PDB-6yon: Crystal structure of Endoglucanase S127C/A165C from Penicillium v...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yon

タイトル

Crystal structure of Endoglucanase S127C/A165C from Penicillium verruculosum

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / ENDOHYDROLYSIS / CELLULOSE

機能・相同性

glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / cellulase

機能・相同性情報

生物種

Talaromyces verruculosus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Endoglucanase S127C/A165C from Penicillium verruculosum
著者: Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A.

履歴

登録	2020年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yon.cif.gz	242.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yon.ent.gz	197.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yon.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yon_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yon_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	6yon_validation.xml.gz	44.8 KB	表示
CIF形式データ	6yon_validation.cif.gz	61.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/6yon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/6yon	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i6sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tpc-1 5l9c-1 6t9g-3 5l9c-2 5i79-2 6t9g-4 1gzj-1 5i79-1 6t9g-1 6t9f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

C: Endoglucanase

D: Endoglucanase

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.500, 85.690, 91.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Endoglucanase

分子量: 34693.934 Da / 分子数: 4 / 変異: S127C/A165C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ANSKEVKKRASSFEWFGSNESGAEFGSGNIPGVEGTDYTFPNTTAIQILIDAGMNIFRVPFLMERMIPTEMTGSLDTAYF EGYSEVINYITGKGAHAVVDPHNFGRYYGTPISSTSDFQTFWSTLASQFKSNDLVIFDTNNEYHDMDESVVVALNQAAID ...
由来: (組換発現)

Talaromyces verruculosus (菌類) / 発現宿主:

Penicillium canescens (菌類) / 参照: UniProt: A0A1U7Q1U3

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpN]{[(2+1)][ethyl]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 6000,Bis-Tris-Propane, MPD, tert-butanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.978565037251 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978565037251 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.384
1	1	-h,-k,l	2	0.616

反射

解像度: 2.4→49.34 Å / Num. obs: 48284 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 4.08 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 5.15

反射シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Num. unique obs: 3354 / CC_1/2: 0.683

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I6S

5i6s

解像度: 2.6→49.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 12.569 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.085 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29197	1911	5 %	RANDOM
R_work	0.23639	-	-	-
obs	0.23923	36235	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-35.43 Å²	-0 Å²	-5.97 Å²
2-	-	81.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-46.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→49.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9488	0	131	14	9633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	9942
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	8250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.608	1.651	13614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.259	1.579	19216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.05	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.755	24.652	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.659	15	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.567	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.476	4.663	4889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.472	4.662	4888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.313	6.989	6106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.314	6.99	6107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.084	4.673	5053
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.083	4.676	5038
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.651	6.998	7485
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.149	54.034	11646
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.144	54.034	11646
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	139	-
R_work	0.338	2619	-
obs	-	-	98.68 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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