) refined to 1.26 A in H32 space group

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / Nucleotide binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / steroid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / lipid catabolic process / mitochondrial outer membrane / hydrolase activity / mitochondrial matrix / nucleotide binding / apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Dolot, R.D. / Wlodarczyk, A. / Bujacz, G.D. / Nawrot, B.C.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Biochemical, crystallographic and biophysical characterization of histidine triad nucleotide-binding protein 2 with different ligands including a non-hydrolyzable analog of Ap4A.
著者: Dolot, R. / Krakowiak, A. / Kaczmarek, R. / Wlodarczyk, A. / Pichlak, M. / Nawrot, B.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2020年4月29日	ID: 4NJY
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ypr.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ypr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ypr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6ypr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6ypr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yi0C 6ypxC 6yqdC 6yqmC 6yvpC 3tw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nkq-4 3p9n-d 3vzl-4 3ppy-d 5hon-1 3vzj-4 1c5f-8 5hon-2 2mzu-d 3bo7-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

ヘテロ分子

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

ヘテロ分子

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.076, 72.076, 103.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial / HINT-2 / HINT-3 / HIT-17kDa / PKCI-1-related HIT protein 分子量: 17183.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT2 / プラスミド: pGAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BX68, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.8 M Na/K Tartrate, 0.1 M HEPES 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→36.043 Å / Num. obs: 28102 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 9.5 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.26→1.28 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1352 / CC_1/2: 0.685 / R_pim(I) all: 0.492 / R_rim(I) all: 0.815 / Χ²: 1.03 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.5.27	データスケーリング
MOLREP	11.4.06	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TW2

3tw2

解像度: 1.26→36.043 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.98 / SU B: 1.494 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1427	1375	4.893 %
R_work	0.1171	-	-
all	0.118	-	-
obs	-	28101	99.73 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.669 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.665 Å²	-0.333 Å²	0 Å²
2-	-	-0.665 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.159 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→36.043 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	756	0	18	84	858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	918
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.017	867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.077	1.637	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.611	1.576	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.33	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.908	23.913	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.131	15	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.379	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	806
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.906	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.403	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.342	1.019	443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.345	1.018	441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.68	1.54	573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.679	1.54	573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.354	1.551	472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.351	1.553	473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.856	2.154	684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.854	2.158	685
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.609	14.78	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.816	13.969	993
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	10.479	3	1781

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.26-1.293	0.252	115	0.23	1918	0.231	2038	0.908	0.882	99.7547	0.211
1.293-1.328	0.226	98	0.209	1913	0.21	2018	0.918	0.918	99.6531	0.186
1.328-1.367	0.202	99	0.185	1846	0.185	1952	0.918	0.934	99.6414	0.161
1.367-1.409	0.195	99	0.167	1784	0.168	1887	0.936	0.95	99.788	0.14
1.409-1.455	0.168	93	0.149	1746	0.15	1843	0.974	0.959	99.783	0.125
1.455-1.506	0.166	92	0.13	1698	0.132	1793	0.952	0.964	99.8327	0.108
1.506-1.562	0.144	79	0.114	1639	0.115	1721	0.967	0.976	99.8257	0.096
1.562-1.626	0.125	81	0.1	1565	0.101	1647	0.981	0.983	99.9393	0.086
1.626-1.698	0.126	84	0.093	1517	0.095	1602	0.98	0.984	99.9376	0.08
1.698-1.781	0.125	79	0.085	1443	0.087	1524	0.981	0.988	99.8688	0.076
1.781-1.877	0.12	71	0.084	1385	0.086	1457	0.985	0.989	99.9314	0.077
1.877-1.99	0.11	60	0.077	1321	0.078	1387	0.988	0.99	99.5674	0.072
1.99-2.127	0.112	70	0.087	1213	0.088	1287	0.984	0.987	99.6892	0.085
2.127-2.297	0.125	41	0.09	1169	0.091	1211	0.984	0.987	99.9174	0.09
2.297-2.515	0.125	45	0.094	1078	0.095	1123	0.983	0.988	100	0.097
2.515-2.811	0.121	43	0.101	969	0.102	1015	0.981	0.986	99.7044	0.106
2.811-3.242	0.142	59	0.117	848	0.119	910	0.974	0.979	99.6703	0.131
3.242-3.963	0.148	33	0.113	734	0.114	775	0.978	0.983	98.9677	0.133
3.963-5.571	0.12	18	0.131	590	0.131	612	0.985	0.984	99.3464	0.162
5.571-36.043	0.171	16	0.204	350	0.202	372	0.987	0.967	98.3871	0.244

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