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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yn7 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of AHE enzyme from Alicyclobacillus herbarius | ||||||
![]() | AHE, beta-glucosidase enzyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / AHE / Alicyclobacillus herbarius / beta-glucosidase | ||||||
機能・相同性 | Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gourlay, L.J. / Di Pisa, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Release of Soybean Isoflavones by Using a beta-Glucosidase from Alicyclobacillus herbarius. 著者: Delgado, L. / Heckmann, C.M. / Di Pisa, F. / Gourlay, L. / Paradisi, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 449.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 295.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 7.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 7.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 86.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ptvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 51601.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 304分子 








#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M NaBr, 20% w/v PEG 3350 0.1 M BT Propane, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.976→105.161 Å / Num. obs: 58817 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.88 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 1.976→2.267 Å / Num. unique obs: 2941 / CC1/2: 0.693 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4PTV 解像度: 1.98→98.9 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.3199
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→98.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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