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- PDB-6yo1: Crystal structure of ribonuclease A solved by vanadium SAD phasing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yo1
タイトルCrystal structure of ribonuclease A solved by vanadium SAD phasing
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / Endoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-2',3'-VANADATE / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者El Omari, K. / Mohamad, N. / Bountra, K. / Duman, R. / Romano, M. / Schlegel, K. / Kwong, H. / Mykhaylyk, V. / Olesen, C.E. / Moller, J.V. ...El Omari, K. / Mohamad, N. / Bountra, K. / Duman, R. / Romano, M. / Schlegel, K. / Kwong, H. / Mykhaylyk, V. / Olesen, C.E. / Moller, J.V. / Bublitz, M. / Beis, K. / Wagner, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N020103/1 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Experimental phasing with vanadium and application to nucleotide-binding membrane proteins.
著者: El Omari, K. / Mohamad, N. / Bountra, K. / Duman, R. / Romano, M. / Schlegel, K. / Kwong, H.S. / Mykhaylyk, V. / Olesen, C. / Moller, J.V. / Bublitz, M. / Beis, K. / Wagner, A.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1034
ポリマ－27,4172
非ポリマー6862
水1,53185
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0512
ポリマ－13,7081
非ポリマー3431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0512
ポリマ－13,7081
非ポリマー3431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.510, 32.660, 72.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.825, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-337-

HOH

21B-303-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUTHRTHR(chain 'A' and (resid 2 through 17 or resid 22...AA2 - 172 - 17
12SERSERTHRTHR(chain 'A' and (resid 2 through 17 or resid 22...AA22 - 3622 - 36
13ASPASPTYRTYR(chain 'A' and (resid 2 through 17 or resid 22...AA38 - 9738 - 97
14THRTHRVALVAL(chain 'A' and (resid 2 through 17 or resid 22...AA99 - 12499 - 124
15UVCUVCUVCUVC(chain 'A' and (resid 2 through 17 or resid 22...AC201
26GLUGLUTHRTHR(chain 'B' and (resid 2 through 17 or resid 22...BB2 - 172 - 17
27SERSERTHRTHR(chain 'B' and (resid 2 through 17 or resid 22...BB22 - 3622 - 36
28ASPASPTYRTYR(chain 'B' and (resid 2 through 17 or resid 22...BB38 - 9738 - 97
29THRTHRVALVAL(chain 'B' and (resid 2 through 17 or resid 22...BB99 - 12499 - 124
210UVCUVCUVCUVC(chain 'B' and (resid 2 through 17 or resid 22...BD201

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-UVC / URIDINE-2',3'-VANADATE


分子量: 343.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O9V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20 mM sodium citrate pH 5.5, 28 % PEG 4000 with 20 mM uridine/ortho-vanadate

