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万見
- PDB-6yi0: Human histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) refin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yi0
タイトルHuman histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) refined to 1.65 A in P41212 space group
要素Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Nucleotide binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / steroid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / lipid catabolic process / mitochondrial outer membrane / hydrolase activity / mitochondrial matrix / nucleotide binding / apoptotic process ...加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / steroid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / lipid catabolic process / mitochondrial outer membrane / hydrolase activity / mitochondrial matrix / nucleotide binding / apoptotic process / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Dolot, R.D. / Wlodarczyk, A. / Bujacz, G.D. / Nawrot, B.C.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education (Poland)N N204 516139 ポーランド
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Biochemical, crystallographic and biophysical characterization of histidine triad nucleotide-binding protein 2 with different ligands including a non-hydrolyzable analog of Ap4A.
著者: Dolot, R. / Krakowiak, A. / Kaczmarek, R. / Wlodarczyk, A. / Pichlak, M. / Nawrot, B.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年4月29日ID: 4NJX
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
DDD: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
CCC: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7585
ポリマ－68,7354
非ポリマー231
水6,864381
1
AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3903
ポリマ－34,3672
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
2
DDD: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
CCC: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3672
ポリマ－34,3672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.945, 76.945, 140.454
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial / HINT-2 / HINT-3 / HIT-17kDa / PKCI-1-related HIT protein


分子量: 17183.725 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT2 / プラスミド: pGAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BX68, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% (v/v) ethylene glycol, 5% (w/v) PEG 3350, 20 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.82 Å / Num. obs: 51576 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.65-1.68111.0822.125050.820.4961.1910.96100
9.04-46.827.70.0436.23850.9990.0190.0440.9297.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless1.11.21データスケーリング
MOLREP11.7.01位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TW2

3tw2


解像度: 1.65→43.044 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.177 / SU B: 2.996 / SU ML: 0.096 / Average fsc free: 0.8628 / Average fsc work: 0.8764 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 2608 5.065 %
Rwork0.1845 48882 -
all0.187 --
obs-51490 99.957 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.062 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.569 Å20 Å20 Å2
2---1.569 Å20 Å2
3---3.138 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→43.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 1 381 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.6364808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.331.5747744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1895447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03623.444180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4115591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1571518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.23185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1540.21703
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.21497
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0670.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3530.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2570.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1760.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7573.3631758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7583.3621756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7035.0252215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7035.0252215
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9473.61760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9473.61760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3875.2992593
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3875.2992593
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.11240.8263959
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.02240.4433877
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.65-1.6930.3532120.32535320.32637440.4810.5221000.288
1.693-1.7390.2831960.29734290.29636250.7480.6981000.261
1.739-1.7890.2671900.2633860.2635760.8440.8161000.221
1.789-1.8440.2811730.24732620.24834370.8340.84699.94180.211
1.844-1.9050.2421540.21931920.2233460.8880.8941000.189
1.905-1.9720.2371660.20530820.20632480.9150.9191000.177
1.972-2.0460.2871710.20629490.2131200.8850.921000.183
2.046-2.1290.2761290.20329070.20630360.8930.9251000.178
2.129-2.2240.2141470.18527560.18629030.9370.941000.165
2.224-2.3320.2331320.17926530.18227850.9250.9431000.163
2.332-2.4570.2281420.17625120.17926540.9280.9421000.159
2.457-2.6060.2211430.18223800.18425230.930.9381000.168
2.606-2.7850.2391260.17322510.17623770.9350.9491000.163
2.785-3.0070.2341120.16221090.16522210.9440.9581000.155
3.007-3.2930.245750.16919830.17220580.9310.9561000.167
3.293-3.6790.212920.17317830.17518750.9530.9541000.18
3.679-4.2430.253830.1715950.17416780.9370.9561000.186
4.243-5.1840.172760.13913740.14114500.9650.9751000.161
5.184-7.2780.216550.17810840.1811390.9560.9621000.195
7.278-43.0440.205340.186640.1817140.960.96997.75910.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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