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万見
- PDB-6yod: Structure of Lysozyme from SiN IMISX setup collected by rotation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yod
タイトルStructure of Lysozyme from SiN IMISX setup collected by rotation serial crystallography on crystals prelocated by 2D X-ray phase-contrast imaging
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / 2D X-ray phase-contrast imaging / IMISX / in situ rotation images / prelocation / still images / serial crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / BROMIDE ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Huang, C.-Y. / Martiel, I. / Villanueva-Perez, P. / Panepucci, E. / Caffrey, M. / Wang, M.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Low-dose in situ prelocation of protein microcrystals by 2D X-ray phase-contrast imaging for serial crystallography.
著者: Martiel, I. / Huang, C.Y. / Villanueva-Perez, P. / Panepucci, E. / Basu, S. / Caffrey, M. / Pedrini, B. / Bunk, O. / Stampanoni, M. / Wang, M.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,22812
ポリマ－14,3311
非ポリマー89711
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.990, 78.990, 38.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

HOH

21A-369-

HOH

31A-397-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysozyme


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 110分子

#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV


分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5
詳細: 0.5-1 M NaBr, 50-100 mM CH3COONa, pH 4.5, and 15-30 %(v/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.495 Å / Num. obs: 16419 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 40.98 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 13.58
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 36.73 % / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 1147 / CC1/2: 0.26 / Rrim(I) all: 12.17
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: IMISX / Sample dehydration prevention: SiN sandwich / Sample holding: SiN / Support base: 3D-printed holder in standard goniometer base

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_3494精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D5F

5d5f


解像度: 1.601→39.495 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 23.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 821 5 %
Rwork0.1893 --
obs0.1904 16419 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.26 Å2 / Biso mean: 32.6264 Å2 / Biso min: 20.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.601→39.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1000 0 29 99 1128
Biso mean--47.44 39.42 -
残基数----129
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.6014-1.70170.32281320.27222522
1.7017-1.83310.26991360.22122570
1.8331-2.01760.2341340.1782549
2.0176-2.30950.19941360.16052586
2.3095-2.90960.22361380.1962625
2.9096-39.4950.19361450.18742746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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