PDB-6ylz: X-ray structure of the K72I,Y129F,R133L, H199A quadruple mutant o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ylz

タイトル

X-ray structure of the K72I,Y129F,R133L, H199A quadruple mutant of PNP-oxidase from E. coli

要素

Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Pyridoxal 5'-phosphate / Vitamine B6 metabolism / oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

'de novo' pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase / pyridoxamine phosphate oxidase activity / riboflavin binding / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / phosphate ion binding / pyridoxal phosphate binding / FMN binding / oxidoreductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.558 Å

データ登録者

Battista, T. / Sularea, M. / Barile, A. / Fiorillo, A. / Tramonti, A. / Ilari, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification and characterization of the pyridoxal 5'-phosphate allosteric site in Escherichia coli pyridoxine 5'-phosphate oxidase.
著者: Barile, A. / Battista, T. / Fiorillo, A. / di Salvo, M.L. / Malatesta, F. / Tramonti, A. / Ilari, A. / Contestabile, R.

履歴

登録	2020年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_database_proc / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ylz.cif.gz	69.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ylz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ylz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ylz_validation.pdf.gz	795.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ylz_full_validation.pdf.gz	794.8 KB	表示
XML形式データ	6ylz_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	6ylz_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6ylz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6ylz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ymhC 1g76S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dwe-d 5k16-1 6za4-2 4hr3-d 3log-2 6g8v-d 5xbs-2 3dh4-7 6hei-d 7kz7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

AAA: Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.776, 63.776, 124.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / PNP/PMP oxidase / PNPOx / Pyridoxal 5'-phosphate synthase 分子量: 25442.062 Da / 分子数: 1 / 変異: K72I, Y129F, R133L, H199A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: pdxH, b1638, JW1630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AFI7, UniProt: E2QMK2*PLUS, pyridoxal 5'-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM KPHO pH 7,5, 5 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.558→55.233 Å / Num. obs: 41877 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 19.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.558→1.585 Å / 冗長度: 11.91 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2040 / CC_1/2: 0.444 / R_pim(I) all: 0.803 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC	VERSION Mar 15, 2019 BUILT=20191211	データ収集
autoPROC	1.0.5	data processing
XDS	VERSION Mar 15, 2019 BUILT=20191211	データ削減
XDS	VERSION Mar 15, 2019 BUILT=20191211	データスケーリング
Aimless	Version 0.7.4	data processing
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1G76

1g76

解像度: 1.558→55.232 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.865 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2022	2061	4.953 %
R_work	0.1706	-	-
all	0.172	-	-
obs	-	41608	97.351 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.778 Å²	0.389 Å²	0 Å²
2-	-	0.778 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.524 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.558→55.232 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1748	0	46	174	1968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.721	1.665	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.428	1.585	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.082	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.336	20.894	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.685	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.185	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	461
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.272	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.017	3.21	896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.008	3.21	895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.178	4.8	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.181	4.8	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.036	3.646	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.972	3.635	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.075	5.287	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.061	5.262	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.08	36.455	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.994	35.779	2309

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.558-1.599	0.363	143	0.365	2643	0.365	3110	0.581	0.575	89.582	0.355
1.599-1.643	0.3	144	0.322	2859	0.321	3032	0.682	0.673	99.0435	0.307
1.643-1.69	0.276	162	0.275	2784	0.275	2951	0.763	0.771	99.8306	0.25
1.69-1.742	0.275	149	0.251	2705	0.252	2855	0.816	0.837	99.965	0.222
1.742-1.799	0.261	147	0.211	2628	0.213	2775	0.874	0.891	100	0.184
1.799-1.862	0.206	137	0.189	2559	0.19	2697	0.918	0.926	99.9629	0.163
1.862-1.932	0.198	118	0.177	2511	0.178	2629	0.942	0.946	100	0.153
1.932-2.011	0.184	101	0.159	2416	0.16	2517	0.952	0.957	100	0.139
2.011-2.101	0.189	85	0.174	1641	0.174	2402	0.935	0.946	71.8568	0.151
2.101-2.203	0.198	126	0.157	2206	0.159	2333	0.953	0.962	99.9571	0.144
2.203-2.322	0.198	106	0.152	2079	0.154	2186	0.949	0.961	99.9543	0.14
2.322-2.463	0.199	98	0.148	2000	0.151	2098	0.955	0.966	100	0.137
2.463-2.632	0.197	103	0.148	1871	0.15	1974	0.961	0.969	100	0.14
2.632-2.843	0.172	88	0.147	1739	0.149	1827	0.967	0.969	100	0.147
2.843-3.113	0.187	85	0.152	1625	0.154	1711	0.958	0.967	99.9416	0.155
3.113-3.479	0.223	70	0.16	1398	0.163	1552	0.942	0.961	94.5876	0.17
3.479-4.015	0.194	64	0.159	1332	0.161	1396	0.962	0.968	100	0.178
4.015-4.91	0.167	65	0.126	1113	0.129	1179	0.974	0.979	99.9152	0.153
4.91-6.917	0.2	41	0.183	902	0.183	943	0.969	0.968	100	0.218
6.917-55.232	0.201	29	0.223	535	0.222	566	0.954	0.957	99.6466	0.294

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)