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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ylc
タイトルBiochemical, Cellular and Structural Characterization of Novel ERK3 Inhibitors
要素Mitogen-activated protein kinase 6
キーワードTRANSFERASE / human mitogen activated protein kinase 6 (MAPK6) / ERK3 / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


septin cytoskeleton / positive regulation of dendritic spine development / MAP kinase activity / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / MAPK6/MAPK4 signaling / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / protein serine kinase activity ...septin cytoskeleton / positive regulation of dendritic spine development / MAP kinase activity / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / MAPK6/MAPK4 signaling / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK3/4 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK3/4 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OXW / Mitogen-activated protein kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Graedler, U.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Biochemical, cellular and structural characterization of novel and selective ERK3 inhibitors.
著者: Gradler, U. / Busch, M. / Leuthner, B. / Raba, M. / Burgdorf, L. / Lehmann, M. / Linde, N. / Esdar, C.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 6
B: Mitogen-activated protein kinase 6
C: Mitogen-activated protein kinase 6
D: Mitogen-activated protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4488
ポリマ－144,7754
非ポリマー1,6744
水2,144119
1
A: Mitogen-activated protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6122
ポリマ－36,1941
非ポリマー4181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6122
ポリマ－36,1941
非ポリマー4181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mitogen-activated protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6122
ポリマ－36,1941
非ポリマー4181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mitogen-activated protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6122
ポリマ－36,1941
非ポリマー4181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.332, 101.423, 195.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase 6 / MAPK 6 / Extracellular signal-regulated kinase 3 / ERK-3 / MAP kinase isoform p97 / p97-MAPK


分子量: 36193.672 Da / 分子数: 4 / 変異: L290V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK6, ERK3, PRKM6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16659, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-OXW / 5-fluoranyl-2-[5-[[1-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-4-yl]amino]-[1,2,3]triazolo[4,5-d]pyrimidin-3-yl]benzenecarbonitrile


分子量: 418.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19FN10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Bis-Tris (pH 6), 100 mM Lithium acetate, 18%v/v Sokalan CP42, 3%v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→97.94 Å / Num. obs: 43014 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 82.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.434→2.476 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured all: 685 / Num. unique obs: 128 / CC1/2: 0.509 / Rpim(I) all: 0.552 / Rrim(I) all: 1.28 / Rsym value: 0.619 / Net I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSversion May 1, 2016データ削減
Aimlessversion 1.1.7データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YKY

6yky


解像度: 2.43→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.654 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.62 / SU Rfree Blow DPI: 0.272 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.278
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2185 5.08 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 43014 84.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 214.06 Å2 / Biso mean: 91.82 Å2 / Biso min: 34.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2843 Å20 Å20 Å2
2---1.5668 Å20 Å2
3----4.7176 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9209 0 124 119 9452
Biso mean--87.37 64.13 -
残基数----1157
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3347SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1582HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9527HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1215SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10145SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9527HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12897HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.19
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3247 37 4.3 %
Rwork0.2239 824 -
all0.2285 861 -
obs--15.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2710.1367-1.05954.1415-1.76965.08070.2765-0.2120.10420.1554-0.1595-0.1261-0.28310.2282-0.117-0.10250.02340.0405-0.33740.0445-0.311223.391-10.977-57.6216
22.92611.78-0.60054.4091-0.95825.8852-0.28980.0698-0.495-0.1878-0.0211-0.38410.62740.0580.3109-0.2113-0.00210.0755-0.3229-0.0541-0.2655-6.2494-45.3711-15.3199
36.33123.9273-1.62265.8202-0.60752.76480.03920.03450.5587-0.37690.30.7075-0.0228-0.0376-0.3392-0.1365-0.1708-0.134-0.29720.0732-0.348414.70213.6432-36.9871
42.55920.0716-0.0243.3577-0.06483.01880.1104-0.07190.1896-0.17950.03150.3187-0.0711-0.0399-0.1419-0.1884-0.0542-0.0218-0.17040.0499-0.2025.0408-8.7032-11.4423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A15 - 320
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B16 - 321
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C14 - 319
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D13 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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