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データ収集

回折平均測定温度: 60 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.26 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日
放射モノクロメーター: Silicon crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.26 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.56 Å / Num. obs: 18916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.6 % / Biso Wilson estimate: 35.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 18.3 % / Num. unique obs: 1194 / CC1/2: 0.57 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→41.56 Å / SU ML: 0.2373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2674
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 878 4.64 %
Rwork0.1859 --
obs0.1872 18911 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1891 0 42 85 2018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19552670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3203296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9973734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.020.32511510.28132950X-RAY DIFFRACTION99.81
2.02-2.170.30671430.23972973X-RAY DIFFRACTION99.94
2.17-2.390.24851370.22352999X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.740.26431430.21032992X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.450.25161360.19353022X-RAY DIFFRACTION99.97
3.45-41.560.1591680.15243097X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2581908674-0.4417923407-0.3952437788122.15884901712-1.069964716774.121146273120.4768573188640.3347745032070.9707888724220.0305938997615-0.148954918524-0.306646359303-1.048548531750.634459896925-0.1980137702440.472817555316-0.01632263120990.1232377568440.3618782329390.0589487952260.40263620466232.848104985931.655973928610.4544345452
21.59062553364-3.04020178392-2.313605968496.07818268754.663062595333.579586633920.1259350437310.734192500697-0.597323884298-0.71384805347-0.3163684334350.606943362167-0.468069858651-0.8356315162680.05420931413030.627656704560.0518242731842-0.0550342633670.7464460478040.01871327358140.45602633505225.853470553220.1342712588-0.379428403792
33.36507532661-0.947850549043-0.9218114483243.514816941080.5012120870653.250015555680.1516086103150.2608625735980.211760977086-0.640098720385-0.0196563930447-0.838320362526-0.2128235608070.0516442103922-0.1339090439090.43018193751-0.02578234713840.0724227376240.460859508767-0.002125281154670.39984237939635.051564014123.36576914772.66981270839
43.36370648146-1.050568183661.397929002452.56835877868-1.407983160993.20860664842-0.05578644482620.00527298528305-0.01738129171290.04924736995450.09173546920250.025865956305-0.28076115907-0.337941760196-0.01122459977110.2833728521580.01179894456380.005463120794050.3083885816940.005804771198120.27232276536527.292010870522.461037113721.9175761546
55.612098227640.251148007549-0.4479441869311.79784909679-1.617126261711.85860407613-0.4143971964150.35759055230.0960446407764-0.0321608175520.4303211378430.2114679594380.161428099855-0.426949672775-0.01316810110240.355195623456-0.0260538705208-0.01006213629790.360236770985-0.007009555721180.35108517209423.350610690517.583112718520.641091135
66.31144135027-0.223847543067-2.208863962541.87851593979-0.3742682329572.88865155834-0.06822446030730.315291928971-0.0517746291468-0.5206689004050.113426168666-0.6297290391960.7007634352630.271437188258-0.02959082470020.499323466031-0.02407644498660.08607055185120.566744041765-0.06810972494640.51730657078539.332965991617.33325344581.30596218843
72.06529702879-0.576688436447-0.6378362021510.723520084369-0.6713239575812.1993154656-0.12412759830.246857680688-0.0326440463266-0.01768571732530.206727232627-0.1235539902290.378459271849-0.286659186569-0.06257317977680.303025805743-0.01255958063060.01144993540750.316941689976-0.003268419532710.32039699140329.568685377520.683785107514.4280388151
83.587475686631.5841614550.2305016243552.69707005356-0.1571527413593.33688934602-0.246570123876-0.165874287195-0.413501595786-0.0006813247875580.3920000761040.1666494439390.180049590464-0.0741995791477-0.08244509861790.3276469181990.03059953980260.02598391494240.3503562840240.01246492739530.39534890340133.1233476566-1.691397398741.8957240972
94.07322146-0.313885820370.8645975640641.78116772648-1.021636125763.14607899491-0.368955732716-0.6880338290770.1153687789410.7972420043120.265357826931-0.0817246246877-0.485163060381-0.2407118759370.09526871611840.3804757150480.0831176703678-0.02518478138790.441172351062-0.06245544804930.32710820906939.75761653496.2592310979549.4649539682
103.45296256776-0.89539349143-1.657840676972.693428754590.7066049756652.90003002106-0.1106187709210.369374313315-0.121118501947-0.150896778869-0.0326914897465-0.104267565182-0.00660128317506-0.05167781021340.1540815344140.252436064724-0.02486331409760.0005292294137940.273125302047-0.001677977522460.33182720464937.52277755284.7851261475828.713750131
111.93282369115-0.1818141234640.9355147535571.63926982163-0.06940795872612.2977794763-0.0697028206527-0.155925910615-0.04417000153620.3002335491840.0184612176275-0.304602927701-0.08484762019340.1633245991830.05384547115810.3031852535480.00191278806054-0.04156797413040.29512354682-0.01460661649480.36184431410442.56685851126.1158914067340.09382745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 24 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 50 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 51 through 71 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 72 through 78 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 79 through 96 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 97 through 124 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 12 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 13 through 50 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 51 through 71 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 72 through 124 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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