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- PDB-5i6s: Crystal structure of an endoglucanase from Penicillium verruculosum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i6s
タイトルCrystal structure of an endoglucanase from Penicillium verruculosum
要素endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Endohydrolysis / cellulose
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / cellulase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Talaromyces verruculosus (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nemashklaov, V. / Vakhrusheva, A. / Tishchenko, S. / Gabdulkhakov, A. / Kravchenko, O. / Gusakov, A. / Sinitsyn, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an endoglucanase from Penicillium verruculosum
著者: Nemashklaov, V. / Vakhrusheva, A. / Tishchenko, S. / Gabdulkhakov, A. / Kravchenko, O. / Klyadhtorny, V. / Gusakov, A. / Sinitsyn, A.
履歴
登録2016年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1872
ポリマ－33,6011
非ポリマー5871
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.819, 83.819, 89.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

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要素

#1: タンパク質 endoglucanase


分子量: 33600.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Talaromyces verruculosus (菌類) / 参照: UniProt: A0A1U7Q1U3*PLUS
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000 50 mM BIS-TRIS propane; pH 7.0 7 % v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol, 5 % v/v 2-Methyl-2-propanol, 6% ???PEG 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24.222 Å / Num. obs: 19130 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.96
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.537

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GZJ

1gzj


解像度: 2.1→24.222 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 963 5.07 %
Rwork0.218 --
obs0.2203 19007 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 39 147 2557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7663418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.692861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005442
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.21080.37481170.30232486X-RAY DIFFRACTION98
2.2108-2.34920.37371480.28972522X-RAY DIFFRACTION100
2.3492-2.53040.33491180.28032556X-RAY DIFFRACTION100
2.5304-2.78470.37431430.26882553X-RAY DIFFRACTION100
2.7847-3.18690.32311390.23632579X-RAY DIFFRACTION100
3.1869-4.01210.23731350.19192612X-RAY DIFFRACTION100
4.0121-24.22350.17061630.16382736X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